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队列数据分析积累-1
队列数据分析
prefetch下载sra数据报错
奇怪的是加了后缀.sra后可以顺利转,但是之前没有遇到过,觉得不大确定这个数据是否是对的,还是想知道为什么下载不正常,通过搜索发现别人是通过更新sratools包解决的。昨天晚上使用sratools下载sra数据出现报错,之前一直能够顺利下载,检查网络连接后也没能解决。果然,重新下载sratools包后得以解决这个问题,虽然这个报是六个月前更新的。但是在将sra数据转成fastq数据的过程又出现问
bedgraph文件转bigwig文件
在linux下直接安装bedgraphtobigwig,fetchchromsizes,bedclip,由于对环境变量理解不够清楚,总是出错,主要我不知道这些软件的安装位置,使用which,whereis也没有找到,搞了非常久,最后决定先用conda安装conda create -n ucsc -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwigconda activate ucsc
到底了







