MSYS是windows的.dll/.exe等文件的库文件, 
库文件就是帮你实现了某些功能的库函数的封装,你可以在你的程序中调用这些函数,然后连接一下就可以了。

区别:

cygwin/gcc和MinGW都是gcc在windows下的编译环境
 cygwin/gcc完全可以和在linux下的gcc化做等号,这个可以从boost库的划分中可以看出来端倪,cygwin下的gcc和linux下的gcc完全使用的是相同的Toolsets。
所以完全可以和linux一起同步更新gcc版本,而不用担心问题,并且在cygwin/gcc做的东西(不用微软的)可以无缝的用在linux下,没有任何问题。是在windows下开发linux程序的一个很好的选择。但是在cygwin/gcc下编译出来的程序,在windows执行必须依赖cygwin1.dll,如果不想依赖这个东西的化,必须在gcc的编译选项中加入-mno-cygwin。加入这个选项其实gcc编译器就会自动的选择在安装cygwin/gcc时安上的mingw,这个mingw就是gcc的一个交叉编译。
 对于mingw作为gcc在windows上的一个实现,由于不像cygwin的gcc在一个模拟linux上运行,同时相当一部分linux的工具不能够使用,不过现在已经有Msys这个模拟unix的shell,可以解决很多的问题,不过没有cygwin好用,而cygwin/gcc的no-cygwin选项又依赖于mingw的支持,所以更新的更慢的,现在只是到3.3.3。在mingw下也是可以升级gcc的,不过需要使用msys。升级方法和在cygwin和linux下差不多,就不再罗嗦了。不过就我的升级经验来看好像都不太顺利。具体深入的测试,我也没有时间做了。
 也是可以让cygwin的最新安装的gcc支持no-cygwin,需要再做一遍交叉编译,但是我不会做,只好算了,呵呵,也许那一天我把这个搞定,再开一个贴吧。
 根据以上的分析,如果在windows开发linux程序,cygwin是很好的选择。如果你开发的程序不介意有一个cygwin1.dll的话,也是可以选择cygwin的。如果你是想开发windows下的程序,还要必须用gcc的化,mingw是很好的一个选择。但是在windows下有太多的编译器了,bc,vc,intel c.....。
 顺便说就题外的化,据说gcc4.0.0性能有很大的提升,如果我升级完gcc4后,再编译一把gcc4是不是以后的编译性能会提高很多呢?有机会一定要测试一下了,呵呵。
 
 一个技巧:如何知道当前版本的gcc的安装配置,用命令:gcc -v就可以了,呵呵。
 
 
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