Hisat2是一款短序列比对的工具，主要用于转录组数据的比对，是Hisat比对工具的升级版。Hisat2优化了索引建立的策略，采用了新的比对策略，使其与Bowtie/TopHat2等软件相比具有更高的敏感性和更快的运算速度。Hisat2支持剪切位点的识别和转录本的重构：Hisat2可以利用已知或发现的剪切位点信息进行剪切比对，提高比对率和准确性；同时，Hisat2可以结合StringTie等软件进

序列剪切（sequence trimming）是在测序数据分析中的一项预处理步骤，其目的是去除低质量的碱基和噪音，以提高数据的质量和准确性。

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