02. python下载与安装

《Python入门课》是作为生信小白入门重要的课程之一，学好python，是 单细胞+空间转录组，Python全流程实战教学的基础。

B站同步播出：

https://www.bilibili.com/video/BV1rk9LB7E8j/

在 Python入门课| 01. 绪论中，我们给大家介绍了python的特点与用途，本教程我们将手把手带领大家在不同系统中安装和下载Python。成功之后算是半只脚踏入Python了，接下来可以好好跟着视频内容实操啦~

图文内容

1. Python下载与安装

1.1 官网下载

• 访问 Python 官方网站：https://www.python.org/downloads/

• 根据操作系统选择最新的 稳定版本（Windows / macOS / Linux）

• 下载对应安装包（Windows 通常是 .exe，macOS 是 .pkg）

1.2 安装（以 Windows 为例）

• 双击安装包运行安装程序。

• 重要选项：勾选 “Add Python to PATH”，保证命令行可直接使用 Python。

• 重要选项：勾选 “Add Python to PATH”，保证命令行可直接使用 Python。

• 安装完成后，可以在命令行验证：4、安装完成后，可以在命令行验证：

%%bash
python --version

Python 3.10.15

1.3 Linux / macOS 安装

Linux与 MacOS 直接支持命令行安装（ Windows 也支持 PowerShell 命令行安装）

# sudo apt update
# sudo apt install python3 python3-pip

1.4 Miniconda 安装 python（虚拟环境）

Anaconda 官网下载.exe，安装时勾选“Add to PATH”，默认安装 Python 3.11

%%bash

# 下载 Miniconda 安装脚本
wgethttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 运行安装脚本
bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 创建一个新的 Conda 环境，指定 Python 版本为 3.10
condacreate -n myenv python=3.10
# 激活新创建的环境
sourceactivate myenv
condainstall jupyter -y -vv

配置jupyter

cd~

# 生成配置文件
jupyternotebook --generate-config

# 输入登录密码
jupyternotebook password

# 允许远程登录 使用默认端口8888（jupyter notebook 运行端口，根据实际情况设置，3.0系统就使用8888即可）
cat>> ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py << EOF
c.NotebookApp.ip='*'
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.port = 8888
EOF

# 启动jupyter lab
jupyter lab

或者在后台启动 jupyter

# 在哪个目录启动，哪个目录就是jupyter的根目录，可以在家目录启动
cd ~

# 或者你也也可以新建一个目录作为jupyter专用的目录
# cd ~
# mkdir jupyter_home && cd jupyter_home


# 后台运行
nohup jupyter lab >~/jupyter.log 2>&1 & echo"jupyter 运行成功 pid为：$!"

# 前台运行，关闭SSH终端后会终止服务，一般用来测试
jupyter lab

使用 Jupyter lab 编写 python 程序

Python入门课

1、课程简介

生信基地希望能够给大家提供系统性、形成性、规范性的生信教学。本次《Python入门课》可针对性的指导、答疑，分为"Python课程绪论"、"Python下载与安装"、"变量与数据变型"、"类型转换"、"数据结构"、"运算符和表达式"、"语法与语句"、"数据的读取与保存"、"模块与包"、"基于Matplotlib的基础可视化"、"简单机器学习入门"十一个模块共21节课。当然，我们也不做生信快餐，课程视频剪辑完毕，永久回放。后续我们会持续拉群在群里进行课程内容的答疑。

2、Python介绍

Python作为本次课程核心编程语言，语法简洁、库生态丰富、计算高效，是数据科学与自动化开发的主流选择，兼顾入门友好与高效开发。随着研究数据量， Python可弥补 R语言在处理规模与扩展性上的不足，更好适合现科研需求。我们制作的 单细胞和 空间转录组教程几乎也全是基于Python环境。很多同学找我们学习单细胞的时候都表示不想学习编程语言，直接学习单细胞/空间转录组分析， 不积跬步无以至千里，这显然是不现实的，所以，欢迎大家来参加此次的课程。

报名/缴费联系：[Biomamba_zhushou]

资料&课表

本次课程的学习资料可以联系领取：[Biomamba_zhushou]

课程目录：

1. Python课程绪论

2. Python下载与安装

2.1 官网下载

2.2 安装（以 Windows 为例）

2.3 Linux / macOS 安装

2.4 Miniconda 安装 python（虚拟环境）

3. 变量与数据类型

3.1 整数

3.2 浮点数

3.3 字符串

3.4 布尔值

4. 类型转换

5. 数据结构

5.1 列表与元组

5.2 字典

5.3 集合

5.4 数组

5.5 Series

5.6 数据框 DataFrame

5.7 Anndata

6. 运算符和表达式

6.1 算数运算符

6.2 比较运算符

6.3 逻辑运算符

6.4 位运算符

6.5 赋值运算符

7. 语法与语句

7.1 if条件语句

7.2 for循环语句

7.3 while循环语句

7.4 跳转语句

7.5 函数定义与调用

8. 数据的读取与保存

8.1 基础信息

8.2 不同格式文件读取

9. 模块与包

10. 基于Matplotlib的基础可视化

10.1 基础可视化

10.2 图像大小和 DPI 设置

10.3 设置图例

10.4 实战练习

11. 简单机器学习入门