代码：hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/code$ cat a.sh#!/bin/bash#SRR003161h20t1#samtools view -h -S SRR003161h20t1.sam >SRR003161h20t1.bam#samtools sort -o SRR003161h20t1.sorted.bam SRR003161h20t

指令：head filename |grep -n string运行记录：hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/GCA_000001405.15_GRCh38$ cat GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna |grep -n chr 1:>chr1  AC:CM

FastQC是评价基因数据质量的软件。1.下载：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc2.解压配置：unzip配置：ln -s /path/to/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc参考【1】3.运行：xubo@xubo:~/cloud/FastQC$

1.查看进程号，有很多中方式：比如：top下图PID即为进程号或者：hadoop@Mcnode4:~$ ps -aux| grep bwahadoop93944.5 78.4 5722420 4786516 pts/27 Sl+3月2777:35 bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_

一般a.sh等脚本文件可以很容易的将a.sh的echo等数据输出到文本文件，如：./a.sh >1.txt但是无法将脚本文件调用函数的输出值输出到文件可以使用%>:hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh %> 1.txta.sh代码：hadoop@Mcnode1:~/clou

1.基本：ctrl +Z回导致正在运行的程序方法哦后台运行fg可以在前台运行bg后台2.查看进程id：查看当前进行idjobs -l3.关闭：kill -9 pidhadoop@Master:~/xubo/tools/mango$ jobs[1]+Stoppedmvn clean package -DskipTestshadoop@Master:~

1.run as->maven build,在goals输入package，别选择select，我的卡死了运行记录：[INFO] Scanning for projects...[INFO][INFO] -------------------

更多代码请见：https://github.com/xubo245/SparkLearning1解释收集每个顶点的邻居顶点2.代码：/*** @author xubo* ref http://spark.apache.org/docs/1.5.2/graphx-programming-guide.html* time 20160503*/pa

PB10210016徐波-第一次作业Chp.2 Web Crawling调研目前主要的开源网络爬虫，并且说明各自的特点、局限性以及相互之间的区别。提交方式：word打印稿。答：网络蜘蛛(Web spider)也叫网络机器人，指的是“自动化浏览网络”的程式。这样的电脑程式是为了自动从网络撷取特定的资料，或为了组织网络上的资料，所设计的自动浏览网络的程式。Spider只是个别爬虫的名称。业

更多代码请见：https://github.com/xubo245/SparkLearning1解释求图中的最短路径，更多的请见参考【3】，这篇写的很详细2.代码：/*** @author xubo* ref http://spark.apache.org/docs/1.5.2/graphx-programming-guide.html* time