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功能驱动的选择策略,选择成熟、广泛认可的6种有益性状的菌株(Bacillus megaterium L, Pseudomonas fluorescens J, Bacillus velezensis SQR9, Pseudomonas stutzeri G, Cellulosimicrobium cellulans E, Azospirillum brasilense K),这些菌株具有固氮、溶磷

VFDB数据库全称为Virulence Factors of Pathogenic Bacteria,用于专门研究致病细菌、衣原体和支原体致病因子的数据库。

SARG(Structured Antibiotic Resistance Genes,https://smile.hku.hk/SARGs)数据库,其由ARDB和CARD整合而成,目前更新到v3.2版本,是已知的最为完整的抗生素抗性基因数据库。

MicroRNA(miRNA)是一类重要的小非编码RNA,在疾病诊断和治疗中发挥着重要作用

本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。过去在比对16s和宏基因组数据集上进行的努力仍然导致分布不重叠,只有像Procrustes分析这样的技术才能显示结果之间的关系,而Greengenes2树和UniFrac(一种系统发育的

Microbiome发表了一种新的扩增子数据处理神器——LotuS2

PCycDB是一个全面的、准确的磷循环基因注释工具

随着测序的不断发展,单细胞转录组测序(Single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)以其前所未有的分辨率在一众技术中脱颖而出,正深刻变革着我们对生命复杂性的认知。

该研究主要介绍了一种基于eDNA的机器学习方法,具有广泛的适用性,可用于生物监测,评估水库的健康状况。








