1. 首先你要购买然后去官网, 下载window的asreml R包2. 本地安装包3. 激活在R中键入代码asreml.license.activate(), 输入你的key, 然后激活:4. 测试asrmel4r是否成功> data(oats)> oats.asr <- asreml(yield ~ Variety*Nitrogen, random = ...

写在前面的话，学习Python时，发现notebook很好用，又发现里面可以运行R代码。本身也正在学习markdown语法，就以此为契机，将cookbook里面的东西翻译一下。希望对后来者有用。安装agricolae如果没有安装的话，需要键入下面代码安装agricolae软件包：install.packages("agricolae")如果已经安装了，直接键入下面代码载入agricolae包：li

本篇，介绍GCTA这个软件的安装。1. 安装包GCTA官网：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download这个软件是开源的，源码在github上：https://github.com/jianyangqt/gcta2. Linux安装测试2.1 下载在终端中运行下面命令：wget https://yanglab.westlake.ed

主要原因:不是root软件包的问题, 而是当前路径不在开发R包的目录下Error: Could not find package root.解决方法:setwd()回到开发R包的目录下即可.

报错信息:devtools::install_github("dengfei2013/GS")Installation failed: An unknown option was passed in to libcurl解决方法:下载github中的zip软件包, 在Centos中解压:unzip xx.zip解压完成后,会产生xx文件夹.进入R

最新的版本为0.6.4（2024-06-12）。该包没有在CRAN中，在github中，可以通过下面命令安装。如果让选择是否更新，可以选择1，全部更新。后面介绍一下这两个包的使用方法。

这里，模拟一个plink文件的数据，8个样本，8个SNP位点，通过手动Excel计算样本杂合度和位点杂合度，比较plink计算杂合度的方法。1. 模拟数据ped数据：$ cat a.pedFAMILY1ID1000-9CCCCAAGGAGGGGGGCFAMILY1ID2000-9

asreml中，用于比较模型的LRT检验，会给出P值，但是这只能表示两个模型达到显著与否，而不能表示哪个模型优秀。常用的参数有AIC，BIC，loglikelihood，本篇介绍一下这几个参数的含义，以及是如何计算的1. AIC的解释赤池信息准则（Akaike Information Criterion，AIC）AIC是衡量统计模型拟合优良性的一种标准，由日本统计学家赤池弘次在1974年提出，它建

大家好，我是邓飞。在GWAS分析中，我们挖掘到了一些显著性的位点，如何确定这些位点是不是假阳性呢？我们可以通过LDblock分析并进行可视化进行判断。我们知道GWAS分析中是依据SNP与性状控制的基因存在LD，所以如果位点显著，则周围应该有一些位点都显著，或者说位点所在的区域LD值比较高，能形成Block，才比较靠谱。否则，显著性为点形单影只，并且没有形成Block，极大可能是假阳性！下面介绍如何

相关软件，比如gapit，rMVP，都会自动出图，而GEMMA，GCTA则是需要后期自己作图。无论是软件自动出图，还是需要自己作图，学习根据GWAS结果手动作图都是必须的，我们一般使用qqman作图，因为这个软件函数很方便，它的图：安装qqman软件# Install the stable release from CRAninstall.packages("qqman")# 直接从Github上