在生信分析中，免疫分析作为必不可少的一部分，基本上90%以上的文章都会使用到免疫分析，其中CIBERSORT,TIMER,ESTIMATE等等，使用尤多。生信豆芽菜将分析和可视化进行分开，这里对8个免疫相关的分析进行总结。这8个分析工具，需要上传的都是一个基因表达谱矩阵，其中行为基因，列为样本，行名不要重复。如果重复，可以使用去重工具去重！！！！在分析的过程中，我们会得到一个细胞丰度的比例，其实就

早期在多因素建模的过程中，也是没有系数的，后来为了将基因的风险系数进行量化，所以将多因素cox分析得到的coef作为系数，进行计算相关的风险得分。这里我们是将建模的 方法释放出来，在之前的分析中，由于数据分布状态的问题，导致个别算法不能运行，内存直接爆掉，程序被迫中断，为此，我们在分析时不选择该算法组合即可。而现在101算法，默认也是没有系数的，在得到特征基因后，选择用多因素cox/Logisti

该工具于免疫细胞与疾病的MR类似，也是分了三步进行，话不多说，直接上工具。

Cox 多因素分析（Cox multivariate analysis），也称为 Cox 比例风险模型的多因素分析，是一种生存分析方法，用于评估多个因素对患者生存或复发风险的影响。在任何进行分析前，我们可能做不到理解每一个分析的原理，但是至少要明白分析的数据是什么，这一步分析的目的是为了什么？一般情况下，我们在进行多因素分析的时候，是先使用单因素预后相关的基因进行分析，甚至去除一些共线性相关的基因

说起孟德尔随机化分析，大家都很熟悉，普通的双样本MR可以简单认为双疾病的因果关系，其实就是为了说明暴露因素和结局因素之间通过一些关键的snp产生因果关系，而中介孟德尔随机化分析，就是引入一个第三个因素如下：通过两步MR分析完成两步MR的主要目的是探讨中介变量（mediator）是否能介导暴露对结局影响，一般适用于寻找从暴露到结局的潜在发生机制。一般而言，在进行两步MR分析之前，我们已经获取了暴露对

从推出linux版本的Rstudio以来已经一年，当初推这个账号，本身是为了做代码复现，为了统一解决环境问题，所以我们配备配置R环境的相关服务，这里小编简单整理一下在使用中常遇到的问题。