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minfi 分析甲基化芯片数据-pipeline篇(附完整代码)

对于如何使用minfi 分析甲基化芯片数据,我们在之前的文章中详细讲解了每一步处理的具体用法。今天主要给出一个piepeline, 包括从文件读取一直到最终的DMP/DMR差异结果。整个...

ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇

经过预处理之后的数据,就可以进行差异分析了。对于甲基化芯片而言,有两个方面的差异分析DMP 差异甲基化探针DMR 差异甲基化区域在ChAMP包中,champ.DMP函数用于分析差异甲基化...

#算法#python#java +2
dbSNP数据库简介

欢迎关注"生信修炼手册"!dbSNP是NCBI中专门用于存储物种SNP位点信息的数据库,网址如下http://www.bioinfo.org.cn/relative/db...

SMART:蛋白质结构域数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!SMART是蛋白结构域的数据库,该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息,覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。官网如下...

#数据库#html#mysql +1
解密Hi-C数据分析中的分辨率

欢迎关注”生信修炼手册”!Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术,在DNA连接时引入生物素标记分子,标记交联的染色质,然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量...

#人工智能#机器学习#python +2
TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

欢迎关注”生信修炼手册”!蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一,在TCGA项目中,广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA...

JASPAR:转录因子motif数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库,在该数据库中收录了转录因子的mitif信息,可以用来预测转录因子与序列的结合区域。网址如下http://jaspar...

#数据库#人工智能#大数据 +2
PennCNV:利用SNP芯片检测CNV

欢迎关注”生信修炼手册”!通过SNP芯片来检测CNV,对应的分析软件有很多,PennCNV就是其中之一,该软件通过隐马可夫模型来检测CNV, 官网如下http://penncnv.ope...

#python#数据可视化#大数据 +2
HLA数据分析专题

欢迎关注”生信修炼手册”!HLA 全称human leukocyte antigen, 表示人类白细胞抗原,是编码主要组织相容性复合体(MHC)的基因,位于6p21.31的区域,包含了一...

aCGH芯片分析简介

欢迎关注”生信修炼手册”!aCGH芯片是一种双色芯片,通过红绿两种荧光的比值,通常称之为log2 ratio, 来反应测试样本相对对照样本的DNA拷贝数变化。aCGH芯片的分析,通常包含...

#算法#数据结构#python +2
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