1.用plot绘制，主要函数为ci.se，对roc进行抽样library(pROC)data(aSAH)rocobj <- plot.roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b,main="Confidence intervals", percent=TRUE,ci=TRUE, # compute AUC (of AU.

气象数据通常是有规律的时间序列，分析气象数据时需要对空气质量测量、气象数据和扩散模型输出进行分析。openair 是用于分析空气质量数据或更广泛的大气成分数据的R软件包。该软件包广泛应用于学术界、公共和私营部门。该项目最初由英国自然环境研究委员会（NERC）资助，并由英国环境部（Defra）提供额外资金。

简介Introduction本文提供MENA, LSA, SparCC和 CoNet四种网络构建方法，作者为CoNet作者。由宏基因组公众号翻译整理，并补充及更新部分程序参数。说明：计算过程在Ubuntu16.04系统的服务器，没服务器的伙伴可以使用QIIME提供的虚拟机；网络可视化在Win10上安装Cytoscape展示及导出。必须软件Prerequisites最新版Windows版 Cytos

1. installation有Linux服务器的伙伴推荐使用Conda安装，想在windows笔记本上体验的朋友可使用Virtualbox虚拟机安装并学习#install condaconda update conda#升级conda程序conda install wget#安装下载工具#install QIIME2 with condawget https://da...

1.中介效应的定义如果自变量X通过某一变量M对因变量Y产生一定影响，则称M为X和Y的中介变量。研究中介作用的目的是在已知X和Y关系的基础上，探索产生这个关系的内部作用机制。作用关系图如下：X对Y的总效应分为直接效应（direct effect）和间接效应(indirect effect)，直接效应是指当中介变量（M）固定在某一水平时，自变量X对结局变量Y的效应。间接效应是指自变量X通过...

介绍qgcomp是一个实现g-computation的软件包，用于分析暴露混合物的影响。分位数g-computation产生了所有暴露同时增加一个分位数的效果的估计。因此，它估计的 "混合物效应 "对研究暴露混合物（如空气污染、饮食和水污染）很有用。 使用为因果效应估计而开发的术语，分位数g计算估计了边际结构模型的参数，该模型描述了在对所有暴露进行联合干预的情况下预期潜在结果的变化，可能以混杂因素

当解释变量与效应变量间关系不明确时，通常可以使用广义相加模型来检测比变量间是否具有非线性关系。广义相加模型通过光滑样条函数、核函数或者局部回归光滑函数，对变量进行拟合。GAM采用模型中的每个预测变量并将其分成多个部分（由'结'​​分隔），然后将多项式函数分别拟合到每个部分。GAM的原理是最小化残差（拟合优度）同时最大化简约性（最低可能自由度）。回归模型中部分或全部的自变量采用平滑函数，降低线...

原文链接：https://www.jianshu.com/p/066d90b556ad1、微生物β多样性利用宏基因组、16s rRNA测序等高通量测序技术分析微生物群体结构的时候，常见到有α和β多样性两个指标。α多样性主要反映样本内多样性，而β多样性指的是样本间多样性（Between-sample diversity），它的本质是一个量化的数值，其值的大小反映每个组内各个样本间的群落物种组...

一、数据库概况NHANES（National Health and Nutrition Examination Survey）是一项旨在评估美国成人和儿童健康和营养状况的研究计划，计划始于20世纪60年代初期，是一项针对不同人群或健康主题的调查。1999年该调查成为一项持续计划，涉及各种健康和营养测量，项目每年调查一个全国代表性的样本，约5000人，这些人群位于全国各县，每年对其中15个县进行访问

数据处理中经常会有这样的情况，需要合并多个数据（按行或者按列合并），常规的merge或者rbind只能两个两个合并，操作繁琐。可以使用自写函数或do.call()函数进行数据库的拼接或合并，具体操作如下：按列合并mypath<-"C:/Users/18896/Desktop/example1"multmerge = function(mypath){filenames=list.files(