主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!我们在代码中详细标注了调整参数，可以自行根据需求进行调整即可。最近，自己的事情比较多，会无暇顾及社群和公众号教程。2.3 绘制基础mantel相关性网络图。此图是一位同学看到后，想出的一期教程。1 安装和加载相关的R包。2.4 绘制显著性网络图。2.2 计算网络关系。

今天（你看到后是昨天）不知道为什么，安装包，一直安装不了，真的是炸裂了。说实话，我是真不想折腾升级这些，因为，只要升级，环境多多少少。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；主要报错也是，在Rstuido中无法正常加载R包，但是在R软件中是可以正常运行。以上是自己根据自己的报错，进行解决的方法。但是，使用前面的解决方案行不通了，自己只能再次查找解决方

趋势图在组学中是常见的图形，尤其是多组学分析中。趋势图的绘制教程相对也比较多，以及使用的分析R包也相对比较多，功能也也比较强大。我们在做关联分析后（相关性分析），获得单独的数据集，再用其绘制趋势图，如何绘制呢？

国家水稻数据中心是中国水稻研究所创建的一个以水稻为核心，服务于育种需求的大型数据库，数据包含种质、突变体、分子标记、基因、QTL、文献资源等。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；Oryzabase是一个综合性水稻科学数据库，该数据库最初旨在收集尽可能多的信息.水稻基因组注释项目数据库（RGAP），主要提供水稻基因组序列和注释数据。**5. 水稻遗

在11月中旬，我的M.2的硬盘突然间崩掉了，就是的那种莫名其妙的。但是，在11月份某一天，此盘的某两个文件夹无法访问（PS：以为是自己电脑的问题），但在第二天，全部磁盘文件无法访问。我基本全部的重要的数据都是放在这个盘里面，此外，我是基本没有做备份。但是，随着数据的不断增加，容量成了很大的问题，现在我需要扩容，以及将raid 1转为raid 5,涉及到以前套件也需要转移（PS:我的套件是安装在容池

原文：Native nucleosomes intrinsically encode genome organization principles文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-08971-7#code-availability期刊：NatureIF：50.5发表时间：2025年5月7日Python。

在11月中旬，我的M.2的硬盘突然间崩掉了，就是的那种莫名其妙的。但是，在11月份某一天，此盘的某两个文件夹无法访问（PS：以为是自己电脑的问题），但在第二天，全部磁盘文件无法访问。我基本全部的重要的数据都是放在这个盘里面，此外，我是基本没有做备份。但是，随着数据的不断增加，容量成了很大的问题，现在我需要扩容，以及将raid 1转为raid 5,涉及到以前套件也需要转移（PS:我的套件是安装在容池

featureCounts是subread中脚本，可以使用subread流程进行定量，在这里直接使用前面mapped的bam文件进行转录本定量。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；因此，个人建议仍是获得count值，后再进一步的分析，这样的方法更利于下游分析。是stringtie软件中自带的获得转录本丰度的脚本，6.1中的。文件进行转录本表达量的

通俗讲，把比对到的某个基因的Fragment数目，除以基因的长度，其比值再除以所有基因的总长度。TPM的全称为Transcripts per million，Transcripts Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的Transcripts)。自己也是这样的，一个人的时间和精力是有限的，我们不可能

此图也是实用性很强，80%的同学应该可以用得到，今天分享的只是学习笔记的一部分，后面会逐渐完善。既然是学习笔记，那么我们也有参考的教程，我们也会再文末附上参考的教程，大家也可以直接到对应教程中学习。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；有时候，我们在绘制火山图时，会出现X或Y轴坐标较大的现象，对火山图整体美观性较差，那么适当限制基因调整图形美观.在