如果您或您的团队正在经历靶点筛选、蛋白质进化改造或酶工程迭代的痛点，希望能用更前沿的干实验管线为湿实验“导航”，欢迎留言或私信交流，探讨更多技术落地的可能性。从上述两个项目可以看出，无论是提升小分子亲和力，还是优化大分子复合物结构，合理的 AI 管线搭建（AF3 + DiffDock/EvoPro/MPNN串联）能以极低的成本探索庞大的氨基酸序列空间。经过筛选，野生型蛋白的原亲和力评分为 -7.5

然而，传统的纳米抗体开发高度依赖动物（如羊驼）免疫与噬菌体展示技术，不仅周期长、成本高，且如同“开盲盒”，极具不确定性。该项目展示了一条从“从头设计”到“三维高精度验证”的完整干实验（Dry Lab）闭环，为抗体药物的降本增效提供了一套硬核的解决方案。作为一种专为抗体和纳米抗体设计的生成模型，IgGM不仅是一个序列生成器，更是全能的“分子设计师”。在科晶生物的技术服务框架中，AI并不仅仅是单一工具

团队日常积累的技术服务经验，以一份典型的“蛋白-配体复合物100纳秒（ns）MD模拟报告”为例，为大家梳理Gromacs分子动力学模拟的标准工作流，并硬核解析六大核心热力学/动力学分析指标体系，希望能为各位研究人员提供一份实用的参考指南。它的轻微波动不仅反映了体系处于动态环境中，也侧面印证了蛋白为了适应小分子的结合，发生了合理的局部构象“诱导契合（Induced Fit）”，展现了天然的呼吸效应。

REMARK VINA RESULT 即结合能（kcal/mol，越负越稳），其中 INTER 是配体-受体相互作用能、INTRA 是配体内部能量；本次每个蛋白生成 300 个化合物，生成后做能量最小化、加氢加电荷，用 OpenBabel 转成对接用的 pdbqt 格式。两种情景：有配体信息时，直接用配体界定口袋，最准确；传统对接是搜索式，Chai-1把对接当生成问题：在平移、旋转、扭转自由度上做

两条序列克隆至pCMV6-AC-FC-S表达载体（含mouse IgG2a恒定区），转染HEK-293F细胞，G418筛选稳定株，FreeStyle293培养基培养2周，Protein G柱纯化。尤其是IgGM+HDock+AlphaFold3的组合，在靶标已知结构的情况下，可以作为纳米抗体发现的高效替代方案。体外：纳米抗体有效中和了hVSIG2-Ig对T细胞的免疫抑制，恢复了T细胞活化和增殖。-

两条序列克隆至pCMV6-AC-FC-S表达载体（含mouse IgG2a恒定区），转染HEK-293F细胞，G418筛选稳定株，FreeStyle293培养基培养2周，Protein G柱纯化。尤其是IgGM+HDock+AlphaFold3的组合，在靶标已知结构的情况下，可以作为纳米抗体发现的高效替代方案。体外：纳米抗体有效中和了hVSIG2-Ig对T细胞的免疫抑制，恢复了T细胞活化和增殖。-

蛋白互作研究是生命科学基础研究、作物遗传育种、分子靶点挖掘等领域的核心环节，更是解析生物信号通路、挖掘功能蛋白、推动育种技术革新的关键抓手。传统互作蛋白筛选手段普遍存在周期长、通量低、物种适配性有限、筛选成功率不足等痛点，而 AI 生物计算技术的成熟落地，正在彻底重构科研级蛋白筛选的效率天花板。深耕 AI 生物计算赛道的，始终秉持 “让 AI 计算赋能每一份科研创新” 的初心，依托自研核心技术与全

如果您或您的团队正在经历靶点筛选、蛋白质进化改造或酶工程迭代的痛点，希望能用更前沿的干实验管线为湿实验“导航”，欢迎留言或私信交流，探讨更多技术落地的可能性。从上述两个项目可以看出，无论是提升小分子亲和力，还是优化大分子复合物结构，合理的 AI 管线搭建（AF3 + DiffDock/EvoPro/MPNN串联）能以极低的成本探索庞大的氨基酸序列空间。经过筛选，野生型蛋白的原亲和力评分为 -7.5

然而，传统的纳米抗体开发高度依赖动物（如羊驼）免疫与噬菌体展示技术，不仅周期长、成本高，且如同“开盲盒”，极具不确定性。该项目展示了一条从“从头设计”到“三维高精度验证”的完整干实验（Dry Lab）闭环，为抗体药物的降本增效提供了一套硬核的解决方案。作为一种专为抗体和纳米抗体设计的生成模型，IgGM不仅是一个序列生成器，更是全能的“分子设计师”。在科晶生物的技术服务框架中，AI并不仅仅是单一工具

等行业前沿算法，覆盖蛋白数据分析、蛋白质建模、分子对接等核心科研环节 —— 蛋白数据分析可灵活选用 RFdiffusion、ProteinMPNN、LigandMPNN 等模型，蛋白质建模坐拥 AlphaFold3、Omegafold、NanoNet 等主流工具，分子对接则汇集 AlphaFold3、Megadock、Hdock 等优质算法，无需再跨平台寻找工具，一个平台即可满足多场景算法需求，真