基于分子文件构建分子碎片库。内嵌Brics， Recap， MacFrags三种算法。RECAP（Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure）：RECAP 是一种基于化学反应规则的分子切割方法，通过将分子沿特定的化学键进行断裂，生成更小的碎片。这些碎片可以帮助研究者更好地了解分子的结构和活性关系。BRICS。

介绍蛋白结构评估工具PROCHECK的安装和使用

PUBCHEM下载smile使用PUBCHEMbulk download功能把smile列加入到源文件中使用PUBCHEMbulk download功能参见我的一篇博文如何使用pubchem的bulk download功能把smile列加入到源文件中废话少说 上代码# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Wed Sep 11 10:16:11 2019@autho

Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:其中又分为:1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)2.运行动力学模拟(sander,pmemd等)3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等)1.系统预处理:>首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,...

基于深度学习中的扩散模型优化药物发现中的分子对接技术

记录一下完整的pharmacophore的过程初始文件复合物晶体结构->PLIF->药效团序列加载蛋白复合物以及初始设置准备1.读取蛋白文件2.修改背景颜色为白色,修改立场文件3.删除多余链与配体4.调整蛋白结构显示5.蛋白分子的预处理叠合蛋白-配体复合物1.为复合物分配不同的颜色以便于区分2.叠合蛋白-配体复合物3.观察蛋白-配体相互作用4.新建Database并导入蛋白-配体复合物

IC50：半抑制浓度(或称半抑制率)，即IC50，对指定的生物过程（或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等）抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂（antagonist）在体外实验（in vitro）中的拮抗能力。pIC50：pIC50=-log(IC50)EC50：是指在特定暴露时间后，能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中（

以URL为基础的API分为4个部分input specification--------------------------------------------------------输入operation specification--------------------------------------------------操作output specification---...

标题转载来源于 san’s note来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。一、介绍可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且...

介绍schrodinger在无图形化linux集群上的分子对接流程