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eggNOG数据库注释文件

eggnog.db是一个sqlite数据库。导出的表长这样,大小大概有11.3G。可以用这个代码看看表格的前几行。导出prots表格的文件。event表含有这些列。

#数据库#linux
eggNOG数据库注释文件

eggnog.db是一个sqlite数据库。导出的表长这样,大小大概有11.3G。可以用这个代码看看表格的前几行。导出prots表格的文件。event表含有这些列。

#数据库#linux
学习一下ARG-OAP的python代码

19,951个氨基酸序列,都是些核糖体蛋白。

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#学习
将NR数据库diamond比对结果做物种注释

提取出来的taxid和taxonomy对应信息输出为一个文档prokaryotes_taxid_Ano.txt,之后可以手动(比如用Excel的vlookup或R语言的merge)与后面的生成的表格一起进行整理(5.中我还会再浅浅提及)。用md5sum和cat两个命令确认下下载的东西正常——如果两个结果一样,则文件完整,如下图(这个展示用的是另外的文件,不是我用的文件)。这里的两个.md5文件其实

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#python#开发语言
将NR数据库diamond比对结果做物种注释

提取出来的taxid和taxonomy对应信息输出为一个文档prokaryotes_taxid_Ano.txt,之后可以手动(比如用Excel的vlookup或R语言的merge)与后面的生成的表格一起进行整理(5.中我还会再浅浅提及)。用md5sum和cat两个命令确认下下载的东西正常——如果两个结果一样,则文件完整,如下图(这个展示用的是另外的文件,不是我用的文件)。这里的两个.md5文件其实

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#python#开发语言
metawrap bin_refinement输入checkm数据库地址

这是运行metawrap bin_refinement -o bin_refinement -t 30 -A binning/metabat2_bins/ -B binning/maxbin2_bins/ -C binning/concoct_bins/ -c 50 -x 10 时遇到的报错。这个checkm_data_2015_01_16.tar.gz是275MB。浅找了一下服务器里没找到数据库

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#服务器#linux#运维
到底了