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从单细胞测序到人群大数据:一文读懂如何利用scRNA-seq与UK Biobank挖掘临床靶点

2026年1月8日Neuron杂志发表了由Meenakshi Rao团队完成的研究,该工作发现速激肽(Tachykinin)信号通路决定了肠神经系统中不同位置胶质细胞的身份和功能。这项工作重新界定了肠道胶质细胞的分类范式,明确了粘膜、神经节内和肌间胶质细胞是各司其职的独立亚群。Tacr3的发现不仅为肠神经系统研究提供了全新的遗传学工具,还揭示了肠道动力调节的一种非神经元依赖机制。研究团队锁定了一个

单细胞数据分析培训班(Python/Galaxy可选),不怕学不会

擅长 C++ 和 Python 编程,特别是管理的生信云平台底层本身是 Python 语言的,因此对于 Python 编程尤其熟悉(舒适区)。中国银河生信云平台(UseGalaxy.cn)致力于生信平权:为全球用户提供零代码、一站式生信分析服务。我们用 79 万除以 5000,大约 = 158,用 240 万除以 5000,大约 = 480。数据导入、QC 质控、双细胞检测、批次校正、AI 自动注

#数据分析#数据挖掘
Nature Communications|bulk+scRNA+TCR-seq,揭秘肝内胆管癌联合治疗耐药关键(附Python代码)

本研究聚焦肝内胆管癌(iCCA)的GOLP联合治疗(吉西他滨+奥沙利铂+仑伐替尼+抗PD1抗体),通过单细胞测序等技术,分析治疗前后肿瘤微环境的细胞动态变化,识别预测治疗响应的细胞亚型及分子机制,为优化iCCA治疗方案提供理论依据。图6:GOLP治疗后CD8+T细胞克隆扩增,CD8增殖型细胞→CD8 GZMB+细胞→CD8 GZMK+细胞的转化与良好治疗响应相关;图2:单细胞测序鉴定出12种细胞类

#人工智能
生信 3.0 时代:单细胞分析跨入“云平台+AI+Python”新纪元

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#人工智能
Nature Protocols | 转录组快速定量,kb-python,适用于批量、单细胞和单核RNA-seq,一套工具全搞定

-workflow=standard,创建适用于批量和单细胞 RNA-seq 定量的索引,该索引仅基于 cDNA 序列构建(此处 cDNA 的使用遵循 Ensembl 的定义,即成熟转录本的序列,其中内含子通常已被切除)。kb-python 中的 “kb count” 命令可实现批量、单细胞和单核 RNA-seq 读数的映射和定量(见下图)。对于 RNA-seq 读数映射,kallisto 从一组

病原微生物扩增子数据分析实战(二):fastp软件进行质量控制

接上一篇,数据拆分完成后,得到 FASTQ 文件,下面对数据进行质控。当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, MGI),BAM(Life Ion Tor...

#python#数据挖掘
Annovar软件注释肿瘤基因突变(一):COSMIC数据库最新版下载与使用

COSMIC,即:Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer。官网:https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic注意事项:Cosmic 数据库从 v71 版本开始,学术研究免费(需要学校或研究机构的邮箱注册),而商业使用需要授权目前数据库有基于 CRCh37 和 CRCh38 两种版本,根据需要选择合适的,步骤...

#数据库#python#java +2
没养龙虾(OpenClaw),先养个马(Hermes)来做生物信息学

今天(2026-05-12),hermes 在 GitHub 上有 14.5 万颗星,这对于才火起来 1 个月左右的项目来说,已经非常成功了。接着是标准分析,进阶分析。如果终端没有出现二维码,那么就复制提示的链接,到 QQ 开放平台创建一个 QQ 机器人,我们给它取一个名字:Hermes。要在 QQ 上跟 hermes 对话,首先必须要创建好机器人并且跟 hermes 配对好,就像蓝牙配对一样。它

生信小白都会的转录组数据分析流程

在Galaxy生信云平台,无需任何代码,即可从下机数据开始,分析得到转录组的表达量矩阵。有了生物信息界的新物种,生信云。从此不需要购置服务器,不需要学习编程,生信小白也可以进行生物信息数据分析了。工具地址Galaxy中国(UseGalaxy.cn)> RNA ANALYSIS TOOLS > Standard Analysis > 有参转录组标准分析功能描述本工具用于转录组二代测

#数据分析#数据库#数据挖掘
RNA-seq数据分析实战 | 2026年第2期,开启你的生信学习之旅

值得注意的是, 近年来,以 Galaxy 为代表的生物信息云平台渐趋成熟,在降低生物数据分析门槛方面起到了非常重要的作用。Galaxy 让不会编程的人也能轻松处理海量数据, 使得数据分析不再是工程师的专属技能。不同于传统的生信培训,本门课程的特色是无代码,学员不需要写一行代码,仅通过上传数据,点击鼠标就可以完成所有 RNA-seq 数据分析。完成本门课程,学员无需写代码,即可完全基于 Galaxy

#数据分析#学习#人工智能 +2
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