快速阅读目录 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数1.1 --reml（必须）1.2 --reml-alg 指定迭代方法（非必须）1.3 --reml-priors 迭代初始值1.4 --grm（必须）1.5 --covar（非必须）1.6 --qcovar（非必须）1.7 --pheno（必须）1.8 --reml-pred-rand 输出育种值BLUP1.9 --blup-snp 输出SNP

参考：https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/1. 下载数据和代码在linux环境下，新建一个文件夹，进入后运行下面命令：git clone https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial.git下载之后，目录如下：.└── GWA_tutorial├── 1_QC_GWAS.zip├...

0. GGE 双标图定义GGE 的意思是在主成分分析时， 分解的是G+GbyE，然后根据PC1和PC2作双标图，称为GGE Biplot。1. 几种不同类型的GGE双标图1.1 基本图形单纯的将PC1和PC2投射到双标图中，标清楚品种和地点。1.2 环境间的关系结果解读：1、本图主要是分析各试验点之间在品种评价上的相似性。从中心到各个环境做一条线段，线段间的夹角和线段本身的长...

这里，我们用正常的GWAS分析，考虑所有的协变量（数值协变量+因子协变量）+ PCA协变量，然后用混合线性模型进行分析。1. 协变量文件c.txt文件1 1 0 0 -0.0169445 0.00772371 -0.02972881 2 0 0 -0.0119765 0.0141166 -0.03540391 1 0 0 -0.0165762 0.0130623 -0.0266481 1 0 0

.map格式格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#mapmap格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称, 所在的染色体和所在染色体的坐标.1, map文件没有行头2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置,碱基对坐标染色体编号为数字, 未知为0SNP名称为字符或数字, 如果不重...

太长不看篇1，在R中将图片保存为pdf格式2，通过在线网站，将pdf转为png3，将png粘贴到word中即可背景0今天做了一个相关性分析，以及可视化。可视化的图我在Rstudio中保存为png格式，放大后很模糊，我就将其保存为pdf格式，放大后也不失真，很满意。然后我要将其放到word中，问题来了，怎么将高清的pdf图片格式放到word中呢？然后就开始了我一系列的折腾。废话1有一个百度经验，竟然

笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型）第六篇：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图已完成前两篇，本篇是第三篇。1. 将质控的plink

GWAS分析时，拿到基因型数据，拿到表型数据，要首先做以下几点：1， 查看自己的表型数据，是否有问题2，查看自己的基因型数据，是否有问题然后再进行建模，得到显著性SNP以及可视化结果。清洗数据的时间占80%的时间，有句话这样讲：“Garbage in, Garbage out（垃圾进，垃圾出）”，所以清洗数据非常重要，今天学习一下基因组数据如何清洗。1. plink数据转化数据使用...

今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。笔记计划分为四篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型）第六篇：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图1. 下载安装T

3. GCTA 说明文档最新版是2021-06-01更新，共有98页：GCTA说明文档：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/static/gcta_doc_latest.pdf4. GCTA功能分类4.1 遗传力、遗传相关、表型预测GRM：构建亲缘关系矩阵Inbreeding：计算近交系数Heritability：估算方差组分和遗传力Part