基于这些数据集，系统识别并定量了：1,873,956 个mRNA、287,873个lncRNA、197,554个circRNA、5,371个pre-miRNA、6,068个mature miRNA。目前鱼类研究已经积累了大量基因组、RNA-seq、miRNA-seq、单细胞转录组、ATAC-seq、ChIP-seq、WGBS、Hi-C以及蛋白组数据，但这些数据往往分散在不同项目、不同文章和不同数据

福建农林大学吴建国团队联合国际学者在《Cell》发表重要研究，揭示了独脚金内酯(SL)激素信号通路调控水稻抗病毒RNAi的新机制。研究发现SL通过激活转录因子MID1与ONAC131协同作用，上调RDR1/RDR6表达促进抗病毒小RNA产生。病毒P3蛋白通过占据SL受体D14结合界面抑制该通路，而基于冷冻电镜结构设计的D14D102N突变体可阻断P3干扰，使水稻在保持正常生长的同时获得抗病毒能力。

在NGS背景下，Motif（基序）是指DNA/RNA序列中反复出现的、具有生物学功能的短保守序列模式（通常5-20bp），代表转录因子（TF）等蛋白质的结合位点。在NGS（尤其是ChIP-seq）中，Motif分析是连接“蛋白结合位点”与“具体蛋白”的关键步骤，常与peak calling后的序列提取与注释配套进行。将实验序列与数据库中的已知motif（如JASPAR）进行比对，评估哪些转录因子可

桂花（Osmanthus fragrans）作为我国传统名花，其观赏与经济价值受限于仅2-3天的短暂花期。花开放与衰老是受复杂基因网络调控的重要生理过程，涉及细胞形态、色素代谢与激素水平等多方面变化。目前相关研究多集中于模式植物，对桂花等木本观赏植物的分子调控机制，特别是miRNA在其中的作用仍知之甚少。开展桂花开花衰老的分子机制研究，不仅有助于解析这一重要生物学过程，更为突破产业发展瓶颈、延长观

针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯

深度学习作为一种极具潜力的多功能工具，在图像处理及大数据分析领域展现出显著优势。

针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯

构成每个KOG的蛋白被假定为来自于一个祖先蛋白，这些蛋白可能是orthologs（来自于不同物种的由垂直家系进化而来的蛋白，通常保留与原始蛋白相同的功能）或者paralogs（在一定物种中来源于基因复制的蛋白，可能进化出新的与原来有关的功能）。不仅提供了蛋白质相互作用网络的可视化，还能提供蛋白质家族、途径、亚细胞定位等信息，并且具有一些分析工具，如聚类分析、GO富集分析和KEGG富集分析等，可帮助

还在苦恼没有好用的转录因子数据库？还处于只知道JASPAR数据库的境地？现在已经悄咪咪的出现了20+转录因子整合数据库知道不？不知道没关系，小编来告诉你！

腭裂是人类最普遍的出生缺陷之一，不幸的是，腭裂的早期筛查仍然是一个挑战，即使是先进的技术，如三维产前超声，也无法提供可靠的唇裂和/或腭裂诊断。RCTD【4】(Robust cell-type decomposition)，是一种空间反卷积工具，整合了统计学模型，能够利用带注释的scRNA-seq数据来定义空间转录组学数据中空间位点的细胞类型组成，可选择不同模式预测位点内1-2种或多种细胞类型。成功