一、测序原理先介绍 Nanopore 测序中的几位主角：Reader ：在自然界中，有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白，具有天然的蛋白纳米孔。经过人为基因工程修饰后，得到的就是 Nanopore 测序所需的 Reader 蛋白。Membrane：Reader 蛋白会被嵌入到高电阻率的 Membrane （人工合成的多聚物膜），膜两侧是离子溶液，在两侧加不同的电位，离子就会在孔中流

Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。EBI（ Europe...

文章目录核酸数据库非编码RNA数据库1.非编码小RNA数据库2.长非编码RNA数据库：3.非编码RNA家族数据库4.非编码RNA序列数据库蛋白质数据库0.蛋白质信息1.蛋白序列数据库2.蛋白质结构数据库3.蛋白组数据库4.蛋白质功能域数据库5.蛋白互作数据库代谢数据库1.代谢途径数据库2.代谢组学常用数据库3.表型数据库序列比对1.序列与数据库比对2.多序列间比对3.序列进化树分析基因分析0.基因

文章目录介绍一、variableStep 格式1、特点及适用场景：2、格式：3、例子：二、fixedStep 格式1、特点及适用场景：2、格式：3、例子：三、数据值例子Wig，BigWig，BedGraph，这是几种在基因组浏览器上绘制图形的数据格式。不同的数据格式可以满足不同的显示需求，下面我们一一来看：介绍wig 文件全称叫 Wiggle Track Format， 用来绘制基因组上的图形轨迹

进入21世纪后，组学数据井喷式产出，随之而来的问题是如何处理这些数据，挖掘背后隐藏的价值。人们想到利用包括计算机，物理学，数学，统计学在内学科的优势去解析这些大数据，随之催生出一门新的交叉学科，这就是生物信息学。这门学科为生物进化，物种分类，育种技术，药物设计等领域起到巨大的推动作用。不仅使我们更加全面的认识生命，而且随之带来了丰厚的社会效益。这里记录了我学习生物信息时，在平坦道路上曲折前行的步伐

文章目录示例数据运行环境绘制聚类热图常规聚类热图绘制无分类信息热图无聚类热图分割聚类树热图多分组聚类热图分组调色显示文本去除描边字体相关调整聚类树高聚类方法选择保存为图片详细参数设置说明设置工作目录载入数据获取数据子集样本分类数据示例数据下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1_b8swSkWDqIHZi6UwKaspA提取码：pll7文件说明示例数据，其中数据...

R 数据可视化 02 | 火山图文章目录R 数据可视化 02 | 火山图一. 示例数据准备二. 环境需求三. 绘制火山图1. 火山图2. 标记基因的火山图四. 保存为图片五. 详细参数设置说明1. 设置工作目录2. 载入数据3. 设置阈值4.设置标记基因一. 示例数据准备下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取码：wbk...

Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存放在数据库服务器中。理解 Ensemble 的数据库存储结构与架构，对

Nextflow 支持自动获取在网络上的所有流程，包括流程代码，软件，参考基因组，甚至远程数据源如果需要在离线的系统运行你的分析。需要几个额外的步骤即可在本地获取到一个完整的流程Nextflow在系统安装好 Nextflow下载最新版：https://github.com/nextflow-io/nextflow/releaseschmod +x nextflow-20.04.1-all./nex

一、配置参数UCSC基因组浏览器：传送门1、点击配置2、进入配置页面：点击刚刚运行的文件 BedGraph Format2、轨迹配置页面Type of graph ：默认以bar，条形图来显示，选择point会以点或线来显示Track height ：设置图形高度，像素为单位Data view scaling (boxed in red) ：如果选中 use vertical viewing ra