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Interoperability between single-cell object formatsCompiled: 2021-08-30Source: vignettes/conversion_vignette.RmdIn this vignette, we demonstrate the ability to convert between Seurat objects, SingleCe
1 HISAT2官网下载人类和小鼠的索引有现成的,HISAT2官网可以直接下载进行序列比对。如下图所示:选择hg19和mm10的index,文章中RNA-Seq测序数据,可以包括人类和小鼠的数据,因此需要小鼠和人类的索引。备注:实际我用迅雷(会员)进行下载,每个用时大概1个多小时。2 自己制作参考代码1 开始比对:用hisat2,得到SAM文件首先启动miniconda3环境先看下hisat2的用
但是当我使用以下代码读取时候,发现不太对读取出来的格式好像有问题 注意:观察到逗号,是不是csv的分隔符为逗号呢?3但是下载文章阅读之后 发现差异分析deseg2的时候 是需要meta信息 消除批次 年龄 实验方法这些因素影响的。莫非是因为显示的问题?在r中8-10行没有数据所以sublime或者excel查看时候,直接跳过了NA行。我知道作者为什么行名这么长了因为 有很多类型的基因都检测到了:假

【代码】rstudio server 服务器卡死了怎么办。

1.进入 阿里云控制台
【代码】msigdbr hallmarks gsea broad研究所。

Epithelial/Tumor: EPCAM,Keratin genes (KRT7, KRT8, KRT17), SPRR3;T cells: CD3E, CD3D, TRBC1/2, TRAC;Myeloid cells: LYZ, CD86, CD68, FCGR3A;B cells and plasma cells: CD79A/B, JCHAIN, IGKC,IGHG3;Endothe

Epithelial/Tumor: EPCAM,Keratin genes (KRT7, KRT8, KRT17), SPRR3;T cells: CD3E, CD3D, TRBC1/2, TRAC;Myeloid cells: LYZ, CD86, CD68, FCGR3A;B cells and plasma cells: CD79A/B, JCHAIN, IGKC,IGHG3;Endothe

导出结果各种方式对结果进行可视化 各种花里胡哨的可视化结果 html格式 公司格式 结果报告结果 report html。Deseq2的输入数据都未标准化但是如果进行热图等可视化,就需要把矩阵标准化,常见的标准化是使用log。shrink the log2 foldchange,不会改变显著差异的基因总数,arguments are specified.多因素差异分析deseq2。.多个因素差异分








