11. 写在前面上期介绍了刚刚更新的AnimalTFDB v4.0数据库，不仅收录的转录因子非常全面，而且同时提供了检索转录因子的强大工具，可以通过转录因子家族和物种进行List检索。😘本期我们介绍一下其他检索方法，以及如何预测转录因子和转录因子结合位点。🧐22. 通过基础信息检索1️⃣ 点击Search进入检索界面。2️⃣ 这里我们可以通过基础信息进行检索。3️⃣ 大家可以输入Ensembl

1写在前面炙手可热的单细胞测序（scRNA-seq）大家肯定都或多或少听过一些，从今天开始陆续分享我的学习笔记，有不对的地方大家多指正~🤒在开始前我们先思考几个问题，如下：👇Q1: 什么是scRNA-seq，它与bulk RNA-seq相比如何？Q2: scRNA-seq有哪些典型应用？Q3:scRNA-seq如何准备样品？2什么是scRNA-seq？2.1 什么是bulk RNA-seq要搞

1写在前面不知道大家都是怎么完成qPCR的计算的，在不会R的时候，我是用一个祖传的Excel表进行计算的。🤣但是，一直有个缺点，如果需要计算的量比较大时，就不方便了，去搜了一下文献，发现了一个最近发表的R包，不仅可以计算反转录的RNA体积，还可以帮助选择定量方法，简直是神仙R包，本期就介绍一下它的使用吧。🥰感谢原作者的开发，嘿嘿，文末有引用方法。👀2用到的包rm(list = ls())li

1写在前面本期我们介绍一下CellMarker 2.0上更新的6个网页工具，主要是用于scRNA-seq数据的分析与可视化。🥰网址如下：👇📍http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.html2Single cell web tools 概览作者通过搜索GEO(https://www.ncbi.nlm.nih. gov/geo/)数据库的

1写在前面细胞标志物（Cellmarker）可以用来定义、区别不同细胞。随着单细胞测序（scRNA-seq）的普及（主要是便宜了📉），相关的研究也越来越多。🥳在进行细胞注释的时候，我们也介绍过，其实最准确的方法并不是使用什么包，而是使用手动注释。😘本期就介绍一下这个由已知实验支持的人或小鼠各器官中不同细胞类型的标志物数据库，CellMarker 2.0。👀🌟 这个数据库首次发布是在201

🤫 Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（基础质控与过滤）（一）

1什么是VS Code 🧐Visual Studio Code（简称 VS Code）是一款由微软开发的跨平台编辑器，支持语法高亮，代码自动补全，代码重构等功能。😚用户可以通过安装扩展程序，来扩展软件的功能。🔍2019年，Stack Overflow组织了开发者调查，其中Visual Studio Code被认为是最受开发者欢迎的开发环境。🥰据调查，87317名受访者中有50.7%的受访者

1写在前面GSEA大家都会用了，但GSEA也有它自己的缺点，就是不能比较两个基因集或通路的富集情况。🤒今天介绍一个Differential Gene Set Enrichment Analysis (DGSEA)，可以量化两个基因集的相对富集程度。😉2用到的包rm(list = ls())# devtools::install_github('JamesJoly/DGSEA')library(

是一个开源的PDF解析器，我们会在本地启动它用来解析输入的pdf。旅游的人越来越多了，多到早上去吃个馄饨都要排队了，不过总得来说一个城市还是要有人间烟火气啊。让chatGPT来帮你读吧！创建一个Python的环境（推荐使用anaconda，关于如何安装请查阅。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！最近开始天气转暖了，不知道大家那里的树有没有绿，花有没有开。🤩 C

接口，方便开发者快速上手使用，并提供了灵活的参数设置，以便根据实际需求调整模型的行为。，它可以执行各种自然语言处理任务，例如对话生成、文本摘要、自动翻译、情感分析等。，其他类型的文件，如合同、报表、小说等等都可以交给它，这里最多支持。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~了，它甚至准备了3个问题给你，实在是太贴心