整合超1万+工具，覆盖基因组、转录组、单细胞、蛋白质组、癌症基因组等全领域分析。：请在本文后留言，表明要进交流群，然后加微信 usegalaxy 为好友，拉你进群。（如Verkko、Hifiasm混合组装），攻克高重复基因组难题。优先技术响应、定制化工具部署、阶梯式能力培养，请加入「Galaxy生信星球」。：自动计算变量分布、统计检验，输出出版级三线表（Table 1）；：Circos圈图绘制功能

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括 mRNA, lncRNA，small RNA 等，本文简要介绍常见的 mRNA 和 lncRNA 的分析内容，可以看到二者之间许多分析内容是相同的。mRNA初级分析数据质控：去掉接头污染和低质量序列；分析批次效应；去除批次效应；序列比对：统计测序深度及覆盖度计算表达量：Raw counts / FPKM /

在生物信息学的数据分析过程中，时常需要对大规模数据进行快速处理和统计分析。今天，我们来介绍一款适合初学者和资深分析师的工具——Datamash，它是一个在Linux系统下运行的轻量级数据处理工具。本文将帮助大家了解这款软件的功能特点、优缺点，以及如何在Galaxy生信云平台上免费使用。一、Datamash是什么？Datamash是GNU项目的一部分，主要用于数据的行列处理和统计分析。它不需要图形.

各位小伙伴：Galaxy生信云平台（UseGalaxy.CN）自2024年1月13日起实现新的数据政策。非注册用户，享受1G免费存储空间。注册用户，享受10G免费存储空间。特殊任务需求，请联系管理员配置（ 微信：ilovebtit ）此外，注册用户需要进行邮件激活，因此请您注册时填写真实的邮件地址用于接收邮件，登录邮箱根据提示激活账户后方可变成正式注册用户。特此通知。Galaxy中国社区2023-

Galaxy平台上的文件称为数据集（Dataset），如果将多个文件组合在一起，则形成数据集合（Dataset collection）。上传文件后，可以通过工具将文件构建成数据集合。具体操作可以参考前面介绍转录组流程的文章：上传数据，轻松分析 | 云上转录组标准分析流程使用指南构建数据集合的工具有下图所示的4种：Build Dataset List，将多个文件组合成一个列表，每行一个数据集。Bui

在抗生素耐药性日益严峻的今天，微生物基因组中隐藏的天然产物合成基因簇（BGCs），就像一座座亟待开发的药物宝库。之前我们一起学习了GECCO这款基因簇识别工具（快4倍！新型生物合成基因簇预测工具全解析），今天咱们再来学习另一款基因簇识别的经典工具——Antismash（Antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell）。这款由欧洲分子生物学实验

RNA-seq 数据的专门分析还可以帮助检测影响剪接的转录因子的浓度、功能或定位的变化，可能导致神经退行性疾病和癌症的发生。根据RNA-seq数据的归一化类型，还可使用机器学习方法，如基于Poisson或负二项分布的分类模型，或通过Bioconductor MLSeq软件包进行分析，以识别差异表达基因。通过严格的质量控制、准确的读段比对、可靠的差异表达分析和深入的功能注释，研究人员可以从RNA-s

我本人是生物信息学专业，目前专注于 NGS 在肿瘤基因检测中的应用，就我的理解，讲一下 R 语言的学习顺序：先学习基础 R；然后学习 tidyverse；最后学习业务知识。那么我推荐书也按照这个学习顺序来。1. 基础 R 语言《An Introduction to R》（作者：Venables & Smith）这本书是 R 语言官方文档的一部分，适合初学者入门，包括 R 语言的基本语法、数

在生物医学和大数据共同成为全球关注点的新时代，生物信息学迎来了必然的蓬勃发展。生物信息学学科和技术将在未来的生命科学、精准医疗和智慧健康产业中起着不可替代的作用。生物信息学从出现就是一个集生命科学、统计学和计算机科学为一体的交叉学科，因此在交叉创新的大背景下，其得到了生命科学、统计学和计算机科学越来越多的研究人员与学生的关注。《生物信息学》前三版出版以来获得了广大读者的信任与喜爱，且被评为浙江省优

2023-11-06，Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增circos圈图绘制工具。Graph/Display DataCircos visualizes data in a circular layout (Galaxy Version 0.69.8+galaxy12)Circos（Krzywinski等人，2009年）是一个用于以圆形布局可视化数据的软件包。这使得Circos