DeepLoc-2.1是基于深度学习的在线工具，用于预测真核蛋白的亚细胞定位（10类）和膜关联类型（4种）。该工具支持多标签预测，可识别影响定位的分选信号，免费开放使用。用户可通过FASTA格式提交序列（单次最多500条），提供高精度和高通量两种预测模式。序列长度限制因模式而异（4000aa或1022aa），建议批量分析时选择精简输出。相关成果已发表在2025年《蛋白生物信息学中的大语言模型》专著

AliFilter是一款基于机器学习的序列比对修剪工具，主要用于去除DNA或蛋白比对中的错误位点。该工具通过训练模型模拟人工修剪逻辑，支持快速处理大规模数据集，同时保持修剪结果的可重复性。用户可直接下载预编译版本使用内置模型，也可自定义训练模型。软件支持标准输入输出，能与MAFFT等比对工具管道串联使用。相比传统修剪工具（如BMGE、trimAL等），AliFilter结合了自动化效率和人工修剪的

酶是生命体中的分子功能机器，底物特异性是决定酶功能的核心特性，即酶识别特定底物并对其选择性发挥催化作用的能力。该特异性由酶活性中心三维空间结构，以及化学反应复杂的过渡态共同决定。诸多酶还具备底物杂泛性，可催化天然进化之外的反应、作用于非天然底物。但目前海量已知酶仍缺乏可靠的底物特异性数据，既限制了酶的实际应用，也阻碍了人们全面解析自然界生物催化的多样性特征。本研究构建了一款搭载交叉注意力机制的SE

鉴于这些序列可能与 `embplant_mt` 相差甚远，除了使用类似于 `embplant_mt` 的选项外，还可以制作一对自定义种子数据库和标签数据库，并按照此处的指南运行 GetOrganelle。如果使用默认数据库失败，请使用您自己的种子数据库（或第一次 GetOrganelle 运行的输出）和标签数据库，通过 `-s` 和 `--genes` 选项重新运行。如果使用默认数据库失败，请使用

现在，公共 SRA 文件可以通过 GCP 和 AWS 云平台以及 NCBI 访问。在云端访问大多数数据需要用户在云服务提供商处拥有账户。用户的账户将因云计算或将数据复制到指定的云服务区域外而产生费用。三个地址都可以，一般选AWS快一点稳定。SRA 档案数据通过 SRA 加载过程进行标准化，并由 SRA 工具包用于读取和生成如 FASTQ、SAM 等格式。默认的工具包配置使其能够通过登录号查找和检索

在DNA或蛋白的同源序列中，不同位点的保守程度是不一样的，一般来说，对DNA或蛋白质功能和结构影响比较大的位点会比较保守，其它位点则不是很保守。motif最先是通过实验的方法发现的。张国莉,周倩怡,余小奎,等.基于转录组的大蒜水通道蛋白基因家族的鉴定与分析[J/OL].分子植物育种,1-26[2024-06-20].http://101.42.170.182:8085/kcms/detail/46

SeqKit - 跨平台且极速的FASTA/Q文件操作工具包，生信胶水之一。

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蛋白质亚细胞定位预测，论文必备工具

Pfam数据库是国际权威的蛋白质结构域家族数据库，通过多序列比对和HMM模型系统整合蛋白质结构域信息。最新版本Pfam 38.0包含25,545个条目和796个宗族。数据库提供网页端快速检索、序列搜索和结构域组合筛选等功能，并支持本地化搜索方案。Pfam通过机器学习技术持续扩展，新增数百万条功能注释和全新蛋白家族。该数据库与PROSITE、SMART等多个蛋白质数据库联动，共同支持蛋白质结构与功能