原因：项目中使用了@vue/cli-plugin-pwa插件导致。修改mainfest.json中的icons也无效，只需在vue.config.js中配置pwa选项的iconPaths属性即可。

// public目录下的index.html
....
<link rel="icon" href="<%= BASE_URL %>favicon.ico">
<link rel="manifest" href="/mainfest.json" />
...

// vue.config.js
module.exports = { 
    ...
    pwa: {
        iconPaths: {
          favicon32: 'favicon.ico',
          favicon16: 'favicon.ico',
          appleTouchIcon: 'favicon.ico',
          maskIcon: 'favicon.ico',
          msTileImage: 'favicon.ico'
        }
   }
}

参考：vue项目中直接用自己的图片替换掉favicon.ico，图标为什么不生效？ - 宸泽岚 - 博客园