标题：Predicting locations of cryptic pockets from single protein structures using the PocketMiner graph neural network期刊： Nature communictions团队：华盛顿大学生物化学与分子生物物理系靶点的成药口袋是药物研发的起点，而除了在自然状态下显而易见的”显式口袋“外。还存

使用schrodinger建立QSAR模型本篇教程将展示如何使用AutoQSAR/DeepChem去设定,建立和理解深度学习QSAR/QSPR模型.文章目录使用schrodinger建立QSAR模型一、深度学习QSAR模型是什么？二、使用步骤1.创立项目引入结构2.建立一个AutoQSAR/DeepChem 模型以预测污染物致突变性.3.分析和使用AutoQSAR/DeepChem 污染物致突变性

写在开头1.靶点信息数据收集1.1 uniprot生物实验数据收集2.1 PUCHEMchembl总所周知,科研是基于数据的,数据是基础也同样是目的.但如何全面且详细地回顾和收集世界各地地往期工作就是困扰诸多科研工作的难题.但随着大量公开且庞大数据库的出现,似乎在为我们登上巨人的肩膀铸造了电梯.今天就以个人经验总结了一下如何搭乘这一部电梯.如有不足之处也请大家在评论区补充,感谢~本文章全程采用Po

记录笨比生活又一天输入文件rms.in设置运行cpptraj遇到的问题1.cpptraj不输出结果2.空格的问题Tofirst:[空格]1-249&!@H= firstTofirst[空格]:1-249&!@H= first输入文件rms.in设置parm XXXXX.prmtop#载入拓扑文件trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件rms ToFirst :1-13

记录一下完整的pharmacophore的过程初始文件复合物晶体结构->PLIF->药效团序列加载蛋白复合物以及初始设置准备1.读取蛋白文件2.修改背景颜色为白色,修改立场文件3.删除多余链与配体4.调整蛋白结构显示5.蛋白分子的预处理叠合蛋白-配体复合物1.为复合物分配不同的颜色以便于区分2.叠合蛋白-配体复合物3.观察蛋白-配体相互作用4.新建Database并导入蛋白-配体复合物

MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介2.输入文件准备2.1 拓扑文件处理2.2 mmpbsa.in的编译运行程序绘图1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介在运行完MD之后,毫无疑问需要对其进行分析.其中结合自由能计算就是必不可少的一部分:配体和受体的游离态到结合态之间存在一个能量差,用这个能量差可以衡量两者结合的亲密度.下图是结合MMGBSA的

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IC50：半抑制浓度(或称半抑制率)，即IC50，对指定的生物过程（或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等）抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂（antagonist）在体外实验（in vitro）中的拮抗能力。pIC50：pIC50=-log(IC50)EC50：是指在特定暴露时间后，能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中（

标题转载来源于 san’s note来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。一、介绍可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且...

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