前言

近日笔者在一次实验作业中用到了R语言来做数据分析和可视化,在配置过程中也碰到了一些报错,故在此记录。

注意:以下过程全部是在docker容器中运行,所以全部没有sudo前缀,如果读者在本地配置R,请在root模式下执行文中的指令,或者在每句指令前加 sudo 前缀保证指令能够顺利执行


一、镜像源配置

这里我使用了阿里镜像源,/etc/apt/source.list文件配置如下:

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse

二、安装步骤

1.环境安装:

首先更新软件源列表

apt-get update
Hit:1 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal InRelease
Get:2 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-security InRelease [114 kB]
Get:3 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-updates InRelease [114 kB]
Get:4 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-proposed InRelease [267 kB]
Get:5 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-backports InRelease [101 kB]
Get:6 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-updates/main Sources [561 kB]
Get:7 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-updates/restricted Sources [34.6 kB]
Get:8 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-updates/restricted amd64 Packages [738 kB]
Get:9 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu focal-updates/main amd64 Packages [1689 kB]
Fetched 3618 kB in 3s (1198 kB/s)                        
Reading package lists... Done

出现如上回馈则更新成功,接下来进行R语言环境的安装

apt-get install r-base

在执行过程中可能会出现无法定位安装包或安装失败的情况,这时可以再次执行第一步指令 apt-get update 进行更新即可解决。
整个下载过程较长,也受网络速度所限,请耐心等待。
当出现如下设置触发器的语句:

Processing triggers for mime-support (3.64ubuntu1) ...
Processing triggers for libc-bin (2.31-0ubuntu9.2) ...

即代表安装成功,接下来输入指令 R 即可启动R,进入>命令提示符状态:

root@2b61055a74c7:/# R

R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> 

至此简单的R语言环境就安装成功了,输入 q() 即可退出该状态,保存环境输入 n ,下一步对R语言的依赖库镜像源进行设置。

2.依赖库镜像源设置

使用R语言进行数据分析时,也和其他语言一样需要使用很多的外部依赖包,如ggplot, RMySQL 等,在安装这些依赖库时,同样需要设置对应的镜像地址来提高下载速度。

首先找到R依赖库的默认下载地址配置文件/etc/R/Rprofile.site
Rprofile.site(原配置) :

local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    options(repos = r)
})

我们需要将CRAN中的网址修改为我们指定的镜像网站,这里以阿里镜像源为例:
Rprofile.site(修改后配置) :

local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
    options(repos = r)
})

这样就解决了依赖库下载缓慢的问题。

此外,要注意在设置R的镜像源时,要用同一家的镜像源,不可以安装R用阿里镜像,依赖库却用清华源,这样在安装外部依赖库时会发生严重的组件版本依赖问题,导致R无法正常运行。


总结

以上就是在ubuntu20.04下R语言环境安装的全部过程,感谢阅读。

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