针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯

针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯

一文教您如何进行DAP-seq的数据挖掘，筛选验证位点：从分析前思路→分析思路→如何筛选验证位点。

随着测序成本的下降，转录组测序已成为现代生物学研究中不可或缺的工具。通过对转录组进行分析，我们可以深入了解基因表达调控、细胞分化和疾病发生等复杂生物学过程。在转录组分析中，可视化分析结果至关重要。转录组文章中有一些高频的可视化分析结果，比如说，这些图可以帮助我们快速识别差异表达的基因、生物学途径和潜在的疾病标志物。本期，我们详细介绍下转录组相关的可视化结果。火山图（Volcano Plot）是一种

1. 计算富集分数（ES） 富集分数：S 反应基因集（比如某个通路内的基因集）成员 s 在排序基因集 L（比如根据 logFC 排序的差异基因集，默认降序，所以上调基因在顶端）的两端富集的程度。正值ES表示基因集 S 在基因集 L 的顶部富集，负值ES表示基因集 S 在基因集 L 的底部富集。第三部分是排序后所有基因 rank 值的分布，热图红色部分对应的基因在 A 组高表达，蓝色部分对应的基因在

运营至今合作的科研客户超2000家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL、Plant Cell 等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。另外你可以根据自己的喜好选择上调，下调和不显著基因的颜色，输出名默认是re

构成每个KOG的蛋白被假定为来自于一个祖先蛋白，这些蛋白可能是orthologs（来自于不同物种的由垂直家系进化而来的蛋白，通常保留与原始蛋白相同的功能）或者paralogs（在一定物种中来源于基因复制的蛋白，可能进化出新的与原来有关的功能）。不仅提供了蛋白质相互作用网络的可视化，还能提供蛋白质家族、途径、亚细胞定位等信息，并且具有一些分析工具，如聚类分析、GO富集分析和KEGG富集分析等，可帮助

还在苦恼没有好用的转录因子数据库？还处于只知道JASPAR数据库的境地？现在已经悄咪咪的出现了20+转录因子整合数据库知道不？不知道没关系，小编来告诉你！

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。有外源葡萄糖供应下，过表达植物的抗旱性和干旱处理下的可溶性糖含量都强于野生型，沉默植物的则弱于野生型。然而，背后的分子机制在很大程度上仍然未知。总之，该研究揭示了MdCBF1/2-MdTST1/2 模块在调控苹果低温响

康乃馨（Dianthus caryophyllus L.）对乙烯高度敏感，通常作为研究乙烯诱导花瓣衰老机制的模型植物。花瓣衰老由复杂的调控网络控制，组蛋白修饰等表观遗传调控会影响染色质状态和基因。