已开发了多种用于 snATAC-seq 分析的工具，最著名的包括 Ren 实验室开发的 SnapATAC⁷⁸（预印本）、Satija 实验室开发的 Signac⁷⁹（预印本）和 Greenleaf 实验室开发的 ArchR⁸⁰（预印本）。尽管需要注意的是，某些通路成员的基因表达富集并不一定与通路活性相关，但可以使用多种工具对基因列表上的注释富集进行检验，这些工具在其他文献中已得到综述和比较 ⁷⁰⁻

在科研工作里，构建与美化进化树是必须掌握的技能之一。这篇文章汇总和整理了之前的相关内容，依照文章中的脉络，基本上能够在大多数情形下满足构建进化树的需求。本文将从测序数据到构建系统发育树需要经过这4个步骤进行阐述：①数据收集与预处理②多序列比对③选择适合的建树方法④系统发育树的评估与美化。数据准备与预处理数据收集与预处理是基因组测序数据分析的关键步骤，主要包括去除低质量序列、去除接头序列、过滤污染序

我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。安装 Aspera首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。#

今天我们翻译一篇文章，原文 2023年8月发表在《Nature Biotechnology》。本文讨论当前生物信息学教育和培训面临的一些巨大挑战，希望生物信息教学和学习者都能有所借鉴，思考。随着生命科学领域对生物信息学专门知识的需求日益增加，需要作出协调一致的努力，积极主动地批判性地思考教育和培训具有必要技能和能力的生命科学家的挑战。生命和健康科学界正面临着管理发现过程的重大挑战，这一过程正变得越

论文：Empowering Beginners in Bioinformatics with ChatGPT. 2023对于生信初学者而言，最大的困难是身边没有经验丰富的人给予指导。而ChatGTP的出现可能改变这一现状，学生可以自己作为导师，指导ChatGPT完成数据分析工作。众所周知，与ChatGPT互动，给予的指令越精确，那么它给出的答案越精准。这篇论文提出一个与ChatGPT互动的模型：O

前面写了一篇生信人的自我修养：Linux 命令速查手册，有朋友觉得是为 IT 人员准备的。科普任重而道远，我还是用这篇文章解释一下吧。两个方面的需求：数据处理服务器运维数据处理方面的需求...

Conda 是一个包管理器，类似于手机上的 AppStore 或电脑上的软件管家，可以方便地安装各种软件，并且能够为每一个软件创建自己的运行环境，互不干扰。Conda 有两个版本：Ana...

Pysam[1]是一个 Python 模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的 C-API，可用于读写基因组相关文件，如 Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF ...

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2026年1月8日Neuron杂志发表了由Meenakshi Rao团队完成的研究，该工作发现速激肽（Tachykinin）信号通路决定了肠神经系统中不同位置胶质细胞的身份和功能。这项工作重新界定了肠道胶质细胞的分类范式，明确了粘膜、神经节内和肌间胶质细胞是各司其职的独立亚群。Tacr3的发现不仅为肠神经系统研究提供了全新的遗传学工具，还揭示了肠道动力调节的一种非神经元依赖机制。研究团队锁定了一个