1976年，演化生物学家理查德·道金斯在《自私的基因》中首次提出meme概念，即“通过模仿传播的文化单位”。互联网时代，“meme”常指病毒式传播的搞笑图或短视频。而在生物信息学领域，MEME（Multiple EM for Motif Elicitation）是破解生命密码的重要工具。今天就给大家介绍这款能挖掘生物序列模式的工具。基因序列、蛋白质序列中隐藏着生命运作的密码，而发现这些密码的关键，

用户只需提供 FASTA 格式组装文件与至少两个 AGP 文件（定义组装支架化），可给 AGP 文件设权重决定其对最终结果的影响，若有 Hi - C 比对数据，还能用于解决合并图冲突。RagTag 是一套基于参考基因组的软件工具集，这个由加州大学开发的工具包，主要用于搭建和改进现代基因组组装，能帮忙找出基因组组装中的错误，还能把零散的DNA片段拼接完整。按参考将序列碎片依正确位置和方向排列，在相邻

一个完整的转录组测序项目大概分为以下三个阶段：体内：mRNA 生成阶段。转录生成 mRNA 前体，再经过转录后加工形成成熟的 mRNA。体外：建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。生信：生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量，以及差异表达基因分析等。从本文开始，着眼于生信阶段，开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。进入网站进入 Galaxy 生信云平台：https://

2012 年启动的 ResFinder 网络服务器和 2013 年发布的综合抗生素耐药性研究数据库（CARD）为无专业生物信息学技能的用户铺平了道路，通过免费在线提交全基因组测序数据，便于抗菌药物耐药性基因的检测 [8,17,18]。本文介绍了开源的 Galaxy 平台在简化临床微生物全基因组测序数据分析方面的作用。然而，尽管表型抗生素敏感性测试（AST）方法仍是金标准，但近期测序成本的下降和大量

RNA-seq 数据的专门分析还可以帮助检测影响剪接的转录因子的浓度、功能或定位的变化，可能导致神经退行性疾病和癌症的发生。根据RNA-seq数据的归一化类型，还可使用机器学习方法，如基于Poisson或负二项分布的分类模型，或通过Bioconductor MLSeq软件包进行分析，以识别差异表达基因。通过严格的质量控制、准确的读段比对、可靠的差异表达分析和深入的功能注释，研究人员可以从RNA-s

我本人是生物信息学专业，目前专注于 NGS 在肿瘤基因检测中的应用，就我的理解，讲一下 R 语言的学习顺序：先学习基础 R；然后学习 tidyverse；最后学习业务知识。那么我推荐书也按照这个学习顺序来。1. 基础 R 语言《An Introduction to R》（作者：Venables & Smith）这本书是 R 语言官方文档的一部分，适合初学者入门，包括 R 语言的基本语法、数

在生物医学和大数据共同成为全球关注点的新时代，生物信息学迎来了必然的蓬勃发展。生物信息学学科和技术将在未来的生命科学、精准医疗和智慧健康产业中起着不可替代的作用。生物信息学从出现就是一个集生命科学、统计学和计算机科学为一体的交叉学科，因此在交叉创新的大背景下，其得到了生命科学、统计学和计算机科学越来越多的研究人员与学生的关注。《生物信息学》前三版出版以来获得了广大读者的信任与喜爱，且被评为浙江省优

2023-11-06，Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增circos圈图绘制工具。Graph/Display DataCircos visualizes data in a circular layout (Galaxy Version 0.69.8+galaxy12)Circos（Krzywinski等人，2009年）是一个用于以圆形布局可视化数据的软件包。这使得Circos

碱基互补配对原则是：A 与 T 配对，G 与 C 配对。求 DNA 的反向互补序列分两步：第一是反向，第二是互补。比如序列“ATGC”，反向就是“CGTA”，再互补就是“GCAT”。给定...

tRNA是转运RNA，负责将氨基酸带到核糖体以合成蛋白质，对生命活动至关重要。tRNA谱的变化与细胞功能和疾病（如神经退行性疾病、癌症、代谢疾病）有关，研究tRNA有助于理解疾病机制，为治疗提供新思路。tRNA高通量测序技术进步，助研究人员深入了解tRNA转录和表观遗传，揭示其与疾病的关联。现介绍tRNA基因预测工具tRNAscan-SE。tRNAscan-SE是tRNA基因预测的专属工具，能识别