令人击节的一段话：随着全基因组选择统计模型的不断改进优化，模型的稳定性及准确性不断提高，但是依然面临两个重要的挑战，即计算准确性和计算效率；直接法(GBLUP为代表)计算效率较高，但是计算准确性略差于间接法(BayesB为代表)，虽然学者对直接法进行了改进，但是由于改进的策略中人为设定参数较多，因此模型的预测准确性受主观因素影响较大；间接法计算准确性较高，但是由于参数求解过程中计算量庞大，且无法.

这里，模拟一个plink文件的数据，8个样本，8个SNP位点，通过手动Excel计算样本杂合度和位点杂合度，比较plink计算杂合度的方法。1. 模拟数据ped数据：$ cat a.pedFAMILY1ID1000-9CCCCAAGGAGGGGGGCFAMILY1ID2000-9

1, 序言这篇是基因组选择的理论加实践，因为我看到一句话，Talk is cheap. Show me the code，很有感触，有感而写。使用的包是R的sommer和asreml，其实强健的还是成熟的软件，比如DMU，BLUPF90，PIBLUP，ASreml等，但sommer作为基本功能的演示，非常合适。2, 定义基因组选择(Genomic Selection, GS), 利用覆盖全基...

GWAS的表型数据清洗1. 表型数据的选择动物数据中，对于大部分性状，一个个体只有一个观测值，直接用表型值进行后续的分析即可。对于纵向数据（比如不同胎次的产仔数，不同时期的剪毛量），对于一般的GLM模型，MLM模型，需要用平均值或者BLUE值作为表型值。现在也有软件可以分析纵向数据的GWAS，比如宁超老师开发的软件（http://www.chaoning.org/Softwares/）对于植物数据

文章目的: 比较全基因组选择中准确性的影响因素https://www.researchgate.net/publication/326489349_Prediction_accuracies_of_genomic_selection_in_American_mink_a_simulation_study主要考虑的因素有:比较不同方法: BLUP, GBLUP, SSBLUP...

推荐语:这个PPT讲了育种数据计算中现状以及挑战, 讲了动物育种中效率的提升依赖于工具的进步, 这些工具目前的进一步发展也存在一些挑战. 很全面的讲述. 文字中, 我加上了自己的理解和翻译.PPT链接https://www.interfacesymposia.org/I03/I2003Proceedings/MisztalIgnacy/MisztalIgnacy.presentation....

很多朋友写信问我， 像要知道固定因子的显著性和随机因子的显著性如何计算，他们使用的是lme4这个R包, 但是这个包使用anova时没有P值,还要手动计算, 随机因子也需要自己计算loglikehood值, 然后使用LRT的卡方检验进行显著性检验, 其实lme4包有扩展的包可以非常友好的做这件事情.1. 载入数据和软件包###载入软件包和数据library(lme4)library(lmer...

前言农业和林业, 经常涉及到要计算遗传力的问题, 这是一个数量遗传学问题. 和动物计算遗传力不同, 植物和林木计算遗传力时, 一般是使用家系遗传力, 动物计算遗传力一般是计算个体遗传力.他们的主要区别在于, 计算家系遗传力时, 需要根据重复数, 对方差组分进行校正.1, 单因素随机区组比如有10个品种, 在一个地点有3次重复, 表型数据是小区的产量和百粒重, 试计算产量和百粒重的遗传力....

系谱计算的是IBD，同胞，半同胞，表兄弟，都是有亲戚关系的，他们性格，长相相似，是有依据的，因为他们由IBD计算的血缘相似性较高。根据SNP或者SSR计算的是IBS，虽然两个人没有亲戚，但依旧有很高的相似性（比如长相，性格，体型，爱好等），这说明两者的IBS计算的相似性较高。，怎么推断呢，比如0.25是半同胞，0.5是全同胞或者亲子关系，写到这里，我突然想到，人类的亲疏是根据IBD划分的，亲子关系

GRM矩阵，全称：genetic relationship matrix (GRM)。GCTA计算GRM有两种方法默认的Yang，–make-grm-alg 0Van的方法：–make-grm-alg 1GCTA计算GRM有两种形式默认的二进制形式：–make-grm，或者 --make-grm-bin文本格式（三元组）：–make-grm-gz1. GCTA计算GRM：二进制下面这两个命令，是等