Fastqc1、可直接对.fq.gz压缩文件操作2、结果默认路径生成在同文件的目录下，生成的文件夹为XX_fastqc,里面有fastqc_data.txt , fastqc_report.html等重要文件3、可生成在指定的文件夹（应该说是路径吧），需要额外建立文件夹，用-o参数，为文件夹（文件）安装：我针对自己电脑写了一个脚本，每个人根据自己电脑的路径要进行修改image.png具体代码如下：

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linux系统也有位数之分，所以在linux上安装一些软件，比如jdk之类的就需要注意下版本。查看linux系统位数最简单的命令（这里以redhat为例，不同版本linux命令也许不同）使用命令$ arch即可查看linux的内核版本。x86_64命令1：getconf LONG_BIT结果：64命令2：uname -a结果：Linux Test004MUJUP 2.6.32-431.23.3.e

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这些具体事件可以是死亡，也可以是肿瘤转移、复发、病人出院、重新入院等任何可以明确识别的事件，而不同条件即为不同的分组依据，可以是年龄、性别、地域、某个基因表达量的高低、某个突变的携带与否等等。下图是钟南山院士在对欧洲呼吸学会针对 Covid-19 的报告中提到的研究结果，他们对湖北省内和省外的病人从开始症状到入院时间做了分析，从发生症状开始，入院则是我们刚才讲的 event 事件，而湖北省内外则是

比如说，某一类功能基因的总数是100个，其中差异基因有10个，那么只有实验只是影响了该功能基因的10%，但是如果该实验一共只鉴定到20个差异基因，那么这10个差异基因就占所有差异基因的50%，因此，需要同时考虑差异基因在所有功能分类中的分布，得到的结果才是准确的。其中，a为功能A中差异基因的数量，b为非差异基因的数量，c为所有功能分类中差异基因的总数量，d为非差异基因的总数量，n为识别到的所有差异

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ORA基于预定义的基因集，用超几何分布计算差异表达基因与该基因集中的基因数之间的显著性，适用于已知基因集和差异表达较大情况。GSEA考虑所有基因，根据基因在表型排序上的变化来寻找整个基因集是否显著富集，比ORA更适用于寻找微小但协调变化的基因集。3. Environmental Information Processing （环境信息处理）2. Genetic Information Proces

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