MONAI简要介绍及相关资源

介绍

医学成像最困难的方面是预处理数据,因为医疗数据与标准RGB /灰度图像不同。它需要特殊的处理和功能来预处理或后处理它们。MONAI是一个大型图书馆,是医学成像最好和最大的开源框架之一,也是这篇博文的主题。

什么是MONAI

MONAI是由Kitware开发的开源框架,Kitware是一家拥有许多开源工具的公司。
它建立在 PyTorch 上,导入和修改了许多 PyTorch 函数。还有MONAI特有的功能,可用于预处理和后处理医学图像(Dicoms和Nifti)。MONAI包括大量尖端架构,您可以简单地导入和使用。
网站:https://monai.io/

怎么使用MONAI

医疗数据的预处理和后处理是MONAI的独特应用。因为深度学习组件可以通过其他库访问。但是,预处理医学图像需要特殊的功能和工具。MONAI拥有我们需要的一切,从上传数据到预处理,甚至增强数据(这在医学图像中是一个非常困难的过程)。
预处理、后处理和数据增强所需的所有转换:https://docs.monai.io/en/stable/transforms.html

MONAI用于什么

MONAI具有2D和3D模型,可用于图像分类和分割(3D卷积通常用于3D医疗数据)。
MONAI实施了许多模型,包括U-Net,DynNet,UNETR和各种最先进的架构。
链接:https://docs.monai.io/en/stable/networks.html
它可以用于从收集原始数据到部署最终模型的所有内容!它由三个模块组成:MONAI-Core、MONAI-Labels和MONAI-Deploy。

资源

示例:https://github.com/Project-MONAI/tutorials
使用MONAI和PyTorch进行肝脏分割课程:https://youtu.be/AU4KlXKKnac
预处理1:https://www.youtube.com/watch?v=83FLt4fPNGs&t=42s&ab_channel=pycad
预处理2:https://www.youtube.com/watch?v=hqgZuatm8eE&t=714s&ab_channel=pycad
数据增强:https://www.youtube.com/watch?v=bh9uyUbsj7U&t=562s&ab_channel=pycad

参考:https://pycad.co/deep-learning-for-medical-imaging-using-monai/

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