本文介绍了在AutoDL云平台上进行分子动力学（MD）模拟的完整流程。AutoDL提供高性价比的GPU算力（约2元/小时），其预装GROMACS镜像简化了环境配置。文章详细说明了MD模拟步骤：从结构处理（pdb2gmx）、溶剂化、能量最小化到平衡阶段（NVT/NPT）和正式模拟，并提供了分析轨迹（RMSD、氢键、接触面等）的具体命令。