王建民蛋白质折叠涉及重新排列空间中的线性氨基酸序列，使其处于低能状态。仅基于氨基酸序列预测正确的三维结构非常困难，其原因在于肽键的自由组合会产生大量的可能性：即使对于一个小的蛋白质进行结构域顺序抽样，耗费的时间都将超过宇宙的年龄，因此计算预测是为了规避顺序抽样问题。在过去的40年里，计算预测一直在稳步改进，通过X 射线晶体学、核磁共振波谱和低温电子显微镜（cryo-EM）等实验确定蛋白质结构序列的

设计兼具高稳定性和高活性的蛋白质突变体是蛋白质工程中关键而富有挑战的任务。本文提出的深度学习模型无需特定蛋白的预实验突变数据，即可设计出稳定性与活性提升的蛋白质突变体。基于温度感知语言建模技术，PRIME在涵盖283套蛋白质检测实验的公共突变数据集上展现出超越现有最优模型的预测能力。通过对五种蛋白质的验证，我们评估了PRIME推荐的30至45个单点突变对多种蛋白特性的影响，包括热稳定性、抗原-抗体

通过MosaicML云平台，CRFM的开发者在PubMed的生物医学数据集上训练了一个生成式预训练模型（GPT）。结果表明，特定领域的语言生成模型在实际应用中将会有很好的发展前景，同时，LLM也展现出更加优秀的性能和竞争力。PubMed GPT的结果只是生物医学文本及其他领域研究的第一步，往后仍需要更多研究者来开发更加先进的成果。而且目前只是概念验证，最终的希望是在未来出现值得信赖的交互式AI系统

在自然界中，动物很少孤立行动。它们与同伴的相互作用对它们的行为和生理状态产生重要影响。尽管30多年前已提出社交关系的数量和质量是影响人类和其他动物健康的主要风险因素的假说，但其潜在机制仍然大部分不清楚。果蝇是社交型动物，呈现出动态社交互动网络和集体行为，并且这些行为对多种生命过程产生重要影响。睡眠也是受到社交信号影响的一个不可或缺的生理过程。白天的社交经验能改变果蝇夜间的睡眠需求和结构，而长期的社

通过本篇文章可以对机器学习(machine learning, ML)的常用算法有个常识性的认识，没有代码，没有复杂的理论推导，就是图解一下，知道这些算法是什么，它们怎么做的，怎么应用的，例子主要是分类问题。每个算法都进行了简洁的讲解，便于科普，以后有时间再对单个算法做深入地解析。今天的算法如下：决策树逻辑回归SVM朴素贝叶斯K最近邻算法K均值算法神经网络马尔可夫。

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首先从维基百科上搬出数据可视化是关于数据之视觉表现形式的研究；其中，这种数据的视觉表现形式被定义为一种以某种概要形式抽提出来的信息，包括相应信息单位的各种属性和变量。用人话简单来说，数据可视化就是用。首先要明确几点：数据可视化从来只是表层的东西，数据分析才是核心。就像一个人，不一定长得漂亮人格就高尚，也不一定长得不好看人格就低下。而应该反过来，只只有，数据可视化才能内容丰富、有价值。可是这是个看脸

工欲善其事必先利其器”，生信工程师每天写代码、搭流程，而且要使用至少三门编程语言，没有个好集成开发环境(IDE，Integrated Development Environment)那怎么行？本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是editplus用着比较舒服，适合我的个人习惯。

细菌分型(3) | 可移动元件分型，质粒分型，噬菌体分型，转座子，抗生素耐药性分型，血清型预测，WGS分析平台，展望与总结。R基础包的6个高级绘图函数(boxplot|barplot|hist|pie|dotchart|coplot)Cell 10-2 | 史前牲畜与人传染病的细菌基因组研究；蛋白-蛋白互作新模型。细菌基因组测序、组装、进化 | 最新文献目录期刊 2025/8/1~11/28 (中

Bio-101 是Bio-protocol旗下一个中文生命科学实验方案的共享平台，通过与上百个国内优秀科研团队的合作，已出版了多本同行评审、免费获取的中文实验方案电子书。多种方法，重点展示不同生物样本的数据处理与组学分析、细胞显微成像技术优化，以及从序列组装、差异分析到代谢网络构建的实用工具与流程，希望能为研究人员提供思路与参考。，强调使用无需外源参照物的siQ-ChIP和标准化覆盖度方法，实现更