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【干货指南】几万个Peak不可能都验证,怎么筛出最值得研究的那几个?

做完ATAC-seq、ChIP-seq、CUT&Tag或DAP-seq后,报告里常常会出现成千上万个peak。一开始看结果会很兴奋,这里有peak,那里也有peak,启动子有peak,远端区域也有peak,差异peak 一大堆,motif 结果也列出了一串候选转录因子。但真正写文章、补机制、设计验证实验时这么多peak,不可能每一个都做ChIP-qPCR、双荧光、EMSA或功能验证。那问题就来了。

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#人工智能#机器学习#信息可视化 +4
手把手教你如何进行代谢组学数据挖掘

火山图中的每一个点表示一种代谢物,其中蓝色的点代表下调差异代谢物,红色的点代表上调差异代谢物,灰色的点代表检测到但差异不显著的代谢物。可视化层面,通常借助差异代谢物聚类热图、差异代谢物K-Means图,系统、直观地呈现代谢物间的表达趋势。图中最外层为差异代谢物名称,点的大小代表对应差异代谢物的log2FC值的大小,不同分类的差异代谢物用不同颜色表示;差异代谢物条形图中横坐标为差异代谢物的log2F

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#数据挖掘#人工智能#数据库 +4
AI 智能体可以成为你的科研助理?

假设你要做一项癌症研究,传统流程是这样的:📚第 1 步:花 2 周读文献,了解别人做了什么💡第 2 步:绞尽脑汁想假设🧪第 3 步:设计实验、买试剂、等快递📊第 4 步:做实验、收数据、分析结果🔍第 5 步:写论文、投稿、等审稿意见❌第 6 步:被拒稿,重来...痛点:耗时、耗钱、耗人,一个项目做下来至少半年。AI 需要反思:"上次做这道菜太咸了,这次要少放盐。三种反思方式- Refle

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#人工智能#linux#服务器 +4
Nature Methods:CellVoyager 自主 AI 智能体开启生物数据分析新时代

CellVoyager 代表了 AI for Science 的重要进展——AI 不再仅仅是工具,而是能够自主进行科学探索的智能合作伙伴。随着大语言模型和智能体技术的持续发展,我们有理由期待:• 更多领域专用的科学智能体涌现• AI 与人类科学家的协作更加紧密• 科学发现的效率和速度显著提升CellVoyager 的出现,标志着计算生物学进入了一个新的时代——自主化、智能化、民主化的生物数据分析时

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#人工智能#数据分析#大数据 +4
蛋白质翻译后修饰要如何研究呢?

蛋白质脂质化是最常见的PTM之一,可以将多达七种不同类型的脂质附着在蛋白质上,包括脂肪酸(FA)、硫辛酸、类异戊二烯、甾醇、磷脂、糖基磷脂酰肌醇(GPI)等等。最初的NO研究集中在神经元、肌肉、内皮细胞和免疫细胞等特殊组织中的NO信号通路上,2005年,研究人员将方向瞄向了“非经典NO功能”,即S-亚硝基化(S-nitrosylation),这是一种半胱氨酸硫醇的NO依赖性共价修饰,S-亚硝基化被

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#人工智能#编辑器#数据库开发 +2
手把手教你如何进行代谢组学数据挖掘

火山图中的每一个点表示一种代谢物,其中蓝色的点代表下调差异代谢物,红色的点代表上调差异代谢物,灰色的点代表检测到但差异不显著的代谢物。可视化层面,通常借助差异代谢物聚类热图、差异代谢物K-Means图,系统、直观地呈现代谢物间的表达趋势。图中最外层为差异代谢物名称,点的大小代表对应差异代谢物的log2FC值的大小,不同分类的差异代谢物用不同颜色表示;差异代谢物条形图中横坐标为差异代谢物的log2F

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#数据挖掘#人工智能#数据库 +4
手把手教你如何使用KEGG数据库

点击关注的圆圈,可进入代谢物的相关信息界面,该页面主要包括:代谢物的编号(Entry)、名称(Name)、分子式(Formula)、精确分子量(Exact mass )、摩尔质量(Mol weight)、分子结构(Structure)、反应(Reaction)、代谢通路(Pathway)、模块(Module)、酶(Enzyme)、其他数据库编号(Other DBs)、其他数据库的链接(LinkDB

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#数据库#python#算法 +2
【文献速递】ASO35-58导致EZH2的外显子14跳跃从而抑制肝癌发生

ASO的一端可以识别并锁定目标RNA上的特定位点,另一端则可以引导细胞内的各种机制来改变RNA的命运。同时,ASO35-58的作用还导致了一种截短的EZH2Δ14(缺少外显子14的突变体)蛋白的产生。通过minigene实验,构建包含不同缺失区域的片段,并将其转染到细胞中,当外显子14中的特定序列(如29-42位置)缺失时,外显子14的跳跃显著增加。它通过与外显子14上的SRSF3结合位点相互作用

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#人工智能#搜索引擎#数据库 +2
你见过彩色的Western blot吗?

在分子生物学实验室中,Western Blot(WB)技术一直被视为蛋白质检测的“金标准”,但传统化学发光WB存在条带模糊、背景过高、信号不稳定、定量不准、多重检测困难……这些问题不仅影响实验结果的可靠性,更严重制约了研究效率。如今,新型荧光WB技术凭借高定量精度、多重检测能力、信号长期稳定等优势,成为科研工作者的得力助手。

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#人工智能#服务器#数据库 +4
AlphaGenome:DeepMind 新作,基因组学迎来 Alpha 时刻

AlphaGenome 的发布标志着基因组学正式进入 Alpha 时代。继 AlphaFold 解决蛋白质结构预测问题后,DeepMind 将注意力转向了更复杂的基因组调控密码解读。大规模、多模态、高分辨率的统一模型能够捕捉基因组调控的复杂规律。对于从事基因组学、生物信息学和精准医学研究的人员而言,AlphaGenome 提供了一个前所未有的强大工具。它不仅能加速基础研究中的假设生成,也有望在临床

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#人工智能#数据库#网络 +4
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