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病原微生物扩增子数据分析实战(二):fastp软件进行质量控制

接上一篇,数据拆分完成后,得到 FASTQ 文件,下面对数据进行质控。当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, MGI),BAM(Life Ion Tor...

#python#数据挖掘
Annovar软件注释肿瘤基因突变(一):COSMIC数据库最新版下载与使用

COSMIC,即:Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer。官网:https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic注意事项:Cosmic 数据库从 v71 版本开始,学术研究免费(需要学校或研究机构的邮箱注册),而商业使用需要授权目前数据库有基于 CRCh37 和 CRCh38 两种版本,根据需要选择合适的,步骤...

#数据库#python#java +2
没养龙虾(OpenClaw),先养个马(Hermes)来做生物信息学

今天(2026-05-12),hermes 在 GitHub 上有 14.5 万颗星,这对于才火起来 1 个月左右的项目来说,已经非常成功了。接着是标准分析,进阶分析。如果终端没有出现二维码,那么就复制提示的链接,到 QQ 开放平台创建一个 QQ 机器人,我们给它取一个名字:Hermes。要在 QQ 上跟 hermes 对话,首先必须要创建好机器人并且跟 hermes 配对好,就像蓝牙配对一样。它

生信小白都会的转录组数据分析流程

在Galaxy生信云平台,无需任何代码,即可从下机数据开始,分析得到转录组的表达量矩阵。有了生物信息界的新物种,生信云。从此不需要购置服务器,不需要学习编程,生信小白也可以进行生物信息数据分析了。工具地址Galaxy中国(UseGalaxy.cn)> RNA ANALYSIS TOOLS > Standard Analysis > 有参转录组标准分析功能描述本工具用于转录组二代测

#数据分析#数据库#数据挖掘
RNA-seq数据分析实战 | 2026年第2期,开启你的生信学习之旅

值得注意的是, 近年来,以 Galaxy 为代表的生物信息云平台渐趋成熟,在降低生物数据分析门槛方面起到了非常重要的作用。Galaxy 让不会编程的人也能轻松处理海量数据, 使得数据分析不再是工程师的专属技能。不同于传统的生信培训,本门课程的特色是无代码,学员不需要写一行代码,仅通过上传数据,点击鼠标就可以完成所有 RNA-seq 数据分析。完成本门课程,学员无需写代码,即可完全基于 Galaxy

#数据分析#学习#人工智能 +2
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:006 计算点突变数

汉明距离的定义:对于两条长度相等的字符串来说,汉明距离指的是它们之间不相同的字符数。对于两条 DNA,则是它们之间的点突变数目。给定:两条长度相等的 DNA 序列(不超过 1kb)。需得...

#算法#python#css +1
对于有生物学基础,但无生物信息学背景的人,转行到生信难不难?

转型总的来说,不容易。你必须要有兴趣。必须要热爱生命科学,才能长期坚持。就收入来说,生物实验 < 生物信息 < IT。当然指的是技术岗的普通技术人员。高级技术人员和管理岗任何行业都有高收入。21世纪是生物的世纪,这个口号喊了这么多年,但是普通生物专业就业形式之差有目共睹。而这个口号对于生物信息学来说,有那么一点像了。因为随着测序技术的发展和测序成本的下降,生物行业正在进入大数据时代。生

如何自学生物信息学:从菜鸟到专家

看透了如此多的秘密,我们已停止相信尚有不可知之物。然而,那不可知之物却仍然坐在那里,冷静地舔着自己的嘴唇。——H.L. Mencken尽管人类已把航天器...

#编程语言#人工智能#大数据 +1
病原微生物扩增子数据分析实战(三):vsearch软件鉴定物种组成

病原微生物基因检测的两大核心任务是物种组成和功能组成的鉴定,而扩增子测序的首要目的是找到致病的细菌或者病毒,即鉴定物种组成。经过质量控制,测序数据中已经不包含非生物的异常序列了,下面我们...

#数据库#python#java +2
科学 · 新书 |《生物信息学实验指导》正式出版

READING编辑推荐20世纪末,我国生物信息学处于起步阶段、学习资料很少,浙江大学樊龙江教授整理了“生物信息学”课程的备课笔记,取名《生物信息学札记》放在实验室主页上供读者参考,并逐渐成为许多生物信息学初学者的必读材料。《生物信息学(第二版)》樊龙江 主编书号:9787030681010《生物信息学(第二版)》(2021年5月于科学出版社出版)正是在该札记的框架基础上,结合编者多年的教学心得和研

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