一、介绍生信流程搭建一般有 Shell，Python，Galaxy等流派，为了去尽可能的了解生信流程的搭建过程及压榨计算机性能。我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工具，它有着很多强大的功能：简化数据密集型pipelines的编写胶水特性：只要可以在Linux系统中运行的程序或不同的编程语言脚本，都可以放在流程中支持并行计算环境支持集群可重用性高二、安装使用conda 安装安装 conda

脚本脚本是字符串声明，它定义了由过程执行到执行任务的命令。一个进程仅包含一个脚本块，并且当该进程包含输入和输出声明时，它必须是最后一个语句。输入的字符串在主机系统中作为Bash脚本执行。它可以是通常在终端 shell 程序或通用Bash脚本中使用的任何命令，脚本或它们的组合。可以在脚本语句中使用的命令的唯一限制是目标执行系统中这些程序的可用性。脚本可以是简单字符串或多行字符串，例如：process

文章目录一、环境准备及背景介绍二、Python 实现三、使用示例数据介绍1、提取单个基因CDS2、提取多个基因CDS2、提取全部基因CDS一、环境准备及背景介绍Python 开发环境：搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + AnacondaBiopython 序列处理：生物信息中的 Python 02 | 用biopython解析序列示例 Genbank 数据：下载链接Genban

文章目录介绍安装 Pycharm安装 Anaconda配置使用其他使用技巧介绍Pycharm 是目前主流的 Python 开发集成开发环境，带有一整套可以帮助用户在使用Python语言开发时提高其效率的工具，比如调试、语法高亮、Project管理、代码跳转、智能提示、自动完成、单元测试、版本控制。总的来说，Pycharm 大大提高了编写 Python 时的效率和体验，用了之后就很难离开它了。...

文章目录一、环境二、安装三、常用操作重启关闭启动检测配置文件查看状态四、配置`rserver.conf` 配置清单`rsession.conf` 配置清单一、环境系统：Debian 10 / Ubuntu 18 / Ubuntu 20R版本：> 3.0二、安装sudo apt-get install r-basesudo apt-get install gdebi-corewget http

文章目录一、介绍二、KEGG的数据库构成三、KEGG PATHWAY 数据库1. 参考通路图 (map)2. 物种特异性通路 (org)3. 直系同源物通路 (ko)4. 酶通路 (ec)5. 反应通路 (reaction)四、KEGG ORTHOLOGY（KO）数据库一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少..

Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。EBI（ Europe...

一、介绍官方：基因本体（GO）知识库是有关基因功能的全球最大信息来源。 这些知识既是人类可读的，也是机器可读的，并且是生物医学研究中大规模分子生物学和遗传学实验的计算分析的基础。在读懂基因本体论（Gene Ontology）前，我们先看看什么是本体论：本体论（Ontology ）是探究世界的本原或基质的哲学理论 。本体论通常处理的问题：存在哪些本质，如何将这些本质分组，在层次结构内关联以及...

文章目录核酸数据库非编码RNA数据库1.非编码小RNA数据库2.长非编码RNA数据库：3.非编码RNA家族数据库4.非编码RNA序列数据库蛋白质数据库0.蛋白质信息1.蛋白序列数据库2.蛋白质结构数据库3.蛋白组数据库4.蛋白质功能域数据库5.蛋白互作数据库代谢数据库1.代谢途径数据库2.代谢组学常用数据库3.表型数据库序列比对1.序列与数据库比对2.多序列间比对3.序列进化树分析基因分析0.基因

人间出现一种怪病，患病人群平时正常，但偶尔暴饮暴食，这种病从外观和现有医学手段无法分辨。为了应对疫情，准备派齐天大圣去下界了解情况。