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R绘图|六种高颜值“火山图Volcano“保姆级教程(调色、渐变色、水平线)——基于R包ggVolcano和ggvolcano

是生物信息学中常用的可视化工具,广泛应用于基因表达和差异表达分析。它通过。这种图形帮助研究人员快速识别在实验组与对照组之间有显著差异且变化较大的基因或特征。在生物学研究中,火山图常用于筛选等方面。包是R语言中的一个工具,基于库,简便地绘制火山图。它提供了多种自定义选项,如设置阈值、添加参考线和调整点的样式等,使用户能够根据具体数据需求优化图表,便于更好地展示差异表达分析的结果。

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#r语言#开发语言
扩增子分析|一行代码实现网络属性和节点计算及Zi-Pi绘制之R包ggClusterNet包进行微生物网络分析和绘制

R包ggClusterNet由南京农业大学袁军教授和中科院刘永鑫团队开发,并发布在iMeta上。该工具广受微生物生态学研究者的喜爱和关注。其主要特点包括:快速分析、通过少量代码即可完成网络分析,且具备高度的可重复性。尤其是ggClusterNet提供了多种微生物生态网络可视化工具,支持对网络特性的深度挖掘。图源:Wen,Tao, et al. 2022. iMeta 1, e32.上期我们介绍gg

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#r语言#开发语言
扩增子测序|中性模型(NCM)在R中快速复现之群落装配机制

​虽然群落装配过程,确定性和随机性研究已经进入了新的阶段,开发了许多新的分析方法,比如零模型。但是sloan在2006提出中性模型理论因其具有计算方便、简化了复杂生态过程等特点被研究者广泛认同和接受,目前不少nature系列期刊采用该工具分析群落构建。

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#r语言#开发语言
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