本文分享了一套基于Codex API开发的泛基因组分析流程代码，适用于细菌基因组比较分析。流程包含两种入口：复现文献公开基因组数据（使用NCBI数据）或处理新测序项目（从原始FASTQ开始）。主要步骤包括：软件环境配置（conda/mamba）、数据下载、质控修剪、基因组组装与矫正、功能注释和泛基因组分析（使用Panaroo/Roary）。项目提供了完整的脚本和R分析代码，支持可视化核心/附属基因

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原文：Native nucleosomes intrinsically encode genome organization principles文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-08971-7#code-availability期刊：NatureIF：50.5发表时间：2025年5月7日Python。

国家水稻数据中心是中国水稻研究所创建的一个以水稻为核心，服务于育种需求的大型数据库，数据包含种质、突变体、分子标记、基因、QTL、文献资源等。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；Oryzabase是一个综合性水稻科学数据库，该数据库最初旨在收集尽可能多的信息.水稻基因组注释项目数据库（RGAP），主要提供水稻基因组序列和注释数据。**5. 水稻遗

一区Top期刊 Acceptance Rate: 5%，接受率为5%期刊:Journal of Advanced Research国家:Netherlands出版社:Elsevier B.V.影响因子:JIF5=11.6JCR分区：Q1中科院大类：1Top：是Open Acess：是。

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趋势图在组学中是常见的图形，尤其是多组学分析中。趋势图的绘制教程相对也比较多，以及使用的分析R包也相对比较多，功能也也比较强大。我们在做关联分析后（相关性分析），获得单独的数据集，再用其绘制趋势图，如何绘制呢？