g_mmpbsa适用于 Gromacs 4.5.x-5.1.x 版本计算 MM/PBSA。。”内的内容为译者添加。如果你在模拟中使用了该脚本，请务必在发表时引用：有关于MMPBSA的基础原理可以参考。

以gromos54a7.ff为例进行力场文件的解读；初学者的摸索，如有纰漏还望指正

该教程原文链接为本教程的目的是向用户介绍使用 PLUMED 运行元动力学模拟。我们将在真空中建立丙氨酸二肽的简单模拟，分析输出，并从模拟中估计自由能。我们还将学习如何运行回火元动力学模拟（well-tempered metadynamics simulation），并检测与集体变量选择不当有关的问题。”内的内容为译者添加。

g_mmpbsa适用于 Gromacs 4.5.x-5.1.x 版本计算 MM/PBSA。。”内的内容为译者添加。如果你在模拟中使用了该脚本，请务必在发表时引用：有关于MMPBSA的基础原理可以参考。

本文是对 Cellulose-Builder 用户指南的翻译及注解，原文连接。Cellulose-Builder 使我们能够以 .xyz 和 .pdb 格式构建任意大小和形状的多种纤维素多晶型物的微晶。例如，这些文件可以用于包含纤维素结晶域的系统的分子动力学(MD)模拟。这个程序最初发表在下面的论文中。如果你使用了Cellulose-Builder，请引用发表的工作:那篇论文包含了 Cellulo

本例将指导使用者建立一个包含与配体配合的蛋白质（T4溶菌酶L99A/M102Q，T4 lysozyme L99A/M102Q）的模拟系统的过程。本教程特别关注处理与配体相关的问题，假设你熟悉基本的GROMACS操作和拓扑的内容。如果你还不甚了解，请在尝试这个教程之前参考一个更基本的教程。

有些时候，为了方便运用某一个常用分子的拓扑或者使 topol.top 文件结构更加简洁，可以把它单独写入一个 .itp 文件中。这个文件仅包含一个特定分子的信息，可以被任意引用，这样就避免了每次都需要使用`pdb2gmx`或者重复地复制粘贴。一般力场中都会提供水分子、离子（有些还提供少许脂质分子）的 .itp 文件；此外有些常用小分子（如ATP）的信息会被储存在立场文件夹的 aminoacids.

本文档用以说明 .mdp 文件各选项的释义，相应选项名称为粗体（其后的粗体括号中为默认值，单位用方括号括起来，破折号和下划线之间的差值会被忽略）。解释部分标蓝文字说明在其他条目中存在，标红文字为示例代码，每个大条目后会贴出其在 mdout.mdp 中对应部分。本文所展示的选项为 GROMACS 5.0.7 版本所通用，在后续版本中部分选项的内容有所调整，因此如果报出 .mdp 文件中某指令不存在，

gromacs分子动力学模拟教程的第一个：水环境中的溶菌酶模拟。

最近在研究底物结合的时候，用新手教程提供的方案得到的拓扑惩罚值太高（可能我的那个 ligand 结构太奇怪了😇）,所以（被迫）搜寻了其他几种优化小分子拓扑的方法，下面细细锁一下：preparatory work一般来说，为了构建一个适用于GROMACS的拓扑，我们要把 .pdb 转换成好处理的 .mol2 格式（如果你连小分子三维模型都没有的话，可以用 GaussView 搭建一个（不过这就是另