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Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序,AMBER 支持 GPU 加速,可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍,从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时。(一)Amber分子动力学模拟软件计算特点Amber分子动力学模拟软件由AmberTools19和Amber18组成,
据介绍,这项发明是光学全息技术领域的一次重大突破,其提供的基于机器学习的反求设计可精准且迅速地产生一个或多个任意三维矢量光场,有望应用在超宽带全息显示、超安全信息加密以及超容量光存储、超精确粒子操控等各个领域。相关研究成果于4月18日凌晨发表在国际顶级学术刊物《科学进展》上。该杂志为《科学》(Science)刊物旗下子刊,是一个涵盖所有学术领域的开放性、综合性科学刊物。光是一种电磁波,其在介质..
(1)建立电机模型Step1:打开ANSYS workbench,并从软件左边拖拽一个RMxprt分析模块到右侧活动窗口,随后双击Setup进入ANSYS电气分析模块。Step2:在软件左侧项目管理的窗格内,右键点击RMXprtDesign1并在弹出的对话框中选择感应电机。Step3:随后单机页面上的添加求解步骤按钮,按下图所示设置电机的相关额定参数。Step4:双击左侧项目栏中的Machine分
麻省理工团队再论机器学习力场

首先,第一原理是firstprinciple,不是从头算(ab initio),不是DFT。分子模拟有两个层面的东西要讨论,就是当使用了BO近似后,怎么分别处理电子和离子实。处理电子:当用量子力学处理电子的时候就是第一原理方法,密度泛函是一种、半经验也是、HF也是,等等。当我们不想管电子的细节的时候,就直接用势函数描述电子的效果,就是分子力学的方法。而第一原理中的HF系列是不用任何实验拟和结...
分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解,大家拍砖。。要说自由能,先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道,一个被模拟的体系,不论是NPT,还是NVT,它有总能量,这就是内能。内能分为动能和势能两项,势能项还能分解成很多子项,键能,非键作用能,等等,一清二楚的;模拟是否平衡,总能量是否守恒,Plot一下总能,一清二楚的。可是
软体机器人新型的软体机器人: 通过大量刚性连接的关节来实现多个自由度的运动优点: 无限自由度(Infinite DOF)操作灵巧 (dexterous manipulation )安全性能高(Soft contact)等缺点: 刚度低 (Low stiffness)运动精度低 ( inaccurate motions )控制复杂(Complex control...
1.将矩阵文件处理成一个文件2.将多个矩阵读入到一个列表sunmata中,且列表的每一个值为矩阵每一行3.把sumdata列表中的元素以0/1写入squ列表中4.把suq列表中元素按一个矩阵为单位写入v列表5.列表转化成矩阵,并求矩阵元素概率6.画热图...
MD研究经典必读 | 一个计算化学实验

文章来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/TxNl3339R9SE-WrvdxMsug编译/文龙来自俄罗斯多个研究机构的研究人员分别在 AMD 和 Nvidia 的 GPU 加速器上测试了流行的分子动力学建模程序的性能,并进行了比较与分析。在4月19日发表在《国际高性能计算应用杂志》(The International Journal of High







