String filename=request.getParameter("filename");
filename=new String(filename.getBytes("iso8859-1"),"utf-8");

请解释第二句？

用意是什么？为什么这样做？原理是什么？

1、这种情况往往是在http请求get传输参数方式的时候，web容器是tomcat，而tomcat的默认编码是iso8859-1。
2、若为iso8859-1，而你的项目非该编码在接收到中文类字符时，即会出现乱码。
3、解决方法，即是将iso8859-1转化为项目编码如gbk或utf-8，就解决了传输过程的中文乱码问题。
  
   1、在get请求时，关键看你的tomcat的server.xml中的
  

<Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1" 
               connectionTimeout="20000" 
               redirectPort="8443"/>

”这条connector中是否配置URIEncoding的值，不配置默认为iso8859-1,如果写上了如utf-8，你的程序就不需要转了，如果还转反而乱码。
2、在post请求时，就不用考虑该点了，只要写个字符过滤器全布设置成utf-8，就可以避免乱码了。