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在广泛的功能、分类学和生态学元数据框架内的未培养病毒基因组扩展数据库IMG/VR v4: an expanded database of uncultivated virus genomes within a framework of extensive functional, taxonomic, and ecological metadataArticle,Nucleic Acids Rese

#vr
iMeta视频教程 | StrainPanDA分析宏基因组共存菌株的组成和基因成分谱

点击蓝字 关注我们StrainPanDA宏基因组分析软件超详细教程StrainPanDA主要针对宏基因组纵向数据,能同时实现共存菌株的组成和基因成分谱的获取,方便用户快速建立功能和组成之间的关联假设。本教程主要从安装、数据库准备,运行和输出介绍四个方面介绍如何使用StrainPanDA进行分析。全文回顾:iMeta | 深圳先进院戴磊组开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具欢迎大家

#数据库#python#linux +2
NAR | 浙大朱峰组全球首个综合耐药性数据库DRESIS(drug resistance)

近日,浙江大学药学院朱峰教授团队在Nucleic Acids Research发表题为《DRESIS: the first comprehensive landscape of drug resistance information》的文章,介绍了全球首个综合耐药性数据库DRESIS(http://dresis.idrblab.net/)。该研究工作构建的DRESIS,首次系统地提供了现有六种类型

PyComplexHeatmap进阶教程:用python画热图的【行】/【列】注释信息

微信公众号:Computational Biology关注生物信息学和计算表观遗传学。问题或建议,请公众号留言。今天,给大家详细地介绍一下PyComplexheatmap(https://github.com/DingWB/PyComplexHeatmap) 中annotation的使用方法,也就是如何用python在热图中添加【行】/【列】注释信息。比如样本的疾病状态(肿瘤或者正常样本、年龄、性

#python#开发语言
GPB | 微生物组暗物质:微生物组大数据的人工智能挖掘和应用

Genomics, Proteomics & Bioinformatics(GPB)在线发表了华中科技大学生命科学与技术学院宁康教授课题组完成的题为"Microbial dark matter: from discovery to applications"的研究综述。我们的"要文译荐"栏目很高兴邀请到文章的第一作者查毓国博士为大家解读微生物组大数据的人工智能挖掘和应用。微生物组学...

NAR:eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库

文章目录Eggnog 5.0:一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源通讯作者Peer Bork简介划重点摘要背景更新和新增功能基因组更新物种分类水平和非监督的直系同源群图1. 不同物种水平独立计算的OGsOGs的层级一致性系统发育分析功能注释图2. 可视化OG的网页示例自定义用户数据的快速功能和直系同源分类测评结论和展望参考文献本文译者简介猜你喜欢写在后面..

Nature子刊:用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法》。文中摘要提到:1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA(SSU rRN...

#数据库#大数据#编程语言 +2
生物信息/微生物组期刊推荐:mSystems

点击蓝字 关注我们期刊简介mSystems 创刊于2017年,是美国微生物协会American Society for Microbiology旗下开放获取期刊。期刊文章侧重单细胞和微生物群落代谢和调节系统等研究,主要以高通量测序技术为主。具体范围包括从大数据集分析中获得的重要生物学和生化发现,以及用于获得这些见解的新计算方法。涉及核心领域:微生物组学、基因组学、宏基因组学、转录组学、代谢组学、蛋

QIIME 2教程. 10数据导出Exporting data(2020.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome...

MPB:南土所褚海燕组-土壤宏转录组学样本前处理与数据分析

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末...

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