NJtree产生步骤

NJtree产生之tassel到Mega

首先我们手上是vcf文件，可以通过hapmap文件等格式转化。详见GWAS（1）——文件格式及linux上的转换。
使用如下命令，将vcf文件转为phylip(Interleaved)格式。当然，这个也可以在Windows的tassel软件上操作。

run_pipeline.pl -Xmx50G -plink -ped snp.ped -map snp.map -export snp.phy -exportType Phylip_Inter

得到的.phy文件大概是这样的：
接着就进行以下步骤：
（1）将phy文件用MEGA打开，转换为Meg文件；
（2）打开Meg文件，点击“Phylogeny”选项卡；
（3）我做的是种内材料，所以选用NJtree构建；
（4）参数设置：Model选择Bootstrap，迭代在500-1000次之间，其他参数看下图吧，大多是默认的

（5）点击“OK”，耐心等待完成后就产生了一个初步的树。
（这是其他教程对参数设置的一个解释）

（6）保存为nwk文件后，就可以在其他网站上画漂亮的NJtree了。

nwk文件产生的另一种方法

最近遇到了一个问题，就是根据vcf文件生成phy，再导入MEGA后，phy文件过大会导致MEGA卡死，无法运行。所以另求他法后，找到了这样一个帖子：http://events.jianshu.io/p/9243336af395
安装VCF2Dis计算距离矩阵，官网https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis

tar -zxvf  VCF2DisXXX.tar.gz
cd VCF2DisXXX
make
# 添加环境变量即可

# 对所有样本进行计算距离矩阵
../bin/VCF2Dis  -InPut  in.vcf.gz       -OutPut p_dis.mat

# 对部分样本计算
../bin/VCF2Dis  -InPut  in.vcf.gz       -OutPut p_dissub.mat  -SubPop  sample.list
# 其中
head sample.list
S010
S033
S186
S123
S124
S011

上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后，选择Data type为Distance matrix。 然后点击最下方的execute & email results即可。邮箱也可不写。
最终得到nwk格式的文件，就可以继续做进化树了。

NJtree美化

PHYLIP 免费的、集成的进化分析工具http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
MEGA 图形化、集成的进化分析工具 http://www.megasoftware.net/
PAUP 商业软件，集成的进化分析工具http://paup.csit.fsu.edu/
PHYML 最快的ML 建树工具http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
MrBayes 基于贝叶斯方法的建树工具http://mrbayes.csit.fsu.edu/

我个人使用的是 Evolview，https://www.evolgenius.info/evolview/#login

打开网站后，导入nwk文件，具体操作见https://www.plob.org/article/12723.html。

NJtree基因顺序的提取

perl  nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt

in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。

脚本代码：

use Getopt::Long;
use strict;

my %opts;
GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");
open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";
open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
my $str = $_;
$str =~ s/\d\.\d+//g;
$str =~ s/\(//g;
$str =~ s/\)//g;
$str =~ s/://g;
$str =~ s/;//g;

my @line = split(",",$str);
print OUT join("\n",@line);
}
close(IN);
close(OUT);

参考链接：
https://www.jianshu.com/p/db8c8b00770b
http://www.cas.cn/syky/201605/t20160509_4555903.shtml
https://www.plob.org/article/12723.html
https://www.sohu.com/a/164261454_652735/
https://www.omicsclass.com/article/796