这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系。在分析之前，你需要从PhytozomeV11 下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保...

在「JCVI教程」编码序列或蛋白序列运行共线性分析流程（上）还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓展下思路。首先要运行如下代码获取目的数据python -m jcvi.apps.f...

在距今2年前的一个日子里，我写了一篇关于upsetR的简单教程。两年过去了，这篇教程是百度搜索的第一位。在这篇教程中，我定了一个计划下一期写一篇Y叔的upsetplot是如何写的。然而两年过去了，我说的那个教程都没有出现，今天有人提问upsetR的时候，我又看到了这个计划，羞愧难当，遂有了这篇教程。通常而言，看一个函数的源代码的方式就是直接在R中输入这个函数名>...

尽管我不怎么使用Excel，处理数据大多数是依赖R语言，但是这是我个人的喜好，不能要求别人也学会用R语言，所以在交流的时候还得用Excel。将R语言的数据框(data.frame)输出成Excel需要的格式其实也不难，我提供几种解决方案。最简单的方法就是用write.csv或write.table将结果保存为csv格式，一般而言大部分Windows电脑都会用Excel打开csv...

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序...

谈谈本体论为什么需要本体论作为一位大学统计棉花表皮毛的苦逼生物狗，深刻体会什么叫做经验，也就是人类模式识别能力的强大和不精确性。当时的导师教我如何根据表皮毛的长短和浓密进行基因型的判定，但是我一直纠结长和短，密和疏之间的分界。在读研的时候，师姐会让我提供基因Genomic序列，这来自于TAIR的定义，此外TAIR还定义了full length cDNA和full length ...

软件安装首先从GitHub上下载最新的miRDeep2git clone https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2.git mirdeep2.0.1.2cd mirdeep2.0.1.2/使用install.pl脚本进行安装perl install.pl会有如下的提示信息提示信息可以按照他的要求，直接使用sou...

文章首发在个人博客: NECAT: Nanopore数据的高效组装工具NECAT是肖传乐老师团队开发的一个针对Nanopore数据组装的软件，目前该工具尚未发表，除了https://github.com/xiaochuanle/NECAT有软件的介绍外，暂时没有中文资料介绍NECAT的使用。太长不看的结论: Nanopore的组装推荐用下NECAT。组装之后是先用MEDAKA做一遍三代po...

利用3D-DNA流程组装基因组使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。有很多策略可以做到这一点，比如说遗传图谱，BioNano(看运气), HiC, 参考近源物种。如果利用HiC进行准染色体水平，那么目前常见的组装软件有下面几个HiRise: 2015年后的GitHub就不再更新LACHESIS: 发表在NBT...

本教程借鉴https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version).我们先从http://plants.ensembl.org/index.html选择两个物种做分析, 这里选择的就是前两个物种，也就是拟南芥和水稻(得亏没有小麦和玉米)我们下载它的GFF文件，cdna序列和蛋白序列#At...