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生物信息学数据库及在线工具汇总 (更新)

文章目录核酸数据库非编码RNA数据库1.非编码小RNA数据库2.长非编码RNA数据库:3.非编码RNA家族数据库4.非编码RNA序列数据库蛋白质数据库0.蛋白质信息1.蛋白序列数据库2.蛋白质结构数据库3.蛋白组数据库4.蛋白质功能域数据库5.蛋白互作数据库代谢数据库1.代谢途径数据库2.代谢组学常用数据库3.表型数据库序列比对1.序列与数据库比对2.多序列间比对3.序列进化树分析基因分析0.基因

#数据库
生物信息之多序列比对,进化树分析,保守位点分析

序列下载与整理网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列,比如Syp基因 进入基因详细信息页面 点击Genbank 如图所示可以下载到fasta格式的序列,注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列 假如你希望得到promoter的基因,可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点一般promoter的位点不确定,可以通过将起

一步一步带你安装并解构 Hermes Agent (图文详解)

如果把 DeepSeek,ChatGPT 比作“江湖百晓生”,那简而言之就是:“Hermes Agent 是一个让 AI 不只会聊天,还能真正帮你“办事”的智能代理框架。有意思的事,Hermes 指的就是希腊神话中的赫尔墨斯,玩过战神游戏,看过奥林匹斯星传的老铁应该不陌生。他是希腊众神中速度最快的神,有“快速传递信息、连接不同系统、执行任务”的含义。这也是作者使用 Hermes 命名的用意。

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一文读懂 Agent Skill 编写和使用

Skill 可以理解为专业技能的一系列文本表示。比如一个程序员,就需要具备设计架构,编写代码,调试 bug 的配套技能。提示词和 SKILL 分不清楚,为什么要这么多事?—— 像你去餐厅点菜:“我要一份番茄牛肉面,少辣,多加葱。—— 像餐厅后厨的一整套出餐流程:“接单 → 准备食材 → 煮面 → 炒汤底 → 控制火候 → 摆盘 → 检查口味 → 出餐。Prompt 是“这次怎么做”;Skill 是

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一文读懂 UniProt 数据库(2025 最新版)

Uniprot (*Universal Protein* )是包含蛋白质序列,功能信息,研究论文索引的蛋白质数据库,整合了包括EBI( European Bioinformatics Institute),SIB(the Swiss Institute of Bioinformatics),PIR(Protein Information Resource)三大数据库的资源。

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R 数据可视化 03 | 圈图

文章目录一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置RCircos安装二、绘制圈图0.载入包1.绘制人染色体圈图2.绘制基因5.绘制折线图6.绘制网络图7.添加和弦图三、导出PDF成品预览:一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)RCircos安装options()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https:

#数据可视化
一文极速读懂 Gene Ontology (GO)数据库

一、介绍官方:基因本体(GO)知识库是有关基因功能的全球最大信息来源。 这些知识既是人类可读的,也是机器可读的,并且是生物医学研究中大规模分子生物学和遗传学实验的计算分析的基础。在读懂基因本体论(Gene Ontology)前,我们先看看什么是本体论:本体论(Ontology )是探究世界的本原或基质的哲学理论 。本体论通常处理的问题:存在哪些本质,如何将这些本质分组,在层次结构内关联以及...

#数据库
一文极速读懂 KEGG 数据库

文章目录一、介绍二、KEGG的数据库构成三、KEGG PATHWAY 数据库1. 参考通路图 (map)2. 物种特异性通路 (org)3. 直系同源物通路 (ko)4. 酶通路 (ec)5. 反应通路 (reaction)四、KEGG ORTHOLOGY(KO)数据库一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少..

R 数据可视化 03 | 圈图

文章目录一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置RCircos安装二、绘制圈图0.载入包1.绘制人染色体圈图2.绘制基因5.绘制折线图6.绘制网络图7.添加和弦图三、导出PDF成品预览:一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)RCircos安装options()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https:

#数据可视化
图解机器学习:分类模型性能评估指标

人间出现一种怪病,患病人群平时正常,但偶尔暴饮暴食,这种病从外观和现有医学手段无法分辨。为了应对疫情,准备派齐天大圣去下界了解情况。

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#机器学习#人工智能#算法
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