训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例)对于一个新的物种而言，你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利用EST序列（少部分物种估计有）、二代测序数据、同源物种蛋白序列，先直接用Maker做基因注释，尽管得到的模型可能不是特别的完美，但可以作为输入反复迭代运行Maker，从而提高最终的表现。这次使用的是下载的练习数据集（见附录）cd ~...

最新登陆服务器的时候，发现我的服务器一直提示，在上一次成功登陆之后，有多少个失败尝试。失败登陆我估计就是有人通过弱口令字典来企图破解我的服务器。之前我对服务器的安全一点都不在乎，而现在我才发现是那么危险。为了杜绝奇奇怪怪的IP地址换着法子来尝试登录你的服务器，我们就需要为我们的云服务器设置一个安全组，首先我们需要点开安全组的实例端口验通实例端口验通...

GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET, 其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的RNA-Seq转录本数据，工作流程如下工作流程如果...

今天解决解决了一个R包安装的问题，并且硬着头皮把install.packages和download.file的说明从头到位看了一遍，应该再也没有一个R包安装能为难到我了。问题实例问题描述能够用浏览器访问镜像站点，但是在安装R包时遇到如下问题，# CRANWarning in install.packages :unable to access index for r...

Juicer的输出文件: merged_nodups.txtread1的FLAG，对应SAM的第二列，FLAGread1比对的contig，对应SAM的第三列，RNAMEread1比对的contig的位置，对应SAM的第四列，POSread1排序后的位置编号read2的FLAG，对应SAM的第二列，FLAGread2比对的contig，对应SAM的第三列，RNAMEread2比对的...

GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET, 其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的RNA-Seq转录本数据，工作流程如下工作流程如果...

我用conda创建了R=4.4.3的环境，然后直接用安装，发现会有一堆依赖问题导致无法顺利安装，然后就尝试用conda自己去安装。我先用了默认的conda包管理工具结果是一堆冲突，简单就说，我在当前的R=4.4.3环境下办不到。那我试试mamba呢？毕竟mamba可比conda快多了这下不报错了，但是我定睛一看，他这是要改我的R的环境啊！这肯定不能同意。那咋办呢？那就只能老老实实，自己解决依赖问题

Pytorch是目前最火的深度学习框架之一，另一个是TensorFlow。不过我之前一直用到是CPU版本，几个月前买了一台3070Ti的笔记本（是的，我在40系显卡出来的时候，买了30系，这确实一言难尽），同时我也有一台M1芯片Macbook Pro，目前也支持了pytorch的GPU加速，所以我就想着，在这两个电脑上装个Pytorch，浅度学习深度学习。

三代数据由于其高错误率(目前应该是10%左右), 即便在组装前有一步纠错环节，但是组装得到序列依旧存在着许多错误，因此需要进行polish环节。polish分为两个层次，三代原始序列polish和二代序列polish。其中三代纠错这一步速度会很慢，所以有些人会选择直接用二代序列进行纠错。（从我个人项目经验来看，直接用二代纠错的效果和先三代再二代区别并没有那么显著，也有可能是我的项目...

首先访问SRA的提交界面，https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，在没有登陆NCBI时，网页内容如下所示未登录时点击Log in, 会进入一个新的网页用于登陆或者创建新的NCBI账户。登陆NCBI在创建完账号或者登陆之后，返回之前的SRA上传页面，界面就变成了如下。登陆后他提示了有三种方法可...