宏基因组拼接Metagenome assembly已经公开了许多用于从序列读长库中重建微生物群落组成的方法。选择“最佳”是一项艰巨的任务，主要取决于研究的目的。宏基因组从头/无参（de ...

引言：微生物世界的多样性和功能一直是科学家们关注的焦点，然而，宏基因组样本中病毒基因组的注释一直是一个挑战。现有的方法受到特征病毒蛋白质缺乏和病毒序列差异的限制，这妨碍了对病毒多样性和功能的深入理解。本研究证明了蛋白质语言模型（PLMs）在改善病毒蛋白质注释方面的潜力，为我们提供了揭示微生物世界新视角的工具。观点：蛋白质语言模型：捕获原核病毒蛋白质功能的新途径功能预测：拓展病毒蛋白质注释的空间数据

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分享7个我们承建发表的数据库，4篇NAR，一篇BIB，一篇Nature protocols，一篇Science Bulletin，总计影响因子100+，以飨读者。中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，高颜值是很好的敲门砖，于201

使用geNomad识别移动遗传元素Identification of mobile genetic elements with geNomad翻译：周之超@UW-MadisonNature Biotechnology, [IF 46.9]DOI：10.1038/s41587-023-01953-y原文链接：https://www.nature.com/articles/s41587-023-019

文章目录Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定热心肠日报摘要背景结果结论实现 Implementation图1. Prodigal算法的伪代码方式描述表1. Prodigal中的动态规划连接类型表2. Prodigal中的Shine-Dalgarno RBS基序图2. 动态规划连接模式图结果与讨论 Results and Discussion表3. 基因预测效果表4. 与Genbank注

宏基因组测序和基因组拼接可以在一个物种或菌株水平的分辨率上探索个性化的、环境特异性的微生物群落。通过重建宏基因组组装基因组（MAGs），揭示了很大程度的微生物种间和种内遗传多样性。Zelezniak团队于2021年在Nucleic Acids Research发表了metaGEM工具(https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM)，可以直接从宏基...

今天是第1283期日报。Nature子刊：Salmon不比对快速定量宏基因组基因Nature Methods[IF:28.467]① Salmon是一种准确快速定量转录本丰度的方法；② ...

导读：活性污泥（AS）系统是污水处理的核心技术，其微生物群落结构与污水处理性能密切相关，根据环境条件和操作参数准确预测AS系统的微生物群落结构对于调控控制参数、优化污水处理过程具有至关重要的作用。近日，Microbiome杂志刊发了北京大学工学院吴晓磊、聂勇课题组利用人工神经网络（ANN）预测AS系统微生物群落组成的科研成果。该研究准确预测了全球AS系统微生物群落结构和功能，揭示了微生物类群的可预

尽管商业菌株的应用已相当普遍，但其在根际中的定植和功能发挥受到环境显著影响[3]，且由于缺乏对多样宿主的适应性，商业菌株的功效往往不够可靠，导致预期效果不佳[4]。金属耐受测定：使用的培养基为LB液体培养基，加入重金属溶液（可根据需要设置浓度梯度），设置3个平行组以及1个空白对照（不接种菌），每组配制250 mL培养液，进行高温灭菌（121°C，20 min），在超净工作台上冷却至适宜温度后，接入

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