我们还为进阶用户提供高质量。该研究首次提供了中国人群视网膜细胞类型特异性的机器学习衍生老化特征，揭示了保守的分子标志和独特的细胞脆弱性，填补了现有研究在人群多样性和年龄覆盖上的空白，为制定针对性视网膜老化治疗策略提供了分子基础。本研究针对中国人群，刻画人类视网膜老化过程中细胞类型特异性的转录组变化，开发用于细胞年龄区分的机器学习模型，明确视网膜细胞组成的年龄相关变化、老化转录特征及潜在调控网络。：

2012 年启动的 ResFinder 网络服务器和 2013 年发布的综合抗生素耐药性研究数据库（CARD）为无专业生物信息学技能的用户铺平了道路，通过免费在线提交全基因组测序数据，便于抗菌药物耐药性基因的检测 [8,17,18]。本文介绍了开源的 Galaxy 平台在简化临床微生物全基因组测序数据分析方面的作用。然而，尽管表型抗生素敏感性测试（AST）方法仍是金标准，但近期测序成本的下降和大量

从最初的想法，5 年坚持，到现在开始有 SCI 文章引用我们的网站，越来越多的用户获得了方便，不再为生信数据分析而崩溃。先说学习，当年我们考研，6 人进面试，录取 6 人，录取率 100%，差额淘汰率 0%。很多人虽然被逼着学生信，做着生信相关的工作。我作为资深（意思是工作时间长，但能力菜）生信工程师，这个想法使我觉得这事儿可以干，必须干，说干就干。一群快满了，可以在评论区留言，表明意愿，然后加

微生物的质粒携带抗生素耐药性、毒力因子等关键基因，在基因组研究中，识别这些质粒序列对理解基因水平转移、追踪病原体传播至关重要。但传统方法费时费力，直到 PlasFlow 的出现，让这一切变得简单高效。今天我们一起来学习这款超实用的生物信息学工具！PlasFlow是一套用于预测宏基因组contig中质粒序列的脚本工具。它基于TensorFlow框架的深度人工神经网络（deep artificial

Pfam数据库包含众多蛋白质家族，各家族由序列比对和隐马尔可夫模型表示。此外，Pfam还定义了“宗族”，即基于序列、结构相似性聚集的Pfam条目群组。虽然数据主要基于UniProt参考蛋白质组，但仍可通过输入特定蛋白质来检索相关信息。Pfam的全比对数据可从多个数据库获取，这些数据库提供不同的接入选项和冗余级别。今天我们一起来学习一个基于Pfam数据库的强大蛋白质家族搜索工具——PfamScan。

从今天开始，用 21 天精通单细胞数据分析。我们将理论联系实际，边学边练，本文先从理论开始。https://usegalaxy.cn/training-material/topics/single-cell/tutorials/scrna-intro/slides_ZH-CN.html#1在线 PPT 有更好的阅读体验，请通过上述链接查看。提示：在线阅读，按P显示演讲者提示；方向箭头切换幻灯...

本文介绍全转录组数据分析方法，我们将以拟南芥测序数据为例，在 UseGalaxy.cn 云平台进行数据分析实践。概览问题：哪些 miRNA 在对油菜素内酯的反应中上调？哪些基因是油菜素内酯诱导 miRNA 的潜在靶标？目标：进行 miRNA 差异表达分析理解基于 quasi-mapping 的 Salmon 方法，用于使用 RNA-Seq 定量转录本的表达鉴定参与油菜素内酯介导调节网络的潜在 mi

单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了，这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样，一个表，没问题，但如果有两个表，时间还不一样，该信谁的呢？正好我们前面一篇文章介绍了这样一个开源数据库：https://www.scrna-tools.org/，里面收集了几乎所有的单细胞数据分析工具，我们在这个网站上通过工具的引用数排序，截取前 10 行结果，得到目前引用数最多，应用最广的 1

接上一篇，数据拆分完成后，得到 FASTQ 文件，下面对数据进行质控。当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种，FASTQ（Illumina, MGI），BAM（Life Ion Tor...

背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblast db：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih...