R下载安装

R官网：

https://www.r-project.org/

选择清华镜像

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安装

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
tar zxvf R-3.6.1.tar.gz
cd R-3.6.1
./configure --prefix="当前的安装目录"

可能遇到的报错：

configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

是由于libcurl版本问题，可能与conda中的curl冲突，需要再安装一下
https://blog.csdn.net/u010797364/article/details/109034481

wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz
tar -zxvf curl-7.61.0.tar.gz
cd curl-7.61.0/
./configure --prefix="安装curl-7.61.0的目录"
make
make install

安装后在 ~/.bash_profile中 PATH 添加 “安装curl-7.61.0的目录”。可能需要把conda路径先注释掉（bash_profile和bashrc都需要注释）？

其它报错：

configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support

解决：
https://www.jianshu.com/p/fb8ab98e6bcc

wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/pcre/pcre/8.42/pcre-8.42.tar.gz
tar zxvf pcre-8.42.tar.gz
cd pcre-8.42
./configure --enable-utf8 --prefix="安装目录"
make
make install

其它包报错可以去R官方包网站 CRAN下载
https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

修改~/.bash_profile 后 source或者重新开窗口
再次进入到R安装目录运行

./configure --prefix="当前的安装目录"  # 这路需要--prefix ，不然后边make可能会出错
make
make install

R包安装

1. install.packages()安装

R
>install.packages("PureCN", lib="your_path_to/R.3.6.1/lib/R/library")

安装指定版本，输入宝压缩包路径
>install_version("path_to/ggplot2_3.2.1.tar.gz")

2. 包源码安装

在 https://bioconductor.org/install/找到R包的源码压缩文件，下载。

wget https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/PureCN_1.22.0.tar.gz
# 是在shell下执行，不是进入R
./R CMD INSTALL --library=R包安装到的路径/R-3.6.1/lib/R/library PureCN_1.22.0.tar.gz

如果提示缺少包，并且BiocManage 不能成功安装，可以用conda 来安装试试。用 conda search 包名称 来搜索R包 ，然后 conda install -c channel名 包名称=版本号 安装

导入pureCN
>library("pureCN")

3. BiocManager安装

>BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

查找所需版本R包

3. conda安装R以及R包 （转载）

https://zhuanlan.zhihu.com/p/164886255

最近决定了解下生信，先从yeast基因组的一篇RNA-seq文章做起，顺利的从NCBI下载SRA数据，一直到使用DESeq2对其进行差异表达基因分析，但万万没想到会卡在安装DESeq2这一步上。于是
@赵华男
大佬请教，在其手把手的帮助下（当然，中间曾得到过我弟弟和好友的帮助），终于成功安装DESeq2。于是特地用知乎记录下来，以便能帮助到有同样苦恼的人~

ps.有错误的地方还请批评指正。

好啦，正文开始~

一、首先，安装conda。

conda是开源包和环境管理系统，很像windows下的电脑管家。支持python、R等多种语言以及该语言的多种版本，可以完美解决不同版本之间的覆盖、兼容等问题。linux下，conda的安装命令如下：wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh；下载完成之后，直接bash Anaconda3-2020.07-linux-x86_64.sh，即可安装成功。之后，通过vim ~/.condarc 命令行，添加国内镜像地址。

eg:

channels:
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
 - defaults

之后，source ~/.bashrc，生效后，conda就安装成功了。每次登录之后，如果想使用conda的话，需要再次source ~/.bashrc。

二、使用conda安装R

根据DESeq2的官网，最新版本的DESeq2为3.11版本，安装说明如图所示。但是亲测R4.0的时候，DESeq2无法安装成功，会出现很多依赖包not available的现象。后来大佬说R4.0，的确没办法安装成功，因为DESeq2虽然更新到R4.0，但其需要的很多依赖包并没有更新到R4.0，建议使用R3.6.3。于是使用conda安装R3.6.3。

三、conda安装R3.6.3：

命令行安装R3.6.3：conda create -n r3.6 -c conda-forge r=3.6；在下图中只截取了命令行反应得部分界面，在反应结果里有一项为r-base，注意其版本是不是3.6.3，如果是得话，则在proceed 里回答y。conda env list创建虚拟环境r3.6，程序就安装好了，根据提示，输入命令：conda activate r3.6,激活R3.6.3，就可以使用了。(下次登录，source ~/.bashrc后，conda activate r3.6就可以直接进入到 R3.6.3环境中)

四、使用conda和R安装DESeq2依赖包

先使用conda安装DESeq2两个重要的安装包XML和data.table（因为亲测直接安装DESeq2，是缺少部分依赖包的）。

命令行：conda install r-xml；安装XML成功后，安装data.table。首先conda search -c bioconda data.table，选择和R3.6.3版本匹配的data.table。根据search结果，发现合适的data.table版本为1.12.2，因此输入：conda install -c r r-data.table=1.12.2 安装1.12.2版本的data.table。

依赖包安装成功后，进入R，安装BiocManager：install.packages("BiocManager")。这一步运行后，会提示选择CRAN的镜子，建议选择国外地址的CRAN镜子。

六、安装DESeq2

亲测在R中使用BiocManager安装不上DESeq2，于是退出R，转用conda安装DESeq2。输入conda search deseq2，根据R版本，选择合适的DESeq2版本，根据结果输入：conda install -c bioconda bioconductor-deseq2=1.24.0。此命令运行结束后，进入R，输入library("DESeq2")，如果不报错，即为安装成功啦！