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细胞因子在肿瘤微环境中的作用复杂多样,从促进肿瘤进展到作为治疗靶点,它们既是敌人也是盟友。特别是像CCL2、CXCL8和CCL5这样的趋化因子,既参与了肿瘤相关免疫逃逸,又为新型治疗提供了希望。通过深入研究细胞因子网络和机制,并结合多靶点联合治疗和个性化策略,我们有望在抗击肿瘤的道路上开创全新篇章。这篇综述文章为未来的研究和治疗提供了丰富的启示,也为免疫治疗的进一步发展指明了方向。

我们提出了scenery,一种用于从单细胞 rna-seq 数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法 (http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大脑的单细胞数据概要,我们证明顺式调控分析可用于指导转录因子和细胞状态的识别。scenic为驱动细胞异质性的机制提供了重要的生物学见解。细胞的转录状态产生于潜在的基因调控网络(GRN),其中有限数量的转录因子(TF)

关于IMvigor210CoreBiologies包的使用和安装,在原文中都进行了介绍。但是原作者的说明文档已经是18年的内容,随着R版本的更新和变化,安装过程总有一些问题出现。结合这个package的内容和其他文章,进行一个学习和总结。

Nature:单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)+ 空间定位 + 功能钙成像 + 单细胞形态重建:视顶盖(OT)、转录组异质性、功能映射、形态学、拓扑位置斑马鱼视顶盖(optic tectum,OT)是处理视觉信息的重要脑区,与哺乳动物上丘(superior colliculus)同源,具有、外部环境和发育时序明显的特点。本研究通过整合等多种手段,全面揭示了的现象。








