本文介绍了在AutoDL Linux服务器上使用GROMACS 2024.6进行蛋白-配体分子动力学模拟的完整流程。内容涵盖：1)蛋白受体拓扑生成；2)配体结构预处理与参数化；3)系统拓扑文件的整合配置；4)复合物体系构建；5)模拟参数设置。适用于初学者学习蛋白-配体MD模拟，重点说明了使用CHARMM36力场和CGenFF工具处理小分子配体的关键步骤，以及常见问题的解决方法。

Magpie，Pymatgen，Matminer，材料性能，机器学习

酶与底物数据主要来源于蛋白质和化合物数据库。酶数据可从UniProt获取序列信息，PDB获取3D结构，BRENDA获取动力学参数；底物数据可通过PubChem和ChEMBL查询化学结构与活性信息。特征提取方面，酶特征包括序列编码（如One-Hot）、结构参数和理化性质；底物特征包括分子指纹、图网络嵌入和3D描述符。常用工具包括ESM、RDKit等，适用于酶工程优化和药物开发。数据清洗和可视化是重要

摘要 本文介绍了酶和底物特征提取的完整流程，主要包括实验准备、数据收集、预处理和特征提取方法。实验准备部分详细说明了所需的Python生物信息学工具链（如Biopython、RDKit等）的安装步骤。数据来源方面，酶数据主要来自UniProt和PDB，底物数据来自PubChem和ChEMBL。文章通过具体案例展示了数据预处理的关键步骤，包括格式标准化和质量控制。在特征提取方面，重点介绍了分子指纹方

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