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Ubuntu 安装 FSL 及多模态脑MRI的去颅骨处理(含 HD-BET 深度学习方法)

需求推荐工具原因普通 T1 脑提取BET(加-R -f 0.4快速、经典T2、PD、病灶图像HD-BET鲁棒、跨模态、自适应脑组织分割(GM/WM)更精细的结构分割批量处理HD-BET / 自写脚本自动化更高。

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#ubuntu#深度学习#linux
深度学习3D可视化工具——Zetane Engine

神经网络在工作的时候,里面到底是什么样?为了能透视这个“AI黑箱”中的过程,加拿大蒙特利尔一家公司开发一个3D可视化工具Zetane Engine。只需要上传一个模型,Zetane Engine就可以巡视整个神经网络,并且还可以放大网络中的任何一层,显示特征图,看清流水线上的每一步。目前Zetane Engine不同系统的版本都可以在GitHub网站zetane中找到,不同版本的下载地址(左图为卷

#深度学习#人工智能
Pytorch模型的保存及加载

深度学习模型保存模型参数的方法有两种:1.保存整个网络(模型结构+模型参数):# 保存整个模型和参数torch.save(model_object, 'convit_tiny.pth')# 对应的加载模型代码为model = torch.load('convit_tiny.pth')print(model)此时print的是整个网络的模型结构;若要加载模型的参数:model = torch.loa

#pytorch#python#深度学习
分割模型nnUNet学习日记(一):在Ubuntu系统下如何快速使用nnUNet跑通自己的数据

分割模型nnUNet学习日记(一):在Ubuntu系统下如何快速使用nnUNet跑通自己的数据

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#学习#ubuntu#python
深度学习中学习率调整策略

参考博客:系统学习Pytorch笔记七:优化器和学习率调整策略pytorch优化器学习率调整策略以及正确用法Pytorch使用ReduceLROnPlateau来更新学习率分类模型参数调整的Github参考代码

图像分割评估指标——surface-distance计算库

一、简介当我们评价图像分割的质量和模型表现时,经常会用到各类表面距离的计算。这里推荐一个deepmind的表面距离度量计算库surface-distance。该库的下载地址:https://download.csdn.net/download/Joker00007/12718748Github地址:https://github.com/deepmind/surface-distance(注:Git

Ubuntu 安装 FSL 及多模态脑MRI的去颅骨处理(含 HD-BET 深度学习方法)

需求推荐工具原因普通 T1 脑提取BET(加-R -f 0.4快速、经典T2、PD、病灶图像HD-BET鲁棒、跨模态、自适应脑组织分割(GM/WM)更精细的结构分割批量处理HD-BET / 自写脚本自动化更高。

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#ubuntu#深度学习#linux
MRI大型数据集FastMRI介绍

fastMRI 是 NYU Langone Health 与 Meta AI Research(前 Facebook AI Research)合作推出的一个大型开源 MRI 数据集,旨在推动基于机器学习的 MR 图像重建研究。该数据集同时提供原始 k-空间(k-space)HDF5 文件和临床重建后的 DICOM 图像,覆盖膝关节、脑部、前列腺,以及最新加入的乳腺扫描,能够兼顾理想化算法验证与真实

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MRI大型数据集FastMRI介绍

fastMRI 是 NYU Langone Health 与 Meta AI Research(前 Facebook AI Research)合作推出的一个大型开源 MRI 数据集,旨在推动基于机器学习的 MR 图像重建研究。该数据集同时提供原始 k-空间(k-space)HDF5 文件和临床重建后的 DICOM 图像,覆盖膝关节、脑部、前列腺,以及最新加入的乳腺扫描,能够兼顾理想化算法验证与真实

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Pytorch的hook技术——获取预训练/已训练好模型的特定中间层输出

Pytorch的hook技术——获取预训练/已训练好模型的特定中间层输出

#pytorch#深度学习
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