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KEGG Pathway通路二级分类汇总,轻松找到感兴趣的通路
做完通路富集分析,拿到几十条富集通路后,我们经常会寻找与“某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路,与免疫相关的通路,与代谢相关的通路等等。单纯从名字来看,面对几十甚至上百个英文通路名,一时半会还真分不清。今天,给大家带来一款实用的KEGG Pathway通路汇总小工具。使用这款工具,我们可以快速找到感兴趣的通路,例如癌症相关通路,免疫相关通路等,并最终汇总成一张美图。
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数据为什么要进行log2转化,倍数变化(fold change)为什么要求个log2FC?
今天是2022年10月24日,首先祝所有程序员们(会写、会看代码的都算)节日快乐!1024是2的十次方,二进制计数的基本计量单位之一。做生信分析的小伙伴就像是一个个1024,用最低调、最踏实、最核心的功能模块将计算机程序应用到生命科学中,促进科学发展。1G=1024M,而1G与1级谐音,做生信分析的小伙伴都是一级棒的!
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冬日送暖:美美的火山图,带基因标注哦
寒冷的冬季,一张美美的火山图,让你的心暖暖的!什么是火山图火山图(Volcano Plot)是我们做芯片,RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发(从0点开始往上,往两边扩散),故名。例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化(Cancer vs Normal),Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,
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