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2021.3.17丨致病菌毒力因子(VFDB)数据库注释

摘要接到一个常规细菌的组装注释项目,不过客户提出想要获取关于组装结果与病毒之间的联系/按之前的操作,dfast没有病毒相关的数据库,无法满足客户需求。一番查阅,发现大家用这个VFDB数据库进行常规的病毒注释,下面将介绍一下使用该数据库进行注释的过程。由于比对工具diamond之前没有介绍过,此次也将一并介绍。介绍DIAMOND简介DIAMOND是用于蛋白质和翻译DNA的搜索序列比对工具,旨在用于大

2021.07.30【WGS/GWAS】丨全基因组分析全流程(上)

目录摘要命令行三级目录摘要时隔半年,终于把WGS前面的分析用snakemake搭建好了。读者不要嫌我慢,确实是项目不多,流程也不算特别复杂。之前的shell脚本也能用,因此迟迟没有真正搭建。现在项目慢慢多了,考虑到提升工作效率,趁着前几天做了2个WGS的项目,把这个流程梳理出来。命令行#vim: set syntax=python#__author__ = "Yang Xin"#__copyrig

#python
2021-09-09【linux】丨shell使用for循环遍历文件/数组

目录摘要for循环遍历文件使用方法方法一方法二总结摘要在日常生信分析过程中,分析员或多或少会使用for循环批量处理样品或者分组。这里我简单整理一下自己常用的两种遍历方法。for循环遍历文件使用方法方法一对于在同一个文件内的所有样品,使用 ls 可以遍历该文件夹内的所有文件名。for i in ls ./;doecho ${i}done可能有时候还有一些脚本文件在里面, 我们可以使用 正则表达式 *

#linux#python#正则表达式
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