本文介绍了BWT算法。bwa是目前最流行的二代测序比对工具，其中就用到了BWT算法。BWT（Burrows-Wheeler Transform）算法是一种数据转换算法，它将一个字符串中的相似字符放在相邻的位置，以便于后续的压缩。简要回顾BWT算法可以分为编码和解码两部分。编码后，原始字符串中的相似字符会处在比较相邻的位置；解码就是将编码后的字符串重新恢复成原始字符串的过程。BWT的一个特...

原创：hxj7本文介绍了如何画两组变量（特征）的相关关系热图。准备数据两组变量的数据可以像下面这样处理，分别保存在两个csv文件中。> # 导入数据及数据预处理> setwd("D:/weixin/")> rows <- read.csv("rows.csv")> cols <- read.csv("cols.csv")> str(ro...

原创：黄小仙今天小仙同学给大家分享下Radar chart的作图方法，其实雷达图我们在生活中能经常可以见到，比如大家很喜欢玩的王者荣耀里就有。通过简单的图形对比，人物特点一目了然。也经常用来评估学生的成绩和产品的性能。在生信领域，我们也可以用来比较评估样品的基因表达情况啦。作图数据如下：画出来的效果图如下：作图方法：Step1. 绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调...

原创：黄小仙今天要给大家介绍的Pie chart（饼图），本来是不打算写这个的，因为用Excel画饼图实在是太方便了。本着能少动一下是一下的懒人原则，是不打算用R画的，再说，本小仙不是掌握了R作图大器ggplot2么，实在需要用的时候我就一句ggplot()+geom_pie()不就搞定了。结果后来用Excel画饼图调整颜色、大小的时候着实有些崩溃。习惯了几句代码就出图之后，没有办法再忍受手...

PCA是数据降维的经典方法，本文给出了一个将PCA用于图片压缩的例子，并探索了标准化处理（normalization）对PCA的影响。文末还讨论了PCA推导第一主成分的过程。PCA (Principal component analysis，主成分分析) 是一个经典的数据降维方法，可以将高维数据映射到低维空间中，使得低维空间中点在新坐标轴（主成分）上的坐标间方差尽可能大。PCA被广泛应用于各行各业

原创：黄小仙又是一个好久不见，朋友们你们最近还好吗！最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它是好事啦！今天要给大家介绍的是气泡矩阵图，要模仿的图形如下。小仙同学一直有一个困惑：什么样的数据应该画什么类型的图，才能精确地展示数据表达出自己的意思？对于气泡矩阵图，小仙有同样的困惑。研究了一下，也...

原创 黄小仙上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。Step1. 绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式excel中保存成csv格式。数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名Step2. 绘图数据的读取data&amp;lt;-read.csv(“your

原创: hxj7fscanf 函数用于格式化读入文件中数据，可以大大提高读取文件的效率。这次笔者将最近使用该函数的一些经验记录下来。第一部分：问题和结论fscanf 函数的原型是：int fscanf(FILE* stream, const char* format, [argument...]);fscanf 函数与 scanf 函数用法类似，只不过前者用于读取文件流的数据而已。...