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大分子聚合物建模和分子动力学模拟的过程

摘要:本文详细介绍了聚合物分子建模与GROMACS拓扑文件生成的全流程。首先使用Materials Studio 2020构建单体模型并优化原子命名(聚合度3用于RESP电荷计算,40用于最终体系),通过高斯软件计算原子电荷。重点阐述了利用在线工具生成OPLS-AA力场参数的方法,包括修正原子类型识别错误、解析力场文件结构(atomtypes.atp、ffbonded.itp、ffnonbonde

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