MSYS是windows的.dll/.exe等文件的库文件, 
库文件就是帮你实现了某些功能的库函数的封装，你可以在你的程序中调用这些函数，然后连接一下就可以了。

区别：

cygwin/gcc和MinGW都是gcc在windows下的编译环境
 cygwin/gcc完全可以和在linux下的gcc化做等号，这个可以从boost库的划分中可以看出来端倪，cygwin下的gcc和linux下的gcc完全使用的是相同的Toolsets。
所以完全可以和linux一起同步更新gcc版本，而不用担心问题，并且在cygwin/gcc做的东西（不用微软的）可以无缝的用在linux下，没有任何问题。是在windows下开发linux程序的一个很好的选择。但是在cygwin/gcc下编译出来的程序，在windows执行必须依赖cygwin1.dll，如果不想依赖这个东西的化，必须在gcc的编译选项中加入-mno-cygwin。加入这个选项其实gcc编译器就会自动的选择在安装cygwin/gcc时安上的mingw,这个mingw就是gcc的一个交叉编译。
 对于mingw作为gcc在windows上的一个实现，由于不像cygwin的gcc在一个模拟linux上运行，同时相当一部分linux的工具不能够使用，不过现在已经有Msys这个模拟unix的shell，可以解决很多的问题，不过没有cygwin好用，而cygwin/gcc的no-cygwin选项又依赖于mingw的支持，所以更新的更慢的，现在只是到3.3.3。在mingw下也是可以升级gcc的，不过需要使用msys。升级方法和在cygwin和linux下差不多，就不再罗嗦了。不过就我的升级经验来看好像都不太顺利。具体深入的测试，我也没有时间做了。
 也是可以让cygwin的最新安装的gcc支持no-cygwin，需要再做一遍交叉编译，但是我不会做，只好算了，呵呵，也许那一天我把这个搞定，再开一个贴吧。
 根据以上的分析，如果在windows开发linux程序，cygwin是很好的选择。如果你开发的程序不介意有一个cygwin1.dll的话，也是可以选择cygwin的。如果你是想开发windows下的程序，还要必须用gcc的化，mingw是很好的一个选择。但是在windows下有太多的编译器了，bc，vc，intel c.....。
 顺便说就题外的化，据说gcc4.0.0性能有很大的提升，如果我升级完gcc4后，再编译一把gcc4是不是以后的编译性能会提高很多呢？有机会一定要测试一下了，呵呵。
 
 一个技巧：如何知道当前版本的gcc的安装配置，用命令：gcc -v就可以了，呵呵。

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