回答问题

我正在使用 matplotlib 散点图一个 3D 点矩阵。我正在使用以下代码:

import pylab as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np

my_data = np.random.rand(6500,3)  # toy 3D points

fig = plt.figure()
ax = Axes3D(plt.gcf())
ax.scatter(my_data[:,0],my_data[:,1],my_data[:,2])
plt.show()

它有效,因此它会打开一个窗口,我可以在其中查看我的观点。

但是,如果我尝试用鼠标旋转绘图(单击并拖动它),它的旋转速度真的很慢。

我认为 6500 点对于如此缓慢和滞后的旋转来说并不算多,所以我想知道是否有任何预先配置可以加快速度。

注意:我尝试使用 Matlab,我可以旋转更大的散点图而没有任何延迟,所以这不是计算机限制。

有人可以运行这段代码,看看是否也遇到缓慢的旋转?

编辑:使用系统监视器我可以看到,在旋转点时,只使用了一个 CPU,因此 matplotlib 没有并行化该过程。

我的电脑规格:

• Intel(R) Core(TM) i5-3550 CPU @ 3.30GHz

• 显卡:Xeon E3-1200 v2/3rd Gen Core 处理器 Graphics Controller

• 内存:10GB RAM

• 硬盘:三星 SSD 500 GB

运行 Ubuntu 16.10

Answers

(2021 年修订)

Matplotlib 并没有真正设计成交互式的。 Plotly(以及其他几个)是一个功能相当完整的绘图包,并使用scatter3D的 webGL 后端,它将在您的浏览器中呈现(并且速度非常快)。更多关于为什么您可能希望将其视为底部的首选替代品:

# pip install plotly
import numpy as np
import plotly.graph_objects as go

my_data = np.random.rand(6500,3)  # toy 3D points
marker_data = go.Scatter3d(
    x=my_data[:,0], 
    y=my_data[:,1], 
    z=my_data[:,2], 
    marker=go.scatter3d.Marker(size=3), 
    opacity=0.8, 
    mode='markers'
)
fig=go.Figure(data=marker_data)
fig.show()

我使用 plotly 作为 matplotlib 的替代品,因为:

• 覆盖范围广(条形图、散点图、线形、柱状图等)

• 高度可配置的直观交互组件

• 可移植性:它可以生成 html 图,可以通过网络轻松查看(!)或保存为静态文件格式

• 它的 api 比 matplotlib 更清晰(对于完整配置,jsonish)

• 与 pandas 强集成(可以使用它作为后端)

• 它得到了很好的支持并且采用率正在增加