2024年12月11日，Plant Communications在线发表中国农业科学院生物技术研究所乐亮副研究员和普莉研究员共同署名通讯作者，标题为Synthetic biology and artificial intelligence incrop improvement的综述文章。文章探讨了合成生物学在作物改良中的作用，特别是通过工程原理有目的地改良植物，通过“设计、构建、测试和学习”循环.

上海交通大学NovelLab实验室文章标题:How to build the virtual cell with artificial intelligence: Priorities and opportunities发表期刊: Cell发表日期: 2024年12月12日作者单位：斯坦福大学、基因泰克等近日，来自斯坦福大学、基因泰克等机构的研究人员在Cell正刊上发表了一篇观点文章，题为《如何用

HelixFold-Single将自然语言处理领域的语言模型，应用在蛋白质上，构建了预训练语言模型，从3亿的无标注蛋白质数据中提取信息，建模蛋白质之间的关系，从而将MSA同源信息隐式的学习在语言模型中，进而有效地替代MSA信息检索模块，极大地提升了结构预测的速度。5个CDR loops倾向于采用通过序列相似性可以有效地进行预测，然而，重链的第3个CDR loop（CDR H3），由于其在序列和长度

平台如TAIR、FlowerMate 2.0和CyVerse等通过高效的数据处理和分析，促进了植物学研究的快速发展，特别是在实验室成果转化为实际应用的过程中，AI的自动化和模块化设计加速了这一进程。然而，植物学中的大数据仍面临挑战，尤其是数据存储、整合、标准化以及复杂性分析等问题，植物组学数据的快速增长提供了关键的研究信息，但如何高效管理和分析这些海量数据，仍需不断优化技术和算法。未来，随着数据库

点评 | 樊荣（耶鲁大学）近年来，空间组学技术已成为解析组织异质性和复杂细胞相互作用的重要工具。尤其是空间转录组学，在胚胎发育、神经科学和疾病机制研究中展现了巨大潜力。然而，作为直接执行生物功能的核心分子，蛋白质的空间分布研究在技术上面临诸多挑战。现有空间蛋白质组学技术受限于质谱检测通量和高昂成本，难以兼顾高分辨率与大面积组织分析需求，限制了其在复杂组织研究中的广泛应用。2025年1月23日，中国

前言FlareFEP是一个高度集成且用户界面友好的自由能微扰（Free Energy Perturbation，FEP）计算工具，它由Cresset和英国爱丁堡大学的Julien Michel博士合作开发而来1。Flare FEP健壮、用户友好、经过充分验证2，使用“炼金术”转化来预测同系物的相对结合亲和力变化。FEP计算有两个步骤非常耗费计算资源：一个是小分子的力场参数化，另一个是炼金术法过程.

1。计算机的峰值为主频x4。2。计算机读取数组时，一次会读入一行，要最大限度的利用已读入的数据，减少频繁读写的次数。3。多线程内存共享，多进程需要消息传递来交换变量。4。利用管道在不同程序之间传递内容（可以是管道符｜或mkfifo mypipe）5。平均不同节点的计算量，尽量做到负载平衡。6。数据分块是每块大小尽可能为cache的1/3。7。MPI_CHAR 为一个字符，但不一定是一个字节。8。在

一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工具以及图形排版的介绍，是在家作图、出门收藏的必备良品。代码很简单，封装很方便，但在使用时还是有不少

已有研究表明，肠道微生物群的不平衡即“菌群失调”，会导致各种人类疾病的出现。目前，微生物标志物的开发主要基于二元分类器法。新的研究结果显示，多数健康状况表现出重叠的肠道微生物组特征，单一疾病诊断模型可能会被不相关的疾病混淆，进而导致错误的分类。虽然人们开始尝试开发多类诊断模型，但先前依赖公共数据集进行分析的工作所涉及的异质性、技术偏差和批次效应限制了模型的准确性。近日，香港中文大学黄秀娟教授团队在

细胞色素P450酶(Cytochrome P450酶，简称P450酶)是世界上公认的用途最广泛的催化剂，在生物代谢和生物合成过程中发挥着重要作用。尽管数据库中有大量的P450基因(超过30万个)，但只有一小部分(不到0.2%)进行了功能表征。为了提供一个方便的平台，提供丰富的p450及其相应反应的信息，作者引入了P450Rdb数据库，这是一个人工整理的资源，汇集了p450催化反应的文献。Highl