SRA Toolkit 工具的目的是下载NCBI未处理的SRA数据，还能将SRA文件处理成fastq文件。建议使用后台下载：（如果是服务器，后台下载不会因为连接中断而中断，除非服务器网断了）2、下载后，使用fastq-dump拆分sra数据，转变为fastq格式数据。里面(好像在SRA Toolkit里，忘记了，上次找了好久)。工具有个命令可以稳定下载数据，就是有点慢，但是稳定。对于多个数据下载：

FastQC是一个用于高通量序列数据的质量控制程序。FastQC可以读取并分析多种格式的序列数据，并且可以以交互的形式来检查几种不同的质量结果，或者创建一个可以集成到自动分析流程中的报告。该软件生成的结果是html格式文件，使用可以使用浏览器打开，非常便捷。

Hisat2是一款短序列比对的工具，主要用于转录组数据的比对，是Hisat比对工具的升级版。Hisat2优化了索引建立的策略，采用了新的比对策略，使其与Bowtie/TopHat2等软件相比具有更高的敏感性和更快的运算速度。Hisat2支持剪切位点的识别和转录本的重构：Hisat2可以利用已知或发现的剪切位点信息进行剪切比对，提高比对率和准确性；同时，Hisat2可以结合StringTie等软件进

序列剪切（sequence trimming）是在测序数据分析中的一项预处理步骤，其目的是去除低质量的碱基和噪音，以提高数据的质量和准确性。

StringTie是一种快速高效的RNA-Seq序列比对组装器。它的输入不仅包括其他转录本汇编程序也可以使用短读序列的对比。为了在实验之间鉴定差异表达的基因，可以使用Ballgown，Cuffdiff或其他（DESeq2，edgeR等）专用软件来处理StringTie的输出。Stringtie应用了起源于最优化理论的网络流算法，与可选择的从头组装策略一起来将这些短读段组装成转录本。

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Linux起初由Linus Torvalds与1991年编写，本质上是一个UNIX操作系统。目前的发行版本有Linux内核、shell环境、桌面软件、各类系统管理软件和应用软件共同构成的一个完整的Linux操作系统。在终端输入命令后，系统将命令输给内核执行，将返回的结果输出到指定位置。/bin（binary）:存放可执行文件/dev(device):存放设备文件和特殊文件 （比如光盘）/etc：存

Hisat2是一款短序列比对的工具，主要用于转录组数据的比对，是Hisat比对工具的升级版。Hisat2优化了索引建立的策略，采用了新的比对策略，使其与Bowtie/TopHat2等软件相比具有更高的敏感性和更快的运算速度。Hisat2支持剪切位点的识别和转录本的重构：Hisat2可以利用已知或发现的剪切位点信息进行剪切比对，提高比对率和准确性；同时，Hisat2可以结合StringTie等软件进

centos 7镜像下载的图文教程，适合新手与小白

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