作为我在InterMine通过Outreachy 组织实习的要求之一,我必须每两周写一篇关于我的项目和整体实习进展的博客文章。我将在这篇文章中专门介绍InterMine开源项目以及我为他们所做的工作。

什么是InterMine?

InterMine是一个开源数据仓库,集成了来自各种来源的生物数据。它允许研究人员通过基于网络的用户界面分析和搜索可用数据。 InterMine 由剑桥大学的 Micklem 实验室在 Wellcome Trust 的支持下开发;补充项目由国家人类基因组研究所 (NIH/NHGRI) 和生物技术与生物科学研究委员会 (BBSRC) 资助。

(几乎)任何人都有 InterMine!

全球有许多不同的 InterMines,涵盖范围广泛的模式生物和生命科学研究领域,包括但不限于:

1. FlyMine - 综合果蝇遗传、基因组和蛋白质组数据的数据仓库

2. HumanMine - 智人基因组数据的综合数据库

3. MouseMine - 由华大智造开发的小鼠基因组数据集成数据仓库

4. YeastMine - 酵母基因组数据的集成数据仓库,由 SGD 开发

5. ZebrafishMine - 斑马鱼基因组数据的集成数据仓库,由 ZFIN 开发

6. RatMine - 大鼠基因组数据的集成数据仓库,由 RGD 开发

有关 InterMines 的完整列表,请参阅注册表。

问题

提供用户手册和教程以帮助用户有效地找到他们想要的信息。用户文档和教程目前主要关注 InterMine 的旧版 UI,它将被另一个名为 BlueGenes 的新界面所取代。新用户界面将具有与旧用户界面相同的功能;但是,在外观和一些功能上存在相当大的差异。这些更改会导致当前用户文档和视频与 BlueGenes 界面不兼容,使用户在查找信息时感到困惑。因此,所有用户培训文档和视频都应基于 BlueGenes 界面重新创建。更新的用户文档将采用带有字幕和画外音的短视频、带有屏幕截图的书面用户手册以及练习和答案部分的形式。

我的角色

我的职责是基于新的 BlueGenes 界面重新创建和修改用户培训文档和视频,这将帮助用户学习如何使用新 UI 提供的各种功能。该过程将涉及与导师和 InterMine 团队合作,以:

1. 选择一个与所有文档和视频一致的特定主题。

2. 探索当前用户文档以获取样式或格式灵感

3. 使用 BlueGenes UI 的不同部分来熟悉它的特性和能力。

4. 首先编写文本,因为它可以作为视频的一个很好的起点(文本可以用作视频的脚本)。创建书面教程还有助于获得有关如何在界面上完成操作的实践经验。

5. 在适用的情况下制作视频来解释高级和更复杂的功能。

6.所有工作都应该从更简单的任务转移到高级任务

7. 如果时间允许,为特定的生物用例创建文档 - 食谱文档

技术栈

在实习的第一周,我有机会探索不同的工具来完成我的任务。我与我的导师进行了讨论,以选择要在项目中使用的特定技术,包括:

1.GitBook创建文档站点;所有文件都将用 Markdown 编写。

2.GIMP编辑文档中包含的所有屏幕截图和图像。

3.Camtasia创建视频。

我希望你喜欢阅读我的项目;请继续关注我的实习之旅的更多帖子!