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根特大学分子模拟中心MD新作!

更具体地说,图中显示了各自阳离子与模拟中其余物种(即水、硅、阳离子本身以及硅酸盐单体中的质子化氧原子和去质子化氧原子)之间的径向分布函数。根据碱阳离子的类型及其浓度,评估了四种不同HSIL(Na-HSIL、K-HSIL、Rb-HSIL和Cs-HSIL)的电导率和液体结构。本研究提出了HSIL的详细分子模型,HSIL是最近提出的一种沸石生长液,它消除了了解沸石成核和生长的许多实验障碍。水溶液体系的特

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《黑神话:悟空》爆了!COMSOL模拟也能和游戏碰撞出火花?

研究者将详细探讨所使用的工具,例如经过多标准分析后选择的耳机、经过广泛测试后选择的游戏引擎、使用的热成像设置、COMSOL Multiphysics 6.2软件以及确定的案例。如前所述,因此,作为本研究的一部分开发的模型是一个完整的模型。事实证明,VR 是一种强大而有趣的教学工具,为教育的未来提供了令人兴奋的前景。图6所示的菜单室为用户提供了一个用户友好的界面,用于选择他们想要探索的特定案例。尽管

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#游戏
COMSOL模拟与实验研究又双叒来了

研究旨在评估PTT衍生的热随时间和深度的变化。在拟议的实验中,使用PBS介质进行测量,以癌骨pH为幻影,以创建更真实、更具代表性的环境。图1说明了完整模型的边界条件示意图,图2给出了用于模拟时空温度分布的模型的几何示意图。在这里,研究者探索了数值模拟,以研究金纳米结构的尺寸、形状和激光参数对光热治疗(PTT)期间时空温度模式的影响。本研究旨在确定使用PTT治疗骨癌的最佳金纳米结构,以解决骨组织的致

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【材料计算】第一性原理、密度泛函理论、从头算之间的关系

首先,第一原理是firstprinciple,不是从头算(ab initio),不是DFT。分子模拟有两个层面的东西要讨论,就是当使用了BO近似后,怎么分别处理电子和离子实。处理电子:当用量子力学处理电子的时候就是第一原理方法,密度泛函是一种、半经验也是、HF也是,等等。当我们不想管电子的细节的时候,就直接用势函数描述电子的效果,就是分子力学的方法。而第一原理中的HF系列是不用任何实验拟和结...

VASP 结构优化、静态自洽、非自洽计算

第一步:结构优化(迟豫)结构优化也叫结构迟豫。是指对整个输入体系的坐标进行调整,得到一个相对稳定的基态结构。结构优化分原子迟豫和电子迭代两个嵌套的过程,每次计算中都进行原子迟豫和电子迭代计算(电子迭代嵌套在原子迟豫中),达到原子迟豫收敛标准时进行下一步计算,直到达到自动中断或者最大原子迟豫步数。(通常以前后两次总自由能之差或 原子所受最大的力 作为原子迟豫的收敛标准,电子自洽迭代计算以总能作为收.

自由能计算,PMF,伞形抽样,WHAM

分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解,大家拍砖。。要说自由能,先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道,一个被模拟的体系,不论是NPT,还是NVT,它有总能量,这就是内能。内能分为动能和势能两项,势能项还能分解成很多子项,键能,非键作用能,等等,一清二楚的;模拟是否平衡,总能量是否守恒,Plot一下总能,一清二楚的。可是

软体机器人

软体机器人新型的软体机器人: 通过大量刚性连接的关节来实现多个自由度的运动优点: 无限自由度(Infinite DOF)操作灵巧 (dexterous manipulation )安全性能高(Soft contact)等缺点: 刚度低 (Low stiffness)运动精度低 ( inaccurate motions )控制复杂(Complex control...

深度学习研究及其在生物医药领域的潜在应用

深度学习已经在各种生物学应用中取得成功。在本节中,我们回顾了在各个研究领域进行深度学习的挑战和机会,并在可能的情况下回顾将深度学习应用于这些问题的研究(表1)。我们首先回顾了生物标志物开发的重要领域,包括基因组学,转录组学,蛋白质组学,结构生物学和化学。然后,我们回顾一下药物发现和再利用的前景,包括使用多平台数据。生物标志物生物医学的一个重要任务是将生物学数据转化为反映表型和物理状态(如疾病)的有

机器学习助推分子动力学模拟

今天介绍一篇文章,使用神经网络将分子动力学第一原理计算推进到新的尺度和精度。分子动力学模拟一般被用来揭示化学反应的微观物理过程,用于光合作用,新药寻找,纳米材料性质预测等等。刘慈欣告诉我们,经典力学下的三体运动已经非常复杂,而量子力学统治下的多体相互作用,计算复杂度更是高到天际。分子动力学模拟要根据每一个时刻千万粒子的位置计算势能面(势能的负梯度等于粒子受力),再根据受力和运动方程,更新所有粒子的

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