LCWGS(4)在Linux服务器上安装Picard
由于按照官网说明,安装单个可执行的jar文件未能成功运行,以及克隆github源代码,利用./gradlew shadowJar也未能成功安装,这里介绍利用conda 环境安装Picard.Picard是一组用于处理高通量测序数据,以及SAM/BAM/CRAM和VCF格式数据的命令行工具。利用如下代码安装picard,-c 后面的参数为channal。中途输入y,用来确认继续安装。新建或者进入已有
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Picard是一组用于处理高通量测序数据,以及SAM/BAM/CRAM和VCF格式数据的命令行工具。
官网:https://broadinstitute.github.io/picard/
下面介绍如何在Linux服务器上安装Picard。由于按照官网说明,安装单个可执行的jar文件未能成功运行,以及克隆github源代码,利用./gradlew shadowJar也未能成功安装,这里介绍利用conda 环境安装Picard.
1. 进入conda环境
新建或者进入已有的conda环境。这里我进入自己的conda base环境
conda activate base
2. 安装Picard
利用如下代码安装picard,-c 后面的参数为channal。中途输入y,用来确认继续安装
conda install -c bioconda picard
安装完成后,输入picard,如果出现如下结果,说明安装成功。
参考:
【1】bioconda/packages/picard 3.0.0 链接:https://anaconda.org/bioconda/picard
作者:贾思特
日期:2023-4-28
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