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科研绘图——1.小提琴图(Violin Plot)

小提琴图是箱型图与核密度图的结合,能同时展示数据的统计特征和概率密度分布。其核心元素包括四分位数范围、中位数、最大最小值以及反映数据密度的宽度。相比箱型图,小提琴图的优势在于能呈现多模态数据的整体分布形态。通过R语言的ggplot2包可以绘制多种形式的小提琴图,包括基础图、分组图(单变量/双变量分组)、分面图以及组合图(结合箱线图和散点)。内置数据集如iris和diamonds常用于演示,通过调整

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#机器学习
实战1——芯片数据挖掘

Mengual L, Burset M, Ars E, Lozano JJ, Villavicencio H, Ribal MJ, Alcaraz A. DNA microarray expression profiling of bladder cancer allows identification of noninvasive diagnostic markers. J Urol. 2009

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#r语言
1.GEO数据处理、可视化、富集

芯片数据处理样本分组、差异化分析可视化富集分析可视化信号通路

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#r语言
单细胞入门(2)-经典案例分析

摘要: 本文详细介绍了使用Seurat包进行单细胞RNA-seq数据分析的完整流程。从数据预处理(包括读取10X Genomics数据、质控过滤、标准化、高变基因筛选),到细胞亚群分析(PCA降维、UMAP/tSNE可视化、聚类分析),再到差异基因表达分析和细胞类型注释。重点展示了如何利用QC指标筛选细胞、选择合适的PCA维度、进行细胞聚类以及识别细胞类型特异性标记基因。最后通过已知标记基因将无监

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到底了