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MDL4Microbiome:通过多模态深度学习提升宏基因组数据疾病预测的准确性

来源国家基因库大数据平台在过去的几十年里,先进的宏基因组测序技术使得对人类微生物组的研究能够发现细菌组成与功能、疾病之间的病理关系。然而相关分析工具在诊断和治疗方面的应用仍需提高其准确性。近日,《Scientific reports》发表了一个新工具:MDL4Microbiome,其通过使用宏基因组序列的各种特征和多模态深度学习模型,在预测疾病状态方面表现出很高的准确性。MDL4Microbiom

#人工智能#python#开发语言
使用openair包分析气象数据

气象数据通常是有规律的时间序列,分析气象数据时需要对空气质量测量、气象数据和扩散模型输出进行分析。openair 是用于分析空气质量数据或更广泛的大气成分数据的R软件包。该软件包广泛应用于学术界、公共和私营部门。该项目最初由英国自然环境研究委员会(NERC)资助,并由英国环境部(Defra)提供额外资金。

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#开发语言
线性混合模型R实现的更多实例

library(nlme)## Warning: package 'nlme' was built under R version 3.6.3library(lme4)## Warning: package 'lme4' was built under R version 3.6.3## Loading required package: Matrix#### Attaching package:

R实现一次性合并多个数据框

数据处理中经常会有这样的情况,需要合并多个数据(按行或者按列合并),常规的merge或者rbind只能两个两个合并,操作繁琐。可以使用自写函数或do.call()函数进行数据库的拼接或合并,具体操作如下:按列合并mypath<-"C:/Users/18896/Desktop/example1"multmerge = function(mypath){filenames=list.files(

#r语言
python机器学习库sklearn——交叉验证(K折、留一、留p、随机)

学习预测函数的参数,并在相同数据集上进行测试是一种错误的做法: 一个仅给出测试用例标签的模型将会获得极高的分数,但对于尚未出现过的数据它则无法预测出任何有用的信息。例如,如果数据是从不同的 subjects 获得的,每个 subject 有多个样本,并且如果模型足够灵活以高度人物指定的特征中学习,则可能无法推广到新的 subject。StratifiedShuffleSplit 是 Shuffle

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#机器学习#人工智能#深度学习
结构方程模型二-R实现

其实有些时候,我们将SEM想的过于复杂了,其实操作起来还是较容易上手的,不过建模过程中需要我们根据自己试验设计等自行建立一个因子间的关系模型,然后对这个模型进行反复调试,直至达到自己满意的结果为止,这就是SEM的难点,因为构建这个关系模型需要丰富的经验,但是有没有什么入门比较快的法门呢,当然是有的——借鉴前人的文献!!!一般建模前,我们会通过一些相关性分析、VIF、CCA/RDA等筛选一下用于建模

#r语言#机器学习#数据挖掘
线性混合模型及R实现

原文链接:https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/51636011一般统计模型中的横截面回归模型中大致可以分为两个方向:一个是交互效应方向(调节、中介效应)、一个是随机性方向(固定效应、随机效应)。两个方向的选择需要根据业务需求:交互效应较多探究的是变量之间的网络关系,可能会有很多变量,多变量之间的关系;而随机性探究的...

Linear Growth curve model的R实现

Chapter 3 - Linear Growth ModelOverviewThis tutorial walks through the fitting of linear growth modeling in several different frameworks (e.g., multilevel modeling framework, structural equation model

logistic回归模型评估-R实现

Logistic回归是一种用于探索分类响应变量与一个或多个分类或连续预测变量之间的关系的方法。 该模型通常以以下格式表示,其中β表示参数,x表示自变量。log(odds)=β0+β1∗x1+...+βn∗xnLogistic Regression Example将参考数据集分为训练集和测试集library(caret)data(GermanCredit)Train <- createData

出生队列研究中的暴露组学应用

Applying the exposome concept in birth cohort research- a review类别:统计学习方法 时间:202106301.背景大量可改善的疾病风险因素还缺乏探讨;疾病风险因素间的相关关系及与健康结局的关联还未可知;出生队列研究为探讨生命早期暴露组的研究提供了很好的机遇。研究目的:提供暴露组分析方法及优缺点,剔除关于暴露组研究中的挑战。2.暴露组学

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