越来越多的证据表明，肠道菌群定植紊乱和微生物多样性减少与全球非传染性疾病 (NCD) 的增加有关。影响儿童和青少年的非传染性疾病包括肥胖及其相关合并症、自身免疫性疾病、过敏性疾病和哮喘。饮食变化也与非传染性疾病的发病机制有关，并且由于饮食是肠道微生物群组成和功能的主要驱动因素之一，因此人们开始关注通过饮食干预，来促进健康的肠道微生物群，最终促进健康。一些生物活性营养素，如长链多不饱和脂肪酸 (LC

生态学家在分析微生物组和感兴趣的协变量(如临床结果或环境因素)之间的关联时，经常以两种方式查看物种分类计数数据。一种是将计数视为定量的(即作为相对丰度数据进行分析)；另一种是将计数数据离散化，只表明一个分类单元在样本中是否存在。虽然第一种方法在医学文献中可能更常见，但这种关联也可能是由于样本中存在或不存在的分类群的变化所驱动的。例如，在人类肠道中，物种丰富度的增加与更稳定的生态系统有关，生态系统往

谷禾健康编辑​微生物组和组学数据集，由于其生物学性质，通常是高维的，特征常以各种成分，如基因、OTU、RNA转录本等的计数为特征。这些数据统称为成分数据。这类数据分析的中心概念是对数转换，而其中最简单的策略是ALR（Additive log ratio）方法。对于高维数据，ALR方法有一下几个特点：(a) 次要成分都是相干的(b)可以解释100%的总对数方差(c)测量结果非常接近于等距。最近，来自

人体肠道微生物群作为一个重要的"微生物器官"，在人类健康和疾病中发挥着至关重要的作用，影响着人体的代谢、免疫，甚至神经系统功能。随着测序技术和分析方法的进步，大规模人群队列研究已经成为理解肠道微生物群与宿主遗传、环境因素以及人类健康结局之间复杂相互作用的强有力工具。这些人群队列研究，特别是那些样本量超过1,000名参与者的研究，为识别不同人群中一致的微生物组模式、建立与各种健康参数的关联，以及理解

谷禾健康1 生物系统生物系统——组成生物系统很复杂，具有许多调节功能，例如DNA，mRNA，蛋白质，代谢物，以及表观遗传功能（例如DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰（PTM））。 这些特征中的每一个都可能受到疾病的影响，并引起细胞信号传导级联和表型的改变。 除了宿主对疾病的反应调节机制外，微生物组还可以改变宿主特征的表达，例如它们的基因，蛋白质和/或PTM。生物系统——疾病为了深入了解疾病的机制，我们

脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)是拟杆菌门拟杆菌属的重要成员。事实上，脆弱拟杆菌因其免疫调节功能而成为该属中研究最多的共生微生物。它是革兰氏阴性、不形成孢子、杆状专性厌氧菌。在人类健康中扮演着复杂而双面的角色。这种革兰氏阴性专性厌氧菌常见于人类肠道菌群中，但也在口腔、上呼吸道和女性生殖道中检测到。第一个发现的脆弱拟杆菌菌株是从感染患者体内作为病原体分离出来的，随后的研究表明，

谷禾健康在细菌全基因组测序数据分析中，区域(regional)和功能注释已经成为常规操作。一个完整的基因组注释是下游分析的基础，而注释的准确性和全面性往往影响研究结果。​最近来自德国一个生物信息学团队们开发了Bakta，一款新的命令行工具，用于自动化和标准化的细菌基因组注释。该文章最近在《MICROBIAL GENOMICS》公开发表。作者认为现有的各种注释软件工具都在以下问题留下了改进的空间：1

谷禾健康普雷沃氏菌属存在于人类中，帮助分解蛋白质和碳水化合物食物。也可作为条件致病菌，引起牙周和牙齿、肠道炎症、类风湿性关节炎、细菌性阴道炎等问题。初识普雷沃氏菌普雷沃氏菌(Prevotella)是革兰氏阴性菌、非运动性、杆状、单细胞，可在厌氧条件下生长。Prevotella是一个大属，包括50多个不同的物种。大多数可以从口腔和肠道中分离出来。普雷沃氏菌有助于分解蛋白质和碳水化合物食物。普雷沃氏菌

谷禾健康革兰氏阳性和阴性菌在日常生活中，我们常常会看到药物或抗菌产品适应症会这样写到，对革兰氏阳性菌有效，对革兰氏阴性菌敏感，或者说对革兰氏阴性菌有效，对革兰氏阳性菌无效。可能很多人不是很清楚或搞不懂二者的区别。本文主要介绍革兰氏阳性和阴性菌，它们的区别，代表性菌种以及针对用药等。1884年，细菌学家Hans Christian Gram发明了革兰氏染色法来鉴别区分细菌。这种技术将细菌分成两大类，

当我们的皮肤被轻微割伤或烧伤时，伤口周围区域可能会变得红肿、发热，甚至伴有疼痛；感冒时，喉咙痛、肿胀；不小心扭伤后，可能会肿胀、疼痛和僵硬…这些都与炎症相关。炎症，作为身体对损伤或感染的自然防御机制，是一种复杂的生物学过程，涉及到免疫细胞和多种分子介质的相互作用。它可以帮助身体对抗病原体、清除死亡细胞和促进组织修复。然而，当炎症反应过度或持续时间过长时，它也可能成为许多疾病的驱动因素，包括心脏病、