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GEO数据库学习三(ID转换后续 了解表达矩阵)

上一节已经成功进行了id转换,这一节主要是了解表达矩阵,通过绘图等参数判断表达矩阵是否正确。首先需要根据上一节过滤的探针,我们需要把exprSet表达矩阵的行名(探针id)换成基因名,处理完之后表达矩阵的处理就全部完成了。

#学习#矩阵#线性代数
常用数据库ID

RefSeq — NCBI数据库的参考序列。Entrez 是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎,其对不同的 Gene 进行了编号,每个 gene 的编号就是 entrez gene id。它是最多有 11 位包含大写字母的字符串,一般有着 “X_Y” 的形式,其中 “X”是最多五个便于记忆的蛋白质编号,“_" 是下划线,“Y” 是最多五个便于记忆的物种编号。Ensembl s

#r语言
常用数据库ID

RefSeq — NCBI数据库的参考序列。Entrez 是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎,其对不同的 Gene 进行了编号,每个 gene 的编号就是 entrez gene id。它是最多有 11 位包含大写字母的字符串,一般有着 “X_Y” 的形式,其中 “X”是最多五个便于记忆的蛋白质编号,“_" 是下划线,“Y” 是最多五个便于记忆的物种编号。Ensembl s

#r语言
GEO数据库学习一(简介 数据下载 芯片知识)

NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验,检测mRNA,基因组DNA和蛋白质丰度,以及非阵列技术,如基因表达系列分析(SAGE),质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。

#学习
GEO数据库学习一(简介 数据下载 芯片知识)

NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验,检测mRNA,基因组DNA和蛋白质丰度,以及非阵列技术,如基因表达系列分析(SAGE),质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。

#学习
到底了