研究生期间，学习数量遗传学时，对配合力的概念感到很神奇，曾经和同学讨论过，按道理说曹操的一般配合力很高，几个孩子都很出色。那么问题来了，什么是一般配合力？一般配合力就是可以稳定遗传的因素，即曹操和不同女性生育的孩子，都很出色，这表明这种出色不因为不同女性的差异而变化，说明这种出色是遗传自父亲，因此曹操的一般配合力比较高。那么什么是特殊配合力呢？看一下曹操的父母，这可以理解为其父母之间的特殊配合..

Excel如何插入中国地图进行可视化目的我的目的是下面这张图：或者下面这张图：或者下面这张图：今天，我们演示一下如何在Excel中插入中国地图，并对各个省份的销售额做一个可视化。上网上搜索了一下。看了网上面的解决方案，大体包括：下载一个地图，然后读取到Excel中……各种复杂下载Power Map插件，然鹅网站挂掉了……各种复杂安装插件Data Map插件，看起来还是很复杂网上面的东西，过时，老套

参考:R数据写入Excel不同sheet发现里面的openxlsx不能使用了, 而writexl这个包还是挺友好的, 例子:测试思路模拟两个数据框新建一个list表写入excel中代码aa<-data.frame(1:5,2:6)ab<-data.frame(2:60,13:71)aaablibrary(writexl)sheets =

个人感想看到Udemy中机器学习的教程，讲师用的是Rstudio操作的R，用的是Spyder操作的Python，惊艳了我。决定学习一下这个编辑器的操作，做一下记录。1. Spyder编辑器介绍Spyder是一个强大的科学环境是用Python编写编辑器，由科学家，工程师和数据分析师所设计。它具有一个综合开发工具的高级编辑、分析、调试和概要分析功能与科学包的数据探索、交互执行、深度检查和漂亮的可视化功

遗传力定义遗传力是育种值对表型值的回归系数。遗传力，是育种值与表型值相关系数的平方。1. 后代与一个亲本方差组分的计算：2. 后代与中亲值方差组分：这样，计算的斜率就是遗传力和标准误。......

康德说：世界上只有两样东西是值得我们深深景仰的，一个是我们头上的灿烂星空，另一个是我们内心的崇高道德法则。论起软件，也有两款软件，让我学习的过程中，不断的有所收获，不断的感慨功能的强大，一个是plink，另外一个是GCTA。本篇介绍，是2020年的博客，里面的内容有些老了，最近，GCTA又增加了GWAS的模块fast-GWA，速度远超同类软件，更重要的话，windows电脑也可以用，这样混线性模型

1. 找工作悖论为何工作经验或者项目经验很重要？加入说你是计算机科学、数学专业，统计学专业毕业的学生，你想从事数据分析或者数据挖掘方向的工作，你会在简历里面罗列出你的学习成绩，你会的技能，你取得的成就，极力向用人单位证明你有相关的知识能力，你有学习新事物的能力。但是，现实工作中，用人单位除了需要知道你的技能，还需要了解更多，尤其是你的工作方式，你的项目经验等。如果你不是一个科班出身的人（比如农学，

快速阅读目录 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数1.1 --reml（必须）1.2 --reml-alg 指定迭代方法（非必须）1.3 --reml-priors 迭代初始值1.4 --grm（必须）1.5 --covar（非必须）1.6 --qcovar（非必须）1.7 --pheno（必须）1.8 --reml-pred-rand 输出育种值BLUP1.9 --blup-snp 输出SNP

有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。可以在Excel中整理，也可以在R语言中整理。数据量少的话，就在Excel中整理，数据量大的话，就在R语言中整理就行。主要思路是根据plink的格式特点，针对性的满足，然后导出，就可以了。1. Excel中的基因型数据格式第一列是snpID，第二列是染色体，第三列是物理位置，第四列是参考基因组分型，第五列以后

昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据这里，我们查看一下基因型数据导入后，如何对数据进行质控。1. 导入后的基因型文件导入后的基因型数据：2. 对基因系数据进行质控这里TASSEL提供了SNP位点质控和样本质控。2.1 SNP位点质控这里，选择次等位基因频率为0.05，MAF小于这个的位点删除，质控