等多维群落数据信息，构建了双层机器学习模型，实现了“循证推理”（guilt-by-association）式功能预测，有效突破了传统方法过度依赖同源序列的局限。在我们的身体里，生活着数以万亿计的微生物。尽管我们与它们“朝夕相处”，却对其所知甚少，迄今为止，超过70%的人体微生物基因功能仍是未解之谜，这类功能未知的微生物基因产物被统称为微生物组功能“暗物质”。该工具不仅提升了对常见菌（如大肠杆菌、拟

导语前前后后找了不少方法途径，最后还是“通过充值解决问题”。使用奶牛快传来分发 TBtools 软件以及相关数据库，可以确保每个人都快速获得文件，经过国内国外多地多点测试，一般速度可以有 ...

纯净的细菌培养株对于微生物组研究中的详细实验和机理研究仍然是必不可少的，单从复杂的微生物生态系统中分离单个细菌的传统方法是劳动密集型的，很难达到规模，并且缺乏表型-基因型的整合。近期发表在《Nature Biotechnology》的文章，描述了一个高通量机器人菌种分离平台，可以按需快速生成分离株。该研究开发了一种机器学习方法，利用菌落形态学和基因组数据，最大限度地提高分离的微生物的多样性，并能有

写在前面KEGG Ortholog （KO）是最早的一批构建基因家族用于自动化基因功能注释的，随着基因组序列越来越多，虽然有加速版BLAST（Diamond）存在，对氨基酸序列库进行序列...

上方文章标题要求：包括杂志名缩写(一个词的杂志名不缩写，两个及上用实词首字母)和吸引人且有重要信息的语句，中间用中文冒号(：)分隔注：文中灰色部分（引用格式）为写作说明文字，帮助编辑规范...

Review Article，2022-10-06，ISME Communications,DOI：https://doi.org/10.1038/s43705-022-00182-9第一作者：Ricardo Hernández Medina通讯作者：Mads Nielsen；Simon Rasmussen主要单位：哥本哈根大学- 摘要 -我们将在生态系统中与我们息息相关的许多微生物群落统称为微生

文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在后面COG简介COG（Clusters of Orthologous Groups of prot..

全球COVID-19新型冠状病毒肺炎疫情使人们对病毒有了前所未有的关注。病毒不仅可以侵入人体等真核生物，还可以侵入细菌等原核生物。侵入细菌的病毒数量大约有1031，是地球上最丰富...

点击蓝字 关注我们CPStools：专为叶绿体基因组设计的分析软件研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.25●2024年8月23日，中国药科大学徐文波团队在iMetaOmics在线发表了题为“CPStools: a package for analyzing chloroplast genome sequences”的文章。●本研究开发的CPSt..

2019年5月25日，我应邀参加在人民大学召开的R语言大会。《5月24-26日，第12届中国R会议（北京）可视化专场》作题为《R语言在宏基因组数据统计分析及可视化中的应用》。虽然报告时间是早点8点半，但现场坐无虚席，后面过道都站满了人。现在80多位朋友也通过面对面建群的方式获得了课件。后来有朋友联系我索要报告PPT，还告诉了我报告有在线视频。现将报告的PPT和现场转播的视频分享给大家。...