本文记录了使用Salmon、tximport和DESeq2进行转录组分析的完整流程。首先安装Salmon并下载参考基因组数据，建立索引后分析测序数据，输出TPM等表达量指标。接着构建R语言环境，安装tximport和DESeq2等工具，处理GTF文件建立基因映射关系。然后通过tximport构建基因表达矩阵，使用DESeq2进行差异表达分析，比较实验组与对照组的基因表达变化。最后介绍了WGCNA共

《CellFlow：基于流匹配的生成式单细胞表型建模》摘要 这篇预印本论文提出CellFlow模型，利用最优传输与流匹配技术预测单细胞RNA测序数据中的复杂扰动响应。模型通过多头注意力机制融合基因表达、药物指纹和蛋白质嵌入等多模态数据，创新性地采用Sinkhorn算法构建训练样本对，并在斑马鱼胚胎、癌细胞系、神经元分化等6类生物学场景中验证了性能。实验显示CellFlow在基因敲除（能量距离降低5

TP、FP、TN、FN准确率、精确率（查准率）、召回率（查全率）真阳性率TPR、伪阳性率FPRF1-score=2TP/(2*TP+FP+FN)最大响应分数Fmax为F1-score的最大值（在最佳阈值的前提下）

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我的MySQL启动可以直接连接，但是就是无法使用密码验证，后来出现pymysql和MySQL连接的时候出现了无法鉴权的问题：pymysql.err.OperationalError: (1045, "Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)")后来发现是mysqld无法直接运行，原因应该是安装的时候发生了一些问题

每次使用vscode写python代码的时候，都需要在外面跑一个anaconda prompt，激活环境，然后进入对应的文件夹，运行代码，特别麻烦，所以想，能不能直接在vscode终端里面激活环境然后运行。

之前介绍了ESMC-6B模型的网络接口调用方法，但申请token比较慢，有网友问能不能出一个本地部署ESMC小模型的攻略，遂有本文。其实本地部署并不复杂，官方github上面也比较清楚了。后面讲述了esmc-decode接口的使用方式。

本文介绍了一种预测人类蛋白质组中蛋白质相互作用(PPI)的创新方法。研究团队开发了RF2-PPI深度学习模型，结合omicMSA共进化分析和AlphaFold2结构预测，实现了大规模PPI筛选。该方法首先构建了包含2万多个物种的蛋白质组数据库，通过改进的pMSA算法分析蛋白质共进化关系；然后从AlphaFold数据库挖掘结构域间相互作用(DDI)数据；最后利用简化的RoseTTAFold2架构预测

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