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网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:3、大分子蛋白前置处理(Protein Preparation Wizard)

本人是win11,薛定谔版本是12.9。官网:https://www.schrodinger.com/本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN,小分子配体的MOL ID为MOL004004。

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LeetCode之二:字母异位词分组(哈希表)

给你一个字符串数组,请你将 字母异位词 组合在一起。可以按任意顺序返回结果列表。字母异位词 是由重新排列源单词的所有字母得到的一个新单词。示例 1:输入: strs = [“eat”, “tea”, “tan”, “ate”, “nat”, “bat”]输出: [[“bat”],[“nat”,“tan”],[“ate”,“eat”,“tea”]]示例 2:输入: strs = [“”]输出: [[

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#leetcode#算法#数据结构 +4
网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:1、分子对接后蛋白配体复合物只有ATOM没有HETATM的解决方案+软件介绍(与ADT4相比)+相关论文+推荐学习视频

为什么选用薛定谔的Maestro,除了刚刚1.直观先进的图形用户界面,不像ADT甚至不能拖拽蛋白文件导入。安装简单,不像ADT需要在中文路径,并且安装有闪退等问题。支持动力学模拟操作,不像ADT只专注于分子对接操作。支持批量分子对接前置处理(包括蛋白和配体),不像ADT只能支持批量分子对接操作本身。直接支持查找蛋白活性位点,确定合适的蛋白构象等操作。然而ADT并不支持,需要从外网deepsite等

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高可用系统设计面试知识点总结:异步调用、限流之常见限流算法(固定窗口计数器算法、滑动窗口计数器算法、漏桶算法、令牌桶算法)、单机限流(RateLimiter)、分布式限流(RRateLimiter)

使用异步之后我们可能需要 适当修改业务流程进行配合,比如用户在提交订单之后,不能立即返回用户订单提交成功,需要在消息队列的订单消费者进程真正处理完该订单之后,甚至出库后,再通过电子邮件或短信通知用户订单成功。

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#分布式
网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:7、批量分子对接(使用XGlide/Crossdocking模块进行蛋白质和配体多对多交叉对接)及生成热图

25.03.19回顾时发现漏洞和需要补充的地方。二次修正呃呃呃呃修订了好多,结果CSDN卡住退出了……痛需要大家自行准备多个蛋白质(PDB格式)和多个小分子配体(最好是mol2格式。在开始批量对接前,确保你prep_lig。

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网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:6、分子对接(Glide、Ligand docking)和可视化(2D Sketcher)

本人是win11,薛定谔版本是12.9。本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN,小分子配体的MOL ID为MOL004004。本文部分图源来自知乎,推荐为原作者贡献阅读量捏。

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#glide
网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:4、小分子配体前置处理(LigPrep、更改配体的<1>为UNK)

选项2:在选项1选择了批量导入小分子配体时,选项2的过滤就显得比较有用了,这使得我们可以自定义筛选条件。create打开新面板如下,是常见属性,主要是针对官能团的。譬如如果我们希望导入的批量小分子中,只有分子量<500,且手性中心数<1的是合格的。我们可以选中后选择>500,再点击add,下方条件面板自动添加上该条件。同理再加上手性中心的条件,最后点击ok(如果想要从条件面板中删去条件,选中条件后

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网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:5、预测蛋白口袋/活性位点(SiteMap)、对接盒子生成(receptor grid generation)

本人是win11,薛定谔版本是12.9。官网:https://www.schrodinger.com/本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN,小分子配体的MOL ID为MOL004004。

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网络药理学:分子动力学模拟:gromacs和Charmm-GUI模拟(前置准备、正式模拟、RMSD/RMSF/回旋半径gyrate/氢键/自由能形貌图/轨迹动图/MMPBSA等计算、结果可视化)

25.03.19二次修订:因超算平台软件变更,module load anaconda/2022.10 修正为 module load miniforge/24.1.2mol2pdbMDgromacs7w3小时3.2.1PDB ID7OVVMOL004004这是因为用软件导出的话会在文件开头添加软件相关的注释和说明,但和蛋白信息其实无关。而这些信息可能导致手动搭建体系(也就是我薛定谔专栏第一篇博客

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