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ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4)

1. Mapped reads现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。mappedReads <- idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped <- sum(mappedReads[, "mapped"])ggplot(ma

#程序人生
297个机器学习彩图知识点(15)

导读★本系列将持续更新20个机器学习的知识点,欢迎关注。”1. 函数2. 高斯朴素贝叶斯分类器3. 泛化能力4. 基尼指数5. Grabcut算法6. 梯度悬崖7. 梯度裁剪8. 梯度下降本文由 mdnice 多平台发布

#机器学习
ATAC-seq分析:数据处理(5)

1. 子集划分我们可能希望将比对的读数分成代表核小体游离和核小体占据的读数。在这里,我们通过使用插入大小来过滤读取,为代表无核小体、单核小体和双核小体的读取创建 BAM 文件。atacReads_NucFree <- atacReads[insertSizes < 100, ]atacReads_MonoNuc <-&n

#程序人生
机器学习: Label vs. One Hot Encoder

如果您是机器学习的新手,您可能会对这两者感到困惑——Label 编码器和 One-Hot 编码器。这两个编码器是 Python 中 SciKit Learn 库的一部分,它们用于将分类数据或文本数据转换为数字,我们的预测模型可以更好地理解这些数字。今天,本文[1]通过一个简单的例子来了解一下两者的区别。1. Label Encoding首先,您可以在此处找到 Label Encoder 的 Sci

掌握 BERT:自然语言处理 (NLP) 从初级到高级的综合指南(1)

这种上下文意识使 BERT 能够生成上下文化的词嵌入,即考虑单词在句子中的含义的表示。它抓住了双向性的本质,使其能够考虑每个单词周围的完整上下文,彻底改变了语言理解的准确性和深度。为此,我们以 BERT 理解的方式格式化令牌。通过猜测缺失的单词,BERT 可以了解单词之间的相互关系,从而实现其上下文的出色表现。因此,请系好安全带,让我们踏上 BERT 世界的启蒙之旅,在这里,语言理解超越平凡,实现

#自然语言处理
自然语言处理(NLP)全面指南

自然语言处理(NLP)是人工智能领域中最热门的技术之一,它通过构建能够理解和生成人类语言的机器,正在不断推动技术的发展。本文将为您提供NLP的全面介绍,包括其定义、重要性、应用场景、工作原理以及面临的挑战和争议。NLP作为AI的一个重要分支,不仅有着广泛的应用前景,同时也带来了许多新的挑战和机遇。NLP的发展源自计算语言学,它不仅关注理论框架的建立,更侧重于实际技术的开发和应用。NLP技术虽然发展

#自然语言处理
Pytorch2 如何通过算子融合和 CPU/GPU 代码生成加速深度学习

下面是我们将如何做到这一点: torch.compile() 也允许你提供自己的编译器,但因为我不是编译器工程师,而且我对如何编写编译器一无所知,所以我会提供一个伪造的编译器函数来捕获 TorchDynamo 生成的 FX 图形 IR。计算机编程是神奇的。降低是编译器词典中的一个术语,指的是通过编译器的自动转换和重写将一组广泛的操作(例如 PyTorch API 支持的)映射到一组狭窄的操作(例如

#程序人生
Backbone 在神经网络中意味着什么?

除了图像分类,更复杂的 CNN 架构可以解决不同的计算机视觉任务,例如对象检测或分割。例如,卷积神经网络可以更好地处理图像,而循环神经网络可以更好地处理序列类型的数据。为了解释主干在神经网络中代表什么,我们将以卷积神经网络中的主干为例。此外,在文献中的大多数情况下,主干都在卷积神经网络的背景下。它代表了一种流行的 CNN,具有用于更复杂的神经网络架构的特征提取功能。这些特征提取网络通常在更简单的任

#深度学习
Linux 中 Tail 命令的 9 个实用示例

但是,我们可以使用 -n 选项,它允许我们限制要在屏幕上打印的行数,如图所示。tail 命令是一个命令行工具,它与 head 命令类似,用于读取文件内容,并将一个或多个文件的最后 10 行显示在屏幕上。在前面的示例中,我们看到该命令在处理多个文件时启用显示标题。在这里,我们可以看到上面的命令显示了 /var/log/secure 文件的最后十行。在这里,我们可以使用加号 (+) 和 -n 选项,这

#程序人生
机器学习降维技术全面对比评析

总之,降维技术的选择取决于数据的具体特征和分析的目标。自动编码器提供了一种灵活的基于神经网络的方法,Isomap 和 LLE 等方法专注于保留特定的几何方面。此代码片段在 Iris 数据集上使用 PCA、LDA、t-SNE、Isomap、LLE、MDS、Spectral Embedding 和 UMAP 等降维技术,并绘制降维后的数据。测地距离的保留:Isomap 专注于保留测地距离,捕获数据的内

#机器学习
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